世界変動展望

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小保方晴子が筆頭著者の論文の不適切さについて

2014-02-13 02:30:26 | 社会

STAP細胞で有名になった理化学研究所の小保方晴子写し1写し2その他1 - 写し1写し2その他2-写し1写し2)の研究疑義を紹介。

New!(2014.6.12)
☆0 STAP細胞は捏造が濃厚遺伝子解析でFgf4を添加しSTAP細胞を培養するとできるFI幹細胞はES/TS細胞の混合だと強く示唆する結果に関連)。さらにSTAP細胞は8番染色体トリソミーが見られ、生きたマウスから作られたのでないことが濃厚となりました。8番染色体トリソミーはES細胞を培養すると生じることが知られています。これらの結果はSTAP細胞、STAP幹細胞の正体がES細胞、FI幹細胞の正体がES/TS細胞の混合だと強く示唆するもので、故意に不正を行わないとまず起きないことから捏造が強く疑われます。

日本史上最大の世界的研究不正事件へ。

→2014年12月18日に小保方晴子がSTAP細胞の再現に失敗した事が報じられた。わずかな緑色蛍光を確認しただけで十分なOct3/4陽性細胞の発現さえ再現できずキメラマウスも作製できなかった事実上、論文の方法ではSTAP細胞が作製できない事が確定理研の検証最終報告トップ検証結果写し)、検証結果スライド資料野依良治理事長コメント(検証結果について、写し)、同理事長コメント(小保方晴子退職について、写し)、小保方晴子のコメント写し)、小保方晴子は21日付で辞職。

2014年12月25日にSTAP細胞等はES細胞の混入と報道された。混入者不明で故意か過失か不明。論文の主張は否定されたSTAP細胞の捏造が確定!日本史上最大の世界的研究不正事件。

STAP細胞論文に関する調査結果について 理化学研究所
2014年12月25、26日 トップ、調査報告書(全文写し)、調査報告書(スライド写し)、野依良治理事長コメント写し).

☆1 Obokata H, et.al.:"The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers." Tissue Eng Part A. 2011 Mar;17(5-6):607-15.

に関する指摘。小保方の博士論文概要の5ページ目にある研究業績書No.1報文(2)をみるとこの論文が記載されている。この論文は小保方の博士論文の成果の一部。

訂正発表博士号は取り消し

(1-1)異なる条件の実験画像が類似しておりデータ流用が疑われる。また同じ画像を3回流用していること、半分だけ切り貼りして使っていること、上下反転という偽装加工が含まれることから故意の流用が疑われる。

画像1、作成者 世界変動展望 著者

(1-2)異なる条件の実験画像が類似しておりデータ流用が疑われる。

画像2(参考) 作成者 世界変動展望 著者

(2014.2.24)
(1-3)異なる条件の実験画像が類似しておりデータ流用が疑われる。


画像1-3、作成者及び指摘者11jigen

☆2 Haruko Obokata, et.al.:"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency" Nature 505, 641–647 (30 January 2014) PDF写し

に関する指摘。これはSTAP細胞論文のArticle。

撤回公告

(2-1)第3レーンの両側に不自然な直線がある。背景画像も不連続。明らかに異なる画像を貼り付けて作成。不都合なデータを差し替えた可能性があるので生データの精査が必要。また下の画像は貼りつけ部分に明確な境界線がなく説明もないので、それらの明示を要求したNature誌の画像規定に違反している可能性がある(参考)。

→(最終報告)改ざんの不正を認定小保方の単独犯画像を切り貼りし第3レーンはコントラストを変更し第1,2,4,5レーンは縦に伸ばす操作をしたことも認定

画像3 ([2]、参考) 画像はわかりやすくするため色等の変更あり。
説明画像作成者 世界変動展望 著者、画像自体の作成者はPubPeer投稿者。

(2014.2.23)
(2-2)(この部分は最初から画像2-2の部分まで11jigen作成の疑惑画像3の引用、ただし画像2-2部分にキャプション追加)図3bのコントロール(未刺激)細胞のOct4-GFP(緑色)の蛍光顕微鏡写真(左下)の下部中央に、なぜか赤い細胞が存在し、ネガコン(陰性対照)画像として不適切という疑惑が浮上しています。


画像2-2、作成者11jigen


画像2-2-1、作成者 世界変動展望 著者
私の画像ソフトでは明るさ+39、コントラスト+98

左側だけ全体的に赤色の画像になるので左のコントロール(未刺激)細胞だけ赤のフィルターを通した画像だと推測される。Oct4-GFPの緑色蛍光を消すためなのか?意図は不明。画像を誤って載せた可能性もある。しかしOct4-GFPが発現していない証拠にはならない。

New!(2014.2.26)(2014.3.1加筆)
(2-3)この論文は引用元の明示なく他者の論文の文章を使用。盗用を示唆しますが引用元を書き忘れた可能性もある。赤色が重複部分。

→(最終報告)他論文からの写しであることを認めた出展の書き忘れとし盗用を認めず。実験は実施されており実験方法の虚偽記載も過失とした

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Nature Article(☆2)

Karyotype analysis

Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KCsolution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described41. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.

引用元

Jianli Guo, et al.:"Multicolor karyotype analyses of mouse embryonic stem cells" In Vitro Cellular & Developmental Biology - Animal
SEPTEMBER and OCTOBER 2005, Volume 41, Issue 8-9, pp 278-283

Materials and Methods

Chromosome preparation
Metaphase spreads of the ES cells were performed as follows. Subconfluent ES
cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides.

Multicolor FISH analysis (M-FISH)
For M-FISH analysis mouse chromosome–specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al., 2003). For each cell line 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica MicrosystemsImaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.

--

引用元とNature論文を比べるとethylenediaminetetraacetic acidの略であるEDTAをEDTA(EDTA)と連続させたり、KClをKC1と無意味な言葉に変換している。機械的方法でコピペしたからか?なぜこのようなことが起きたのかは不明。

またNature論文と引用元はライカ社(Leica Mikrosysteme GmbH)の DM RXA RF8 落射蛍光顕微鏡(epifluorescence microscope )と、フォトメトリクス社 (Photometrics)の Sensys CCD カメラの実験機器名が共通しており、小保方らは実験器具まで引用元と同じものを使ったのか?それは本当に可能か?小保方が研究室を立ち上げた時にはこれらを入手するのは困難では?論文の記述どおりにKaryotype analysisの実験を行わなかったのでは?という疑義も指摘されている。引用元と比較するとNature論文は実験器具メーカーの所在地や国名をなぜか削除している。

野依良治理研理事長は「参考にした文献を故意に引用しない、他の著者の論文から表現の一部を借りながら自分のものとして発表する」ことは剽窃であり許されず科学に対する裏切りだと厳しく戒めている

なお、同様の剽窃がC.A.Vacanti、小保方晴子らの特許でも確認できる。引用元の明示はない。引用元との重複を赤で示す。KC1という誤記があり、引用元の論文ではimagingという単語が特許においてはhangingと間違った単語に変わっている。

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Vacanti,小保方らの特許

Generating pluripotent cells de novo WO 2013163296 A1

[00290] Karyotype analysis. Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAPS cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37°C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin/ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37°C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3-5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3: 1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al, 2003). For each cell line, 9-15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometries, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems hangingsolutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.

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(2-3)の部分は11jigenのまとめブログを参考にしました(写し)。

New!(2014.3.5)
(2-4)こちらを参照


Nature Article(☆2)のPDF版でFig.2eの下半分を適当なもの(word等)にコピペすると上の黒塗りが消され下の文字が現れる。これは博士論文の文字と字体がそっくりで上の部分に切り損ねた博士論文の画像の一部が確認できる。しかも不都合な部分を黒塗りで隠して発表。これはNature Articleの画像流用が画像の取り違えではなく博士論文等から故意に切り貼りされたことを示す。捏造、改ざんの決定的証拠




画像2-6  指摘者・作成者 11jigen

☆3 Haruko Obokata, et al.:"Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency"  Nature 505, 676–680 (30 January 2014) PDF写し

に関する指摘。これはSTAP細胞論文のLetter。

撤回公告

(3-1)Figure1bはSTAP細胞のキメラ、Figure 2gはFI-SCのキメラ。しかし胎盤画像が類似。これは同じ個体の異なる2枚の画像のうち一方を別な個体の画像として使用した可能性を示す。

→(調査結果)同じ個体の異なる2枚の画像だと認めたが一方を削除し忘れたミスと結論



画像4、11jigenの指摘訂正写し - 2014.2.14 閲覧
上の図の作成者は11jigen.

New!(2014.2.28)
(3-2)
Figure1aの胎盤等の画像は通常露光と長時間露光(Long Exposure)の緑色強度が同じであり、どちらも同じ露光画像ではないかと指摘されている。


画像3-2、画像作成者と指摘者はPubPeer投稿者
論文の著者名等やFigure1の言葉を追加したのは著者

☆4 Haruko Obokata:"Isolation of pluripotent adult stem cells discovered from tissues derived from all three germ layers"(三胚葉由来組織に共通した万能性体性幹細胞の探索) 博士論文 2011年2月 早稲田大学

小保方は訂正されていない下書きを製本したと弁明。しかし小保方は博士論文撤回を申請
序章の剽窃を認定。製本は下書きを過失で提出したという主張も認定。序章の剽窃は学位授与との因果関係がなく博士号は維持
調査委員会は博士号維持と結論したが、鎌田薫早大総長は1年間の猶予付きの博士号取り消し処分とした。1年間に訂正博士論文の提出と倫理教育を受ければ博士維持
博士号は取り消し

New!(2014.3.11)
(4-1)博士論文のBackgroudの部分の文章のほとんどをNIHの文章一部写し)から剽窃。引用元の明記なし両者の比較を参照(水色枠内が違う部分)。全108ページ中約20ページを剽窃

New!(2014.3.12)
(4-2)第2,3,4,5章のレファレンスも剽窃。「各章の本文自体にはReference番号が一つもなく、どの文章がどの論文を引用しているのか全く不明」(リンク元からの引用、問題2)で「博士論文の本文とは一つ一つ対応していないと考えられます。」(リンク元からの引用、問題2)「第3章のReferencesは、コピペ操作によりページ範囲が文字化けし、盗用元と同じくABC順になってしまっている」(リンク元からの引用、問題2)。博士論文2~5章のレファレンス

New!(2014.3.12)
(4-3)Figure8とFigure16の画像に上下反転があり多数流用されている。故意の改ざんが疑われる。リンク先の問題5を参照

New!(2014.3.13)
(4-4)他にも続々と捏造や剽窃の疑いが浮上

New!(2014.7.25)
(4-5)
Tissue Eng.誌の論文が基礎になっていたが、それは調査されなかった。早稲田大学の教員が抗議

続く

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数百年の細胞生物学を、やはり愚弄していたのか? (Unknown)
2014-02-13 04:59:10
残念ですが小保方さん、博士論文がこれじゃ、もうダメでしょ。学位を出した早稲田は会見して調査委員会を設置すべき。

マウスSTAP論文内容もほころびが見えはじめているが、他所の追試結果をしばらく待とう。

彼女がSTAP細胞だと言って若山先生に渡したとされる細胞はマウスES細胞様細胞とかマウス受精卵だったのかもしれないというSFが事実にならないように願うばかりだ。
Unknown (イチャモンだってさ)
2014-02-13 11:35:02
 下記の管理人氏が貴兄の指摘を「イチャモン」だと根拠も無しに語ってるよ。

 http://openblog.meblog.biz/article/20944122.html

 この方、捏造の有無を<報道上の人格>で判断する人(笑)。
 
Unknown (通りすがりのものです)
2014-02-14 00:53:44
1.恐らく日本で再現が取れなかった場合、その研究者は公表しない。逆に欧米の研究者なら公表する。今回の場合、<南北韓国>と中国も欧米に倣う。

2.各所の追試をみても、やはりヒト(成人)STAP/STAP幹細胞をつくるは、もう一工夫が必要のようだ。誰が扉を開けるのか?楽しみだ。

3.小保方さんは自身の博士論文での疑惑(限りなく黒)、NatureのSTAP論文で指摘されている疑惑を、他の先生方と一緒に説明しなければならない。
 何もわからないマスコミから少々きつい追求がくるかもしれないが。こういうときこそ、後ろに控えている大御所に知恵を借りればいい。
 ちなみにNature誌は「捏造画像」がたくさんあっても大修正対応で再掲載してフォローしてくれる。ノバルテイス事件で話題の東大の小室教授の論文が、そうやって昨日、再掲載されたし。ハッピー・バレンタイン!
どうなんでしょう (Unknown)
2014-02-14 01:18:42
小保方晴子氏のNature論文(Letter)の疑惑1の説明図です。 http://blogimg.goo.ne.jp/user_image/3c/79/4b05d750169fdffb2aa20d8c541f9624.jpg?random=1a61cf644fac2132e8586d4aafec8068 … Fig1b最右画像とFig2g下画像の胎盤部分だけが、なぜか互いに類似。しかも2画像の実験条件は互いに異なる?前者はSTAP細胞のキメラ、後者はFI-SCのキメラ



小保方晴子氏のNature論文(Article)の疑惑1
Figure1のi の電気泳動画像は複数のレーン画像を切り貼りして合成したものか?
レーン3と、レーン2,4の間に境界線有り。

http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html
http://i.imgur.com/pdxuKOp.png
訂正 (Unknown)
2014-02-14 01:27:11

説明図にtypoがあったので、訂正しました→
http://blogimg.goo.ne.jp/user_image/57/56/bd9e7c2642ffe8d9179f7714ba6fe8e8.jpg?random=e5fca4d60c084280a8694b806e12e9bb
Unknown (帰ってきた通りすがりの者)
2014-02-14 04:26:12
 NatureのSTAP論文まで想像を超えた酷さだ。
ここまで明らかになった以上、ジ・エンドかと思います。

 刺激を与えれば分化している細胞が多能性を獲得する話までは信じられたよ。

 しかし、STAP細胞が自己複製能力はないものの全能性を有する(胎盤に入る)がSTAP幹細胞になると自己複製能力が備わるものの全能性は無くなり多能性を獲得するのみという点は熟考していた。

 何のことはない、皆さんが指摘されたように捏造されていたからなのか。。。

 <全能性を有するSTAP細胞>の発見は壮大な創作だったのか・・・。

 なぜSTAPをつくったハーバードにあるHSCI(幹細胞研究所)のメルトン先生をはじめとする超大御所がノーコメント状態なのか。HSCIのHPを見てもSTAPの記述が無いのは不思議だった。ハーバードのバカンテイ軍団とは距離を置いているのだろう。

 さて、ここでの説明を持って日本のTV局のアメリカ支店は、ボストンにいってくれ!まず、HSCIのメルトン博士にもコメントをとり、バカンテイラボを直撃せよ。もはや追試ではない。「事実の解明」だ。Natureの東京特派員も本部に現状を伝えるべく仕事しようよ!

 総理も小保方さんが現政権の足を引っ張ることになろうとは夢にも思わなかったろう。

 でも、今日のバレンタインデーまではまだ大丈夫。
このようにネットでの騒ぎでまだ済んでいる。

 指摘者は<告発>というより、まずはソフトに<疑問の解明>を早稲田と理研に求めると良いかもしれない。

 恐らく、彼女の方法とは異なるやり方でしか「ヒト成人STAP幹細胞」はつくれないだろうが、誰が、それを成し遂げるのか?新たな興味が沸いてきた。
新たな疑惑 (Unknown)
2014-02-14 05:24:53
STAP細胞の小保方晴子氏のTissue Eng Part A誌の論文(彼女の博士論文の成果の一部)に、新たな疑惑が浮上。
Fig.2のFgf5とFig.3のNat1の実験画像が類似している。
http://blogimg.goo.ne.jp/user_image/0a/5b/3fd0cbcde0c122eb28d4783638a9ca68.jpg
 (かつ)
2014-02-14 07:29:17
あんだけ加藤茂明で話題になってたことをやるかなあ?
Unknown (Unknown)
2014-02-14 10:33:06
ダメとか決めつけてる奴w(コメント欄ね)
さらに一つ (見学者)
2014-02-15 12:44:14
捏造スレ14の101番目の書き込みに引用されているものは、悪質度は高いと思います。引用ください。

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