菅首相は１５日午前５時４０分、首相官邸から東京・内幸町の東電本店２階の統合本部を訪れ、「テレビで爆発が放映されているのに、官邸には１時間くらい連絡がなかった。一体どうなっているんだ」「あなたたちしかいないでしょう。撤退などありえない。覚悟を決めて下さい。撤退した時は、東電は１００％つぶれます」と強調した。
首相は官邸を出発する直前、統合本部の発足を発表。記者団に「憂慮すべき状況は続いておりますけれども、何としてもこの危機を乗り越える陣頭指揮に立って、やり抜きたい」と厳しい表情で語った。
統合本部は海江田万里経済産業相と清水正孝東電社長を副本部長とし、海江田氏を東電本社にほぼ常駐させる。統合本部発足は、福島第一原発１～３号機で次々と起きる事故に、官邸が不信感を募らせたことが背景にある。枝野幸男官房長官は首相が東電に向かった直後の午前５時半過ぎ、官邸で緊急に記者会見し、「時々刻々と変わる状況に対し、対応を適切に行うとともに国民にしっかりと正確かつ迅速な情報をお伝えする必要がある」と説明した。