概略としてこの論文は、
「日中戦争は侵略戦争ではない」
「日米戦争はフランクリン・ルーズベルトによる策略であった」とする自説を展開したうえで、
「日本政府は集団的自衛権を容認すべきである」と主張したものです。
日本国政府の見解（村山談話、小泉談話）と異なる、或いはその見解を否定する立場からの主張が行われていると防衛省幹部と政府は判断しました。
政府は自衛隊法46条の「隊員としてふさわしくない行為」に当たる可能性があると判断し、懲戒免職を検討しましたが、田母神氏が辞職を拒否し懲戒調査に応じる姿勢を見せたので、
2009年1月21日である幕僚長としての定年までに手続きが間に合わないと判断し、幕僚長解任・一空将となっての幕僚監部付を命じて更迭処分としました。この処分により定年が縮り、11月3日付けで定年退官となりました。
《新聞各紙の報道》
【朝日新聞】は11月2日付け社説で、「ぞっとする自衛官の暴走」と題して、「こんなゆがんだ考えの持ち主が、こともあろうに自衛隊組織のトップにいたとは。驚き、あきれ、そして心胆が寒くなるような事件である」の一文から始まる文章で田母神を批判。次に「文民統制の危機」だと警鐘を鳴らした。また、他国への影響についても言及し、「日本の国益は深く傷ついた」と論を進め、さらに麻生首相の認識の不十分さも指摘し、「この事態を生んだ組織や制度の欠陥を徹底的に調べ、その結果と改善策を国会に報告すべきだ」と主張した。
【読売新聞】社説は、「歴史認識というものは、思想・信条の自由と通底する面があり、昭和戦争に関して、個々人がそれぞれ歴史認識を持つことは自由である」としながらも、「しかし、田母神氏は自衛隊の最高幹部という要職にあった。政府見解と相いれない論文を発表すれば重大な事態を招く、という認識がなかったのなら、その資質に大いに疑問がある」と断じたように、「論文の内容」と言うよりも、村山談話などを引き合いに、「政府の要職という立場の問題」を前面に出した。
【毎日新聞】社説は、田母神本人への批判もさることながら、「こうした認識を公表して悪びれない人物がなぜ空自の最高幹部に上り詰めたのか。大いに疑問である」「政治家の姿勢や言動が、問題の背景」にあると、主に政府への批判の色が濃いものとなっていた。また同時に、問題の根本的解決策として「文民統制の強化」を訴えた。
【日本経済新聞】では、「解任は当然」との見解を述べ、政府の姿勢に対しては特に批判はせず、一歩引いた立場で田母神や自衛隊についての解説などを行った。終わりには「防衛省史には今回の騒動も守屋時代の負の遺産と書かれるのだろうか」とした。
【産経新聞】は、一貫して田母神擁護の論調をとった。社説『主張』は「氏の論文には、かなり独断的な表現も多い」としながらも、「第一線で国の防衛の指揮に当たる空自トップを一編の論文やその歴史観を理由に、何の弁明の機会も与えぬまま更迭した政府の姿勢も極めて異常である。疑問だと言わざるを得ない」と政府の姿勢を非難した。また、村山談話そのものにも疑問を呈し、さらにはこの談話を「あくまで政府の歴史への「見解」であって「政策」ではない」として、同時に「侵略か否かなどをめぐってさまざまな対立意見がある中で、綿密な史実の検証や論議を経たものではなく、近隣諸国へ配慮を優先した極めて政治的なものだった」と、他紙とは一線を画した独自の論を展開した。加えて、「今、政府がやるべきことは「村山談話」の中身を含め、歴史についての自由闊達な議論を行い、必要があれば見解を見直すということである」と「村山談話」の再検討を訴えた。ただし、自衛官が政治的行動を行ってはならないというシビリアンコントロール（文民統制）については一言も触れていない。
また『正論』2009年2月号では、田母神論文の日本は侵略国家ではないという主題は正しいとする別宮暖朗の論文や、自衛官の言論の自由があるなどとして、これでは毛沢東時代の中華人民共和国の思想統制と変わらないとする石平の論文を掲載したほか、産経新聞客員論説委員の花岡信昭は朝日新聞の日野「君が代」伴奏拒否訴訟に対する否定的な報道を引き合いに出し「ダブルスタンダード」と、自身がかつて肯定する報道をしたことには触れず批判するなど、田母神の論文内容の正当性を主張する姿勢を一貫してとった。ただし、産経新聞も『正論』欄において田母神の行動を批判する森本敏や櫻田淳の原稿を掲載するなど、まったく否定派の意見を掲載しなかったわけではない。
次に各政党の見解ですが
自民党政権下の石破茂は
「文民統制の無理解によるものであり、解任は当然。しかし、このような論文を書いたことは極めて残念」の一言に尽きると言い、
民主党は「こんな論文は言語道断、侵略を隠蔽しようとしている」とあるようにその他の野党も横並びで同意見です。
これまでの文民統制は左手で口を覆い右手でその左手を払いながら喋るという自虐的芸当だったわけです。
この田母神論文が齎したものは翌年からの民主党による「失われた3年」「保守色を前面に出した自民党の復活」「安倍談話」良くも悪くもこの論文が日本に齎したものは文民統制、政治、マスメディアが敏感にアレルギー反応の様に挙って反旗を翻したことからも分かる通り、まさに左側に傾いた日本に一石を投じたのです。
この田母神論文に最も強硬な姿勢で反発した朝日新聞が現在どの様な立場に立たされているかは言うまでもない事ですが、これに対して始まった保守的な言論の復興は少しずつ大きな波となって砂上の楼閣を崩していくのでしょう。