乗客569人と乗員17人（運航乗務員2人、客室乗務員15人）を乗せた那覇発羽田行きNH126便は、定刻より24分遅れて午後0時59分に那覇空港32番スポットを出発した。
使用された機体（登録番号JA8961）B747-400Dは、1993年4月13日製造。総飛行時間は4万6160時間、ANAでは1979年のB747の導入以来、約35年間に渡って通算で47機を就航させてきたが、同型機のなかでANAが運航する最後の1機となった。
コックピット左席（PIC）はB747-400部長の藤村弘機長、右席には往路NH127便でPICを務めた神田丈司機長、チーフパーサーは千葉陽子CA。１５名の客室乗務員は747-400就航当時の8代目制服を着用した。
