3Dソフトのカメラや平面の動きをFBX形式で読み取ることができるプラグインがリリースされています。
「FBX to AE」 http://aescripts.com/fbx-to-ae/
2009年にOCNブログで記事にしていた、Collada形式のファイルを読み込めるプラグイン「Collada Plugin for After Effects」が現在はフリーとなっているようです。
http://www.clintons3d.com/aecollada/getit.html
2009年以降のCollada プラグインに関する記事まとめ
2009年 【3D to AE】Collada plugin for After Effects：入出力対応
2010年 【After Effects】CS5 に Collada 形式を入出力するプラグイン