1941年12月8日、アジア太平洋戦争の口火を切ったパールハーバーの奇襲と同時に、日本陸軍第25軍先遣兵団がマレー半島コタバルに上陸。12月10日、マレー沖海戦により英国東洋艦隊を撃破、ペナンは、12月11日、日本陸軍航空隊によって攻撃、占領された。
ペナンは、1941年12月から45年8月までの3年8ヶ月、日本の占領下におかれたが、日本の敗戦後、再び12年間に及ぶイギリスによる植民地支配が始まった。
その後1957年、マラヤ連邦の独立とともに、ペナンは、その1州となり、1963年に現在のマレーシアが成立した時、その13州の1州となった。
イギリスの統治が終わった。