しかしながら、 ケダのスルタンが要求した軍事援助等の約束は反故にされたため、ペナン島からの撤退を要求したが、東インド会社、フランシス・ライトはこれを拒否。逆にライトはスルタン側を軍事攻撃し、1791年、ペナン島を割譲させた。
ペナンはインドと中国の貴重な特産品を運ぶ船の乗組員たちの休息地であり、燃料や食料の補給地、船舶の補修地として機能していた。また、マラッカ海峡は、インド、アラブ、ヨーロッパや中国などの商人にとって不可欠な航路であり、海峡の北の出入り口に位置するペナンは商業や文化の中心地となった。
ペナンはイギリスの統治下にあったおよそ１世紀半にわたって、自由港として繁栄した。コショウ、檳榔樹、樟脳、籐の集散地となるとともに、アヘン、スズ取引の中心地ともなった。