2018年版山梨県レッドデータブックに登録されている山梨県の絶滅危惧の水生植物はおおむね以下の通りである。
絶滅危惧ⅠA類（CR）
タヌキモ科 タヌキモ （2005山梨県CR 2017環境省NT）
ガマ科 ミクリ （2005山梨県CR 2017環境省NT）
ガマ科 ナガエミクリ （2005山梨県EN 2017環境省NT）
絶滅危惧ⅠB類（EN）
スイレン科 ヒツジグサ （2005山梨県EN 2017環境省－）
トチカガミ科 ミズオオバコ （2005山梨県EN 2017環境省VU）
ヒルムシロ科 イトモ （2005山梨県EN 2017環境省NT）
絶滅危惧Ⅱ類（VU）
オモダカ科 アギナシ （2005山梨県VU 2017環境省NT）
ヒルムシロ科 フトヒルムシロ （2005山梨県VU 2017環境省－）
準絶滅危惧種（NT）
オモダカ科 ヘラオモダカ （2005山梨県NT 2017環境省－）
情報不足（DD）
トチカガミ科 イトイバラモ （2005山梨県－ 2017環境省VU）
ミソハギ科 ヒメキカシグサ （2005山梨県－ 2017環境省CR）
ミソハギ科 ミズキカシグサ （2005山梨県DD 2017環境省VU）
ミソハギ科 ヒシ （2005山梨県－ 2017環境省－）
ミズアオイ科 ミズアオイ （2005山梨県－ 2017環境省NT）
まだ見ていない植物が多数あり情報も少なく、課題が多い。
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