照会番号とは、「行政機関等に対してされる申請等に関する法令の規定において申請等の書面に添付し、又は申請等の際に提出すべきこととされている書面が登記事項証明書である場合において、行政機関等の定めるところに従い、行政機関等が本制度によって送信される登記情報をもってこれに代える（ことができる）としているときに、行政機関等が当該登記情報の提供を受けるために必要な情報」をいい、一つの登記情報ごとに発番され、発行年月日と１０桁の数字から成ります。
行政機関等に対するオンライン申請等において登記事項証明書の代わりに照会番号を添付することにより、申請等を受け付けた行政機関等は、この照会番号に基づきインターネットで登記情報の確認を行います。なお、この確認が可能な期間は、発行日から１００日間（発行日の翌日から起算します。）です。
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji25.html
行政機関等は、行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律第２条第２号に定める機関であって、法務局は、内閣府設置法第43条及び第57条、国家行政組織法第9条に規定されている国の行政機関（法務省）の所掌事務を分掌する地方出先機関で、法務省設置法（平成11年法律第93号）第18条に基づき設置されている機関であり、行政機関等には含まれない。
照会番号は、法務省が保有する登記情報を行政機関等に提出する際に利用することができる電子情報である。行政機関等に書面で申請する場合（行政機関等が内容を確認できる場合）も利用できるが、法務局に書面で申請する場合は利用できない。
行政機関等は、確認番号が提供されたときは法務省のオンライン申請システム（又は登記情報提供サービス）に接続してその内容を確認している。行政機関等は、利用する JAVA のバージョン等の問題で、専用の端末を利用しているものもある。
法務局の端末は当然に確認番号の内容を確認できるのであるが、法務局に対する書面申請の場合は、確認番号を利用することができない。
要は、確認番号を書面の登記申請で利用できないのは、法務局は法務省の出先機関であって、行政機関等ではないからってこと？
これって変でしょう？
トータル
