法務省のサイトからの引用です。
【電子証明書を送信する場合の注意事項】
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji72.html#05-c
申請情報,補正情報,取下げ情報にされた電子署名及び電子証明書については,申請人等が法務省オンライン申請システムにおいて,「送信実行」の指示をした後に署名検証及び有効性確認を行うこととなりますので,この時点で有効な電子証明書が提供されていない場合には,エラーとなり,法務省オンライン申請システムに送信しません。
また,既に無効となった電子証明書が付された委任情報を添付情報として送信した場合には,エラーにはなりませんが,申請情報の場合と同様の取扱いを行う必要があることから,法務省オンライン申請システムに到達した時点(申請番号が発行される時点)で存在し,また有効なものでなければ却下の対象となります。
委任情報を除く添付情報については,電子署名を行った時点で電子証明書が存在し,有効なものであればよく,したがって,法務省オンライン申請システムに到達した時点で有効でなくても差し支えありません。
【電子証明書を送信する場合の注意事項】
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji72.html#05-c
申請情報,補正情報,取下げ情報にされた電子署名及び電子証明書については,申請人等が法務省オンライン申請システムにおいて,「送信実行」の指示をした後に署名検証及び有効性確認を行うこととなりますので,この時点で有効な電子証明書が提供されていない場合には,エラーとなり,法務省オンライン申請システムに送信しません。
また,既に無効となった電子証明書が付された委任情報を添付情報として送信した場合には,エラーにはなりませんが,申請情報の場合と同様の取扱いを行う必要があることから,法務省オンライン申請システムに到達した時点(申請番号が発行される時点)で存在し,また有効なものでなければ却下の対象となります。
委任情報を除く添付情報については,電子署名を行った時点で電子証明書が存在し,有効なものであればよく,したがって,法務省オンライン申請システムに到達した時点で有効でなくても差し支えありません。