政府は5月27日、新型コロナウイルス感染症対策の追加措置として一般会計31兆9千億円の令和2年度第2次補正予算案を閣議決定した。今国会の会期中の6月17までの成立をめざす。
第2次補正予算案では、雇用調整助成金の拡充、事業者向けの資金繰り対応の強化、家賃支援給付金、医療提供体制等の強化などが盛り込まれた。
農林水産関係の予算は総額658億円で、地方創生臨時交付金、予備費を中心に措置し、1次補正予算の執行に全力をあげ、執行状況に応じて予備費から手当てする。
このうち、水産関係では「漁業収入安定対策の拡充」として積立ぷらすの基金の充実を図るが、不足があれば予備費による積み増しを行う。
「漁業者等の資金繰り対策の強化」として128億円を計上し、農林漁業セーフセット資金等の実質無利子化・無担保等の融資枠を拡大し、農林漁業セーフティネット資金としてさらに融資を受けやすくするための漁業者向けの劣後ローンを措置する。農林漁業セーフティネット資金の融資枠は135億円から1,335億円に1,200億円拡充する。漁業近代化資金は100億円から135億円に35億円拡充する。保証枠（実質無担保化等）は509億から575億円に66億円拡充する。
「休業中の漁業者対策」として「資源・漁場保全緊急支援事業（基金）」17億円（所要額）を確保し、休漁を余儀なくされている漁業者の漁場保全活動や資源調査を支援する。対象は漁船による漁場の耕うん・清掃（例：6万円／隻･日）、藻場におけるウニ駆除等（同1万円／人・日）、海水温の観測等（同6万円／隻･日）などが想定されている。
「農林漁業の経営継続のための支援措置」として「経営継続補助金」200億円（内数）を創設し、漁業者の経営継続に向けた取り組みや、感染拡大防止措置を行う場合の経費を支援する。（1）省力化機械の導入など生産・販売方式の転換に必要な経費（補助率３／４、上限100万円）（2）（1）の取り組みに加え、業種別ガイドライン等に即した消毒、換気設備等の感染防止対策（定額、上限50万円）が対象になる。
「1次補正予算の運用改善等」として①特定水産物供給標準化事業の保管料、運搬料等の経費に対する補助率を１／２から２／３に引き上げる
②水産業労働力確保緊急支援事業の掛かり増し賃金等の支援水準を１／２から定額（上限500円／時）に拡充するとともに支援機関を12月まで延長する。また、遠洋漁業への支援は外国人船員を現地の港で配乗する際の経費を追加する。
③水産緊急総合対策事業の農林漁業セーフティネット資金の利子助成上限額を１千万円から3千万円・４千万円に引き上げる。基金協会等の求償権償却経費の助成水準を２／５から４／５に拡充する。
④国際農林水産物等販売促進緊急対策は、インバウンド需要の減少や輸出の滞留だけでなく、外食需要の減少を要件に追加し、対象品目を拡大させる。以上のほか、平準化事業、労働力確保など1次補正で措置された事業は執行状況に応じて予備費を手当てする。