Laboratory ARA MASA のLab Note

植物観察、読んだ論文に関しての備忘録
ホームページの更新情報

論文)小さなORFにも意味がある

2013-03-13 21:02:06 | 読んだ論文備忘録

Small open reading frames associated with morphogenesis are hidden in plant genomes
Hanada et al.  PNAS (2013) 110:2395-2400.
doi:10.1073/pnas.1213958110

ゲノム情報に注釈付けをする際に、30-100アミノ酸をコードしている小さいオープンリーディングフレーム(sORF)の多くは注釈が付けらずにいた。理化学研究所 植物科学研究センター  機能開発研究グループの花田らは、シロイヌナズナゲノムを独自に開発した手法を用いて解析し、遺伝子間領域に7901個のsORFを見出した。これらのsORFが実際に発現しているかを16の成長ステージと17の環境条件で調査したところ、96%(7581個)のsORFが発現していることがわかった。また、27%(2099個)のsORFが特定の条件下で強い発現を示すことがわかった。7901個のsORFについて他植物ゲノムとの類似性検索をしたところ、4844個のsORFが他植物にも存在していた。7901個のsORFから無作為に選んだ473個について過剰発現個体を作製して表現型を観察したところ、10%(49個)のsORF過剰発現個体で形態変化が起こった。これら49個のsORFと共発現している遺伝子群の遺伝子オントロジー(GO)を見ると、金属イオン結合、ヌクレオチド結合、キナーゼ活性、リン酸化、細胞間情報伝達、細胞死、ホメオスタシス、防御応答、熱応答に関連するものが見られた。以上の結果から、植物ゲノム中に隠されている多くのsORFが何らかの機能を有していると考えられる。

 

理化学研究所のプレスリリース 「未知のゲノム領域にペプチド大陸が存在

コメント    この記事についてブログを書く
  • X
  • Facebookでシェアする
  • はてなブックマークに追加する
  • LINEでシェアする
« 論文)葉の老化を促進するSAU... | トップ | 論文)トマトの複葉形成と分... »
最新の画像もっと見る

コメントを投稿

読んだ論文備忘録」カテゴリの最新記事