ＡＰＧⅡでは、被子植物を ・原始的双子葉類 （原始的な形質を備えた双子葉類の１群）
・ 単子葉類
・ 真正双子葉類 （進化が進んだ双子葉類の１群）
の３群に区分し、単子葉類は原始的双子葉類から進化したと仮定しています。 従来の新エングラー分類体系のように双子葉類の後に単子葉類を置く処置は現在の系統進化についての理解からは外れています。
単子葉類のユリ科はきわめて多様な植物群が含まれていて、近年その分類体系が最も揺れ動いたグループです。
ユリ科からだけではなく、なんと！ユリ目からもはずれてしまいました
・オモダカ目 チシマゼキショウ科 へ移動
・イワショウブ （チシマゼキショウ科 チシマゼキショウ属） ← ユリ科
・サクライソウ目 サクライソウ科 へ移動
・オゼソウ （サクライソウ科 オゼソウ属） ← オゼソウ科 ← ユリ科
（Murmur ： オゼソウの属名 Japonolirion は「日本のゆり」だったのに・・・サクライソウ科ですか・・・）
・キジカクシ目 キジカクシ科 へ移動
・スズラン （キジカクシ科 スズラン属） ← ユリ科
・ヤマノイモ目 ノギラン科 へ移動
・キンコウカ （ノギラン科 キンコウカ属） ← ユリ科
（Murmur ： 目のレベルで移動してしまうなんて・・・、もうユリの仲間だなんて言えなくなってしまいました）