本書を読むことにした理由は、この原点ともいうべき本を通過せずに進化のことを云々できないだろうという義務感だけではない。ダーウィンは自然淘汰説によって進化学を打ち立てただけでなく、人間を含めた動物の利他性にも注目していたといわれている。また、ダーウィン本人は自閉症スペクトラム（ASD）だった可能性も指摘されていて人間としての興味もある。そうした、いくつかの理由があった。そして、八杉龍一訳ではなく、こちらの渡辺政隆訳を選んだのは、読みやすいだろうということと、現代生物学から見た解説が付いていたからである。
こういう古くて難しい本は解説から先に読んだほうがいい、と考えて読んだ解説には次のようなことが書かれていた。
ダーウィンが資産家の家の生まれであったことは、これまでの世界観を変えるほどの大きな思想・理論を生みだすのに大いに役立ったと考えられる。たとえば、ビーグル号に乗船するときは、今の日本円に換算して500万円ほどに相当する支度金を父親に融通してもらっている。また、資産に恵まれていたため、終生、職業に就くことはなかった。彼は資産家の自然史学者として、世界中の自然史学者や市井のナチュラリストを相手に膨大な量の書簡を交わすことで情報交換を行った。そして、さまざまな材料を取り寄せて自ら実験観察も行っていた。人間的には、誰に対しても寛容で親切で、繊細であった。ビーグル号の航海から帰還後は、たびたび自律神経失調症的な症状に見舞われていた（岩波明氏によればASDだったとのことである）。1839年に「ビーグル号航海記」を出版したものの、生物進化についての考察は長年月かけてじっくり温めていて、論文や著作として発表することもなかった。ところが、1858年に突然、一通の手紙を受けたことで慌てふためく。若きナチュラリスト、アルフレッド・ラッセル・ウォレスが、ダーウィンが密かに育んでいた自然淘汰説とうり二つの内容を発表したいと打診してきたのだ。出し抜かれると慌てたダーウィンは、地質学者のチャールズ・ライエル、植物学者のジョゼフ・フッカーと相談した結果、リンネ学会の集会で、ウォレスの論文とダーウィンの関連文献が同時に発表されることで自然淘汰説に対する両人の優先権が同時に認められる形になったのであった。また、ダーウィンは大著「自然淘汰説」を数百ページほど書き進めていたが、その要約をまとめて1859年に出版したのが「種の起源」だった。個々の生物進化を実験で再現することはできない。つまり通常の科学の方法では扱えない事象である。ダーウィンは、仮説を構築し、傍証を積み上げるという歴史科学の方法を確立することで進化学を科学にした。そのことも、自然淘汰説を打ち出したことと並ぶ、本書の功績だろう。
さて、本書の正式なタイトルは「On the origin of species by means of natural selection（自然淘汰による種の起源）」である。上巻の章立ては次のようになっている。
はじめに
第1章 飼育栽培化における変異
第2章 自然条件下での変異
第3章 生存闘争
第4章 自然淘汰
第5章 変異の法則
第6章 学説の難題
第7章 本能
飼育されている家畜や栽培されている植物の話から始まる。これらは、原種から変異によって性質が変わったものを人が選抜することで新たな品種となったものだ。そして様々な変種に広がっている。自ら飼育したというハトの話がよく出てくる。同じようなことが自然界で起きていても、おかしなことではないという主張である。遺伝の仕組がまだわかっていなかった時代だから、変異がどうして起こるのかについては、まだあいまいなところもある。「変異しやすさには、．．．用不用もいくらかは関係しているはずである。(p.85)」と、獲得形質の可能性をほのめかすような記述も少しある。
個体差はだれとだれの間にもあるものだが、それを重視している。「個体差は、われわれにとってとても重要な意味をもっている。なぜならちょうど人間が飼育栽培種の個体差をどんな方向にでも蓄積できるのと同じように、自然淘汰が蓄積するための素材を提供するのが個体差だからである。(p.91)」また同様に、「どれかの種の子孫が変化していくあいだや、すべての種が個体数を増やそうとして常に闘争を演じる中で、多様化した子孫ほど、生きるための闘いで勝利する可能性が高くなることだろう。(p.225)」と述べ、種内の多様性も重要だとしている。むしろ、均一化した種は生き残りづらいことを示唆している。こうしたダーウィンの理論の側面は、取り上げられることが少ないかもしれない。
新種の形成において、隔離の一定の役割も認めている。「隔離には、他の地域からの移住とそれが引き起こす競争を防ぐことで、新たに生じる変種がゆっくり改良される時間を提供するという効果がある。(p.190)」これは、日本ローカルの進化学説「すみわけ理論」に似てないだろうか。一方、ダーウィンは結論としてはこう述べている。「しかし、生物が変わる速度は広い地域のほうが一般に早いはずである。さらに重要なのは、広い地域で形成された新しい種や変種は、その時点ですでに多くの競争相手に打ち勝っており、きわめて広い範囲まで分布を広げ、とても多くの新しい変種や種を生じさせることで、生物界の歴史を変える上で重要な役割を果たすだろうと結論できる。(p.192-193)」
自らの学説の正当性については非常に慎重なところがあって、難題や反論を予想して、じっくりと説明していく。そうした難題、反論として次の4つの項目をあげている。①種が移行するとして、その以降途中の中間段階にあたる種類がいたるところで見つからないのはなぜか。②比類なき完璧さをもつ眼のような構造を、自然淘汰が生み出せるのか。③幾何学的にみてすばらしいミツバチの巣房を作るような本能は、自然淘汰の作用で獲得できるのか。④種間の交雑では不稔だったり不稔の子が生まれるのに、変種間の交雑では稔性が損なわれないのはどうしてか。
カッコウが他の鳥の巣に托卵する本能、ある種のアリが奴隷狩りをする本能、ミツバチが巣房を作る本能といった、複雑な本能が自然淘汰でどのように選ばれてきたのかに強い興味を持って説明を試みている。こうしたカッコウやアリが示すような利己的な行動や本能は、「種の起源」出版から100年以上後に、リチャード・ドーキンスが「利己的な遺伝子」において改めて解釈し直したところである。そして、働きアリは完全に不妊であるため、その形態や本能で獲得した変更を次代の子孫へと伝えていくことができないような例について、ダーウィンは「この困難は克服しがたいようにも思える。しかし、自然淘汰は個体だけでなく家族にも適用可能だし、そうだとすれば望みの目的が達せられることを考えればこの困難は縮小するし、私としては消滅すると信じている。(p.395)」と述べている。これはもう、自然淘汰を受ける主体は個体ではなく遺伝子であるという「利己的な遺伝子説」にかなり近いところまで来ているように思えるのである。
