そして作品に対する批判の主原因と思われるもう一つの要素、「ボーイミーツガール」（表テーマ）と「父と息子の物語」（裏テーマ）のずれについて。
これは（１）でも書いたように公式サイトや「Ｙａｈｏｏ！ムービー 『銀色の髪のアギト』特集」で「ボーイミーツガール」を思わせる表現が多数なされていることからいって、宣伝の都合上、「少年と父との絆の物語」とするよりは「少年と少女の運命的絆の物語」（「異なる価値観の衝突と和解」というテーマをこの二人が負っているので、その意味では間違いではない）の方が冒険ジュブナイルとしてさまになるという事情があったのかなと思います。
ところでこの「ボーイミーツガール」の問題について、勝地くんが興味深いコメントをしています。
『アギト』公開中に、アギト役の勝地くん、トゥーラ役のあおいちゃん、カイン役の濱口さんが作品のテーマについて述べるＴＶのスポットＣＭ（『いま得！』）があったのですが、そこで勝地くんは、
「『アギト』はお父さんに対する想いだったりだとか親子愛だったりとか、人の生きる強さだったり、すごく壮大な物語になってると思いますし、その、人と人との繋がりをしっかりと描かれていた作品になっていると思います」（話言葉なので文法がちょっと変ですがそのまま書き写しました）
と話していました。
真っ先に「お父さんに対する想い」「親子愛」と言い、「恋愛」という言葉は全く使っていない。舞台挨拶（ＤＶＤ特典ディスクに収録）でも作品のテーマについて「いろんな愛が入っているとすごく思います。家族愛だったり、人の、その、生きていく強さだったりだとか、そういうメッセージがあると思います」と話していました。
つまりはアギトを演じた役者自身がこの作品を「恋愛もの」として捉えていない。もし勝地くんに「アギトにとって一番大事な人は誰か」と質問したなら、きっと「お父さん」という答えが返ってきたでしょう。
杉山監督自身は、
「例えば男の子が女の子に一目惚れしたとします。（中略）一目惚れするのは楽だけど、その後、人としてどんな行動を取っていくのか。この映画ではアギトという少年がトゥーラという少女に出会います。アギトがそこでどう責任を果たし、自分の殻を破っていくのか。言い換えれば自分と身の回りにいる人との関係性、自分と家族、あるいは自分と国。（中略）僕が考えているテーマは、そこにありました。」（※５）
と語っているので、「ボーイミーツガール」もテーマに含んではいるけれど、恋愛という枠を超えたより広い「愛」がテーマ、という感じでしょうか。
ＤＶＤ特典冊子のインタビューでは「テーマは人間関係ですよ。それも、基本的には親子の関係。」とはっきり答えていました。それも原案にはあまりそういうテーマがなかったのを杉山監督が付け足していったのだそうです。
実際作品を見るかぎりでは、アギトが行動する動機は第一に父および父の造った街にあるとしか思えなかったので、杉山監督の意図はちゃんと作品のカラーに反映していたんではないでしょうか
（ちなみに上記のＴＶスポットＣＭですが、あおいちゃんは「環境問題」、濱口さんは「音楽や絵の素晴らしさ」について触れていました。コメントが全員ばらけてるので「人」「森」「音楽など」でそれぞれ分担を決めたんでしょうね）。
もう一つこの作品が「ボーイミーツガール」「環境問題」がメインテーマと見なされる理由として、『天空の城ラピュタ』『風の谷のナウシカ』などの宮崎駿監督作品にイメージが重なるため、というのもあるかと思います。
「ラピュタに似てる→ボーイミーツガール」「ナウシカに似てる→環境問題」という図式（まあ『ラピュタ』も『ナウシカ』も単純に「ボーイミーツガール」や環境問題テーマの作品とは言い切れないんですが）。
これについては杉山監督が「やはり宮崎作品の力は大きくて、アニメ界の隅々まで影響を及ぼしている。だから放っておくと寄っちゃうんです。（中略）よく見てもらえればわかると思うんですが、全然ジブリさんとは違う」とコメントしています（※４）。
この発言は「『アギト』は「ボーイミーツガール」「環境問題」の話じゃない」ことを主張するもののように思えます。
ただしこのあと「寄る」のを防ぐためにどうしてるかという流れで配色の話になってしまうので、「ジブリさんとは違う」のがストーリーの根幹なのか単に配色なのか、もひとつはっきりしない部分があるのですが。
※４・・・『銀色の髪のアギト コンプリート』（メディアファクトリー、２００６年）のインタビュー
※５・・・『季刊ＤＶＤレビュー』８５号
