珍しく「アニメの」ネタバレ注意になります。
学園祭編で「過去の改変」をやったネギたち。
ネギま！世界の時空設定(と呼んでいいものか)はかの
「ドラえもん」の時間旅行に最も近いと思われます。
ドラえもんの世界では時間改変によるパラレルワールドの
出現は考慮されておらず、改変された過去はそのまま
未来の改変者に影響を与えます。しかし「未来日記」などでは
時間改変によりパラレルワールドが発生し、改変者の
時間軸には直接の影響を及ぼしません。同様の設定の作品には
「ドラゴンボール」等がありますが、ネギま！がこの形だったら？
恐らく分岐発生時点は「ネギたちが文化祭期間に戻ってきたとき」
になり、この時点には(時間を飛ばされた)ネギたちは存在せず、
ネギたちだけ分岐をしていないということになります。
つまり改変後世界には「もう一人の」ネギたちは存在しないことに。
そして当然、その子孫たる改変者、超も存在しないことに。
ただしそのままその世界はその世界で彼らの存在しないまま・・・
まあこの仮説を取ると文化祭期間にネギが複数存在したことが
説明しづらくなるのですが、「改変を伴わない」と考えればあるいは？
そして、超が痲帆良にやってきた時点でも実は分岐が、ということに。
ここら辺のことは案外、考えれば考えるほど難しくなるのかもと・・・