2006年1月23日、IT会社「ライブドア」
1月16日、証券取引法違反の容疑により、六本木ヒルズ内の本社および堀江の自宅・新宿の事業所など、東京地検による家宅捜査を受ける。1月18日 - ライブドア元取締役でエイチ・エス証券副社長（当時）野口英昭が沖縄のカプセルホテルにて死亡（沖縄県警は自殺と発表）。1月23日 - 証券取引法違反の疑いで東京地検により堀江、財務担当の取締役宮内亮治、関連会社ライブドアマーケティング（現 メディアイノベーション）の社長を兼ねる取締役岡本文人、金融子会社ライブドアファイナンスの社長中村長也4名が逮捕される。
2006年4月11日、テレビ放送会社「NHK」～着服事件
4月11日、報道局スポーツ報道センターのチーフプロデューサーがカラ出張を約240回繰り返し約1700万円を着服。
NHKは、資金が潤沢、受信料を取らなくても良いのでは。
2006年4月26日、設計会社「イーホームズ」、建設会社「木村建設」
4月26日、警視庁は、姉歯秀次元建築士（名義貸しによる建築士法違反幇助）、イーホームズ社長（電磁的公正証書原本不実記載）、木村建設社長（粉飾決算による建設業法違反）、同社元東京支店長（建設業法違反）をそれぞれ逮捕。容疑者は全員起訴される。
2006年5月17日、マンション販売会社「ヒューザー」
5月17日、警視庁は、ヒューザー社長を「偽装を知りつつマンションを引き渡した」として詐欺容疑で逮捕。
2006年7月28日、テレビ放送会社「NHK」～着服事件
年7月28日、NHK報道局男性記者がNHK杯国際フィギュアスケート競技大会の当日入場券の売り上げなどを管理する口座から約370万円を着服。
2006年8月12日、部品会社「トヨタ車体精工」
トヨタ自動車グループの部品メーカー「トヨタ車体精工」（TSK、愛知県高浜市）の高浜工場において、2006年3月、請負労働者が全治4週間のけがをしたのにもかかわらずTSKも労働者が所属する請負会社「大起」（同県岡崎市）も労働安全衛生法で義務づけられている労災報告をしていなかったことが報道された。記事によると、TSKによる「偽装請負」が行われていたとされる。「労災隠し」の疑いありとして高浜市を所管とする刈谷労働基準監督署が捜査に乗り出している。TSKも大起も7月に報道機関から指摘されるまで報告していなかった。
2006年10月19日、光学機器会社「キャノン」
キヤノンの宇都宮工場や、子会社の大分キヤノンなどで偽装請負が発覚し、2005年に労働局から文書指導を受けた。キヤノングループでは、請負労働者が約15,000人居るとされる。
2006年10月24日、新聞社「北海道新聞」
函館新聞社と北海道新聞社との裁判、和解へ。
北海道新聞社は、函館市で夕刊の地域新聞が創刊される動きがあったことを察知して、「函館新聞」をはじめ、「函館毎日新聞」「函館日日新聞」「函館タイムス」「夕刊函館タイムス」「夕刊函館」「新函館」「南北海道新聞」「道南新聞」の9つの題字商標登録の出願を行った。
しかし、函館新聞社はこうした商標の集中出願に対して新たな新聞の創刊を阻害させられる恐れがあるとして商標申請の取り消しを求めた。
これを受け、特許庁は函館新聞など4つの題号について審査。その結果、
- 北海道新聞は道内の代表的ブロック紙であり、函館地方の新聞創刊構想、気運、動向を知りうる立場にあった
- 地方紙の題字として採択される可能性が高い商標を集中的に、しかも自ら使用することが極めて低いにもかかわらず出願した
- この出願により、函館地方の新聞創刊の途を狭くしたことを目的といわざるを得ない
- 公正な競業秩序を乱す
として、北海道新聞社が出願した4つの題号すべてについて拒絶査定の判断をした。その際、函館新聞社が主張していた、新聞のタイトルには地名＋新聞、日報、タイムスなどのきわめて制限されたものしかない、同一地区で同じ新聞社が別の題字の新聞を発行していることは認められない、―といった主張を全面的に認定した。
1998年2月に公正取引委員会は北海道新聞社の行為が独占禁止法の3条前段（私的独占の禁止）に違反するとして「函館対策と称する一連の行為と同様の行為により，函新社の一般日刊新聞の発行に関する事業活動を排除しないこと」と排除勧告をしたが、北海道新聞社はこれに応じず審判手続が行われた。
審判手続は2000年2月に北海道新聞社が勧告の同意審決を申し出て終結し、道新社の行為が独禁法に違反することが確定した。
この事件は、道新と資本関係のあるテレビ北海道でのテレビCM放映拒否や、時事通信社の提携拒否、大手製紙会社による新聞用紙納入拒否など遺恨を残し、新聞業界の閉鎖性と新規参入の困難さを証明する結果となった。
2002年4月に函館新聞社は北海道新聞社に損害賠償を求め提訴。
2006年10月24日に、裁判所からの和解勧告により北海道新聞社が2億2,000万円の賠償額を支払うことと函館新聞社が訴訟を取り下げることで和解が成立した。
2006年12月26日、ガス機器会社「パロマ」
1985年から昨年にかけ、パロマ工業製ガス湯沸かし器による一酸化炭素中毒が28件発生、21人が死亡した。東京で96年に死亡した男性の遺族から要請を受けた警視庁の再捜査で、安全装置の不正改造が判明。経済産業省が過去の記録を調べ直し、今年7月に事故多発を公表した。同省はパロマを立ち入り検査し、改造が容易なこと自体が欠陥に当たるとして8月、7機種の回収を命じた。パロマが設置した第三者委員会は12月、同社の企業体質を批判し被害者への補償を促す報告をまとめた。
2006年6月5日、金融ファンド会社「村上ファンド」
東京地検特捜部は村上ファンド代表の村上世彰氏を証券取引法違反（インサイダー取引）容疑で逮捕した。2004年11月8日、ライブドアからニッポン放送の発行済み株式の5%を超える取引を行う意向を聞かされながら、翌日9日～2005年1月28日までに、同放送株193万3100株を売買したのではないかとされ、2006年6月5日、インサイダー取引容疑で逮捕された。2006年6月5日、記者会見を行い、ライブドアの当時の取締役等から重要な情報を「聞いちゃった」とし、東京地検特捜部の取り調べに対する調書にサインし、証券取引法違反の容疑を全面的に認めたが、意図的なものではなく、あくまで過失であった事を暗に主張した。