エツァート・エルンストの『鍼治療の科学的根拠』（医道の日本社、原著は1999）や、アドリアン・ホワイトの‘An Introduction to Western Medical Acupuncture’やあるいはDavid Bowsherの‘Mechanisms of acupuncture’で鍼鎮痛の理論を研究するとクリアーに理解しやすい。
まず、脊髄レベルでの「ゲート・コントロール」での鎮痛。
それに、脊髄から上行し、
脳幹（延髄・橋・中脳）の
網様体（reticular formation）、
大脳辺縁系（limbic system＝扁桃、海馬、帯状回）、
視床下部の弓状核（hypothalamic arcuate nucleus ）、
視床（thalamus）から、
前頭前皮質（Prefrontal cortex）、
大脳皮質感覚野（Sensory cortex）に行く。
視床下部の弓状核（hypothalamic arcuate nucleus）が上行系と下行系の交わるところである。
視床下部弓状核のドーパミン・ニューロンが視床下部の腹内側核（ventromedial nucleusまたはventromedial hypothalamus：VMH）に連絡し、ここから縫線核（raphe nuclei）系のセロトニン系と傍巨大神経細胞網様核（paragigantocellular reticular nucleus）を経由するノルアドレナリン系の下行性痛覚抑制系によって鎮痛が発現する。
中脳水道周囲灰白質（PAG;：periaqueductal gray matter）の電気刺激によるSPA（stimulation produced analgegia：刺激による鎮痛）は、鍼鎮痛と明らかに関係があるとされている。武重千冬教授によれば、ツボを電気刺激すると、中脳水道周囲灰白質（PAG）に活動電位が出る。また、中脳水道周囲灰白質（PAG）へのナロキソンの微量注入によって鍼鎮痛が抑制される（Han＆Pomeranz 1980）。
