★八ヶ岳連峰にて、長野県警の「大和敢助」は8年前の銃砲店強盗傷害事件の被疑者で仮釈放中に行方を眩ませた「御厨」を追跡中、「御厨とは別の何者か」の姿を目撃する。「敢助」はその人物にライフルで発砲され左目を負傷し、その直後に雪崩に巻き込まれる。敢助は奇跡的に助かったが、記憶を失くしてしまった。「隻眼の残像」！
★それから10か月後、「小五郎」のもとに刑事時代の同僚「鮫谷」（「ワニ」）から連絡が入る。「10か月前の八ヶ岳連峰雪崩事故」とそれに巻き込まれた「大和敢助」について問われた小五郎は「鮫谷」と会う約束を取り付ける。だが「小五郎」は、待ち合わせ場所で「鮫谷の射殺」を知ることとなる。「小五郎」は、盟友の突然の死に慟哭する。「小五郎」は、事件の解明を決意し、刑事たちと共に長野へ向かう。
☆「鮫谷」（「ワニ」）が死の直前に「現在服役中の御厨」と面会していたことが判明し、小五郎たちは合流した長野県警の「敢助」・「由衣」・「諸伏高明」、山梨県警の「林」と共に、「御厨」との面会に臨む。「御厨と鷲頭隆による強盗傷害事件」では、「銃砲店を営む舟久保英三」の娘、「真希」が犯人と鉢合わせし怪我を負った。バイアスロンの強化選手だった「真希」は怪我が元で強化選手から外され、最後には自ら命を絶った。また先に逮捕された「鷲頭」は司法取引により「御厨」の居場所の情報を提供して服役を免れており、(ｱ)「英三」はそんな「鷲頭」に怒りを抱え、また(ｲ)「御厨」も自分を売った「鷲頭」へ恨みを募らせた。
☆「コナン」と「蘭」は、密かに「小五郎」を追って長野に向かう。小五郎に付けた盗聴器から刑事たちの動向を察知していた「コナン」は山梨県警の「林」を「隠れ公安」であると見抜き、東京にいる「安室透」（＝公安警察の「降谷零」）と、長野に来ている公安警察の「風見裕也」と情報共有を開始する。また「鮫谷殺害事件」の担当検事の「長谷部陸夫」も長野に向かい合流する。
☆その夜、現場検証に訪れた山中で「敢助と由衣」が何者かにライフルと思われる銃で銃撃される。（※銃撃犯＝実は「林」は、「敢助」が「自分の顔を見た」と思い殺そうとしている）「敢助と由衣」は「大友隆」が営む炭焼き小屋「ブッパ」に避難する。「敢助」と「鮫谷」を銃撃したと推測される「犯人」を追い、警察が一夜にわたる山中の捜索を行うも、犯人を発見できなかった。
☆翌日、下山途中に「敢助」がまたしても何者かから銃撃を受ける。銃撃戦の末、「諸伏高明」が敢助を庇って足を撃たれ、崖から凍結した川に転落するが、コナンらにより無事救助される。
☆コナンや「敢助」たちは「大友隆」の炭小屋に避難するが、犯人は「大友」が所持する人工雪崩発生用の音響装置を利用して雪崩を起こし、再度「敢助」らの命を奪おうとする。（※銃撃犯＝実は「林」は、「敢助」が自分の顔を見たと思い殺そうとしている。）「コナン達」は雪崩を食い止めようとするも間に合わなかったが、炭小屋や窯に逃げ込み助かるが、「敢助」のみは雪崩に飲まれ、その死亡が麓の病院で報告された。
★夕暮れ時、コナンは「安室透」（＝公安警察の「降谷零」）から、(1)現在国会で審議中の「刑事訴訟法の改正」にあたり、隠れ公安である「鮫谷」に雪崩事故を調べさせていたこと、(2)「同法改正を巡って日本政府に脅迫が来ている」ために審議が止まっていることを知らされる。
★夜になり、コナン達と「銃砲店を営む舟久保英三」、「炭焼き小屋の大友」らは天文台の屋外に集まる。「大友」の正体が強盗事件の犯人の1人の「鷲頭隆」であり、養子縁組で名前を変えて生活していたことが明らかになる。「英三」は激昂し「大友」に詰め寄る。
★コナンや刑事達は天文台内部に移動し、そこで①山梨県警の「林」（「隠れ公安」）が一連の銃撃事件の犯人であるとの推理が明かされる。さらに②「敢助」の死亡は「周りの人間にさらなる危害が及ばないように」との考えによる偽装工作であったことが判明する。そして③今やようやく記憶を取り戻した「敢助」が一同に合流し「林」を追い詰める。④「林」は実は「真希」の恋人であり、「真希」を自殺に追いやった「御厨」と「鷲頭」を憎んでいた。⑤「林」は「鷲頭の量刑を軽くした司法取引」を強化する刑事訴訟法改正法案を許すことができず、その可決を阻止すべく、天文台の移動観測車のパラボラアンテナを使い衛星通信情報を傍受し、得た情報で政府を脅迫していた。⑥また「林」は警察が押収した「ライフル弾を打つことができる拳銃」を不正に入手し、雪崩事故現場で自分を目撃した「敢助」や、真相に迫ろうとしていた「鮫谷」（「ワニ」）の命を狙った。
☆真相が解明される中、身分を問われた検事の「長谷部」は、自分が実はこの件を調査している「内閣情報調査室・内閣衛星情報センターの監査官」であると明かした。
★一連の銃撃事件の犯人である「林」は移動観測車、次いでレール軌道上の移動アンテナ台を使って逃亡を試みるが、警察・コナンらによって阻止され、捕まる。
★逮捕・拘束された「林」の元に公安警察の「降谷零」（＝「安室透」）が現れ、「公安警察の関与を裁判で証言しないことと引き換えに求刑を無期懲役とする」司法取引を持ちかける。だが「真希」を愛した「林」は司法取引を拒否する。
★それから10か月後、「小五郎」のもとに刑事時代の同僚「鮫谷」（「ワニ」）から連絡が入る。「10か月前の八ヶ岳連峰雪崩事故」とそれに巻き込まれた「大和敢助」について問われた小五郎は「鮫谷」と会う約束を取り付ける。だが「小五郎」は、待ち合わせ場所で「鮫谷の射殺」を知ることとなる。「小五郎」は、盟友の突然の死に慟哭する。「小五郎」は、事件の解明を決意し、刑事たちと共に長野へ向かう。
☆「鮫谷」（「ワニ」）が死の直前に「現在服役中の御厨」と面会していたことが判明し、小五郎たちは合流した長野県警の「敢助」・「由衣」・「諸伏高明」、山梨県警の「林」と共に、「御厨」との面会に臨む。「御厨と鷲頭隆による強盗傷害事件」では、「銃砲店を営む舟久保英三」の娘、「真希」が犯人と鉢合わせし怪我を負った。バイアスロンの強化選手だった「真希」は怪我が元で強化選手から外され、最後には自ら命を絶った。また先に逮捕された「鷲頭」は司法取引により「御厨」の居場所の情報を提供して服役を免れており、(ｱ)「英三」はそんな「鷲頭」に怒りを抱え、また(ｲ)「御厨」も自分を売った「鷲頭」へ恨みを募らせた。
☆「コナン」と「蘭」は、密かに「小五郎」を追って長野に向かう。小五郎に付けた盗聴器から刑事たちの動向を察知していた「コナン」は山梨県警の「林」を「隠れ公安」であると見抜き、東京にいる「安室透」（＝公安警察の「降谷零」）と、長野に来ている公安警察の「風見裕也」と情報共有を開始する。また「鮫谷殺害事件」の担当検事の「長谷部陸夫」も長野に向かい合流する。
☆その夜、現場検証に訪れた山中で「敢助と由衣」が何者かにライフルと思われる銃で銃撃される。（※銃撃犯＝実は「林」は、「敢助」が「自分の顔を見た」と思い殺そうとしている）「敢助と由衣」は「大友隆」が営む炭焼き小屋「ブッパ」に避難する。「敢助」と「鮫谷」を銃撃したと推測される「犯人」を追い、警察が一夜にわたる山中の捜索を行うも、犯人を発見できなかった。
☆翌日、下山途中に「敢助」がまたしても何者かから銃撃を受ける。銃撃戦の末、「諸伏高明」が敢助を庇って足を撃たれ、崖から凍結した川に転落するが、コナンらにより無事救助される。
☆コナンや「敢助」たちは「大友隆」の炭小屋に避難するが、犯人は「大友」が所持する人工雪崩発生用の音響装置を利用して雪崩を起こし、再度「敢助」らの命を奪おうとする。（※銃撃犯＝実は「林」は、「敢助」が自分の顔を見たと思い殺そうとしている。）「コナン達」は雪崩を食い止めようとするも間に合わなかったが、炭小屋や窯に逃げ込み助かるが、「敢助」のみは雪崩に飲まれ、その死亡が麓の病院で報告された。
★夕暮れ時、コナンは「安室透」（＝公安警察の「降谷零」）から、(1)現在国会で審議中の「刑事訴訟法の改正」にあたり、隠れ公安である「鮫谷」に雪崩事故を調べさせていたこと、(2)「同法改正を巡って日本政府に脅迫が来ている」ために審議が止まっていることを知らされる。
★夜になり、コナン達と「銃砲店を営む舟久保英三」、「炭焼き小屋の大友」らは天文台の屋外に集まる。「大友」の正体が強盗事件の犯人の1人の「鷲頭隆」であり、養子縁組で名前を変えて生活していたことが明らかになる。「英三」は激昂し「大友」に詰め寄る。
★コナンや刑事達は天文台内部に移動し、そこで①山梨県警の「林」（「隠れ公安」）が一連の銃撃事件の犯人であるとの推理が明かされる。さらに②「敢助」の死亡は「周りの人間にさらなる危害が及ばないように」との考えによる偽装工作であったことが判明する。そして③今やようやく記憶を取り戻した「敢助」が一同に合流し「林」を追い詰める。④「林」は実は「真希」の恋人であり、「真希」を自殺に追いやった「御厨」と「鷲頭」を憎んでいた。⑤「林」は「鷲頭の量刑を軽くした司法取引」を強化する刑事訴訟法改正法案を許すことができず、その可決を阻止すべく、天文台の移動観測車のパラボラアンテナを使い衛星通信情報を傍受し、得た情報で政府を脅迫していた。⑥また「林」は警察が押収した「ライフル弾を打つことができる拳銃」を不正に入手し、雪崩事故現場で自分を目撃した「敢助」や、真相に迫ろうとしていた「鮫谷」（「ワニ」）の命を狙った。
☆真相が解明される中、身分を問われた検事の「長谷部」は、自分が実はこの件を調査している「内閣情報調査室・内閣衛星情報センターの監査官」であると明かした。
★一連の銃撃事件の犯人である「林」は移動観測車、次いでレール軌道上の移動アンテナ台を使って逃亡を試みるが、警察・コナンらによって阻止され、捕まる。
★逮捕・拘束された「林」の元に公安警察の「降谷零」（＝「安室透」）が現れ、「公安警察の関与を裁判で証言しないことと引き換えに求刑を無期懲役とする」司法取引を持ちかける。だが「真希」を愛した「林」は司法取引を拒否する。
