1971年12月31日以降、連合赤軍は、山岳ベース事件とあさま山荘事件の二つの重大事件を起こす。これらは連合赤軍事件と呼ばれる。
山岳ベース事件は、あさま山荘事件などで逮捕された者らの自供により明らかになった大量殺人事件である。これは、警察の捜査網から逃れるため山中に山岳ベースと呼ばれる山小屋を建設して潜伏中に、「総括」と称して連合赤軍内部で粛清が行われたもので、集団リンチを加えて12名を殺害した。また、日本共産党革命左派神奈川県委員会は、連合赤軍結成以前に党を脱走した20歳男性と21歳女性の2名を殺害している（印旛沼事件）。
あさま山荘事件は、山岳ベースから逃亡した連合赤軍メンバーが、某企業の保有する宿泊施設を占拠して起こした人質篭城事件で、銃器で武装した若者らは9日間にわたり警察とにらみ合った。この模様はテレビで中継され、社会に強い衝撃を与えた。
連合赤軍メンバーは、クアラルンプール事件の際に超法規的措置で釈放・国外逃亡し、2010年現在も国際指名手配されている坂東國男と、拘置所で自殺した最高指導者の森恒夫を除き、15人のメンバーに判決が確定した。
