笹井 芳樹（ささい よしき、1962年（昭和37年）3月5日 - 2014年（平成26年）8月5日）は、日本の発生学者、医学者。京都大学博士（医学））。理化学研究所発生・再生科学総合研究センター（CDB）グループディレクター 兼 副センター長、京都大学大学院医学研究科応用発生生物学連携講座客員教授だった。
神経系の初期発生の遺伝子・細胞レベルの研究者として知られ、世界で初めてES細胞による網膜の分化誘導と立体的網膜の生成に成功した。更にES細胞から視床下部前駆細胞の分化誘導、脳下垂体の立体的な形成にも成功し、井上学術賞、山崎貞一賞、武田医学賞、上原賞等を受賞。
論文執筆の天才とも呼ばれ、センター全体の資金調達や神戸医療産業都市関連の事業でも活躍。文部科学省や科学技術振興機構の再生医療プロジェクトや委員会でも手腕を見せた。2014年に発表・撤回されたSTAP論文により様々な責任が追及される中、2014年8月5日に縊死（首吊りによる自殺）。その死は国内外に衝撃を与えた。