小金井神社の本殿は、宝暦年間（1751～1764）の造営と伝えられ、本殿内のご神像は、宝暦元年の彫刻とされる。小金井市内現存最古の神社建築と推定されている。
一間社入母屋造の社殿で向拝軒に唐破風が付いており、屋根はこけら葺きである。向拝柱には、獅子と獏の木鼻（きばな）彫刻がある。
平成4年に改修工事をおこない、保存状態は良好とされ、建築当時の姿をよく留めている。金具類は戦時中に供出されたが、戦後補修された。
覆殿に囲われており、公開されていない。
令和2年12月1日、小金井市指定有形文化財に登録された。（小金井市HP等参照）
