JR再編案1、JR再編案2では地域ごとに細分化した案を出したが、案3ではNTTのように東西2社に分けたい。ずばり旅客部門はJR東日本とJR西日本の2社のみとする。これにより経営基盤の弱いJR西日本が東海と一緒になることで東日本と対等になるうえ、赤字の北海道、四国、九州も救済される。
JR東日本：北海道、東北、関東甲信越、静岡
JR西日本：東海、北陸、関西、中国、四国、九州
境界駅：在来線：泊（北陸本線）、高山（奥飛騨線）、塩尻（中央本線）、駒ケ根（飯田線）、島田（東海道本線）
新幹線：富山（北陸新幹線）、東京（東海道新幹線は西日本所有）、品川（リニアは西日本所有）
○支社一覧○
JR東日本
・札幌支社（北海道）
・仙台支社（東北大部分）
・新潟支社（新潟県および東北の日本海側）
・東京支社（東京23区周辺）
・水戸支社（常磐線沿線）
・千葉支社（千葉県大部分）
・大宮支社（宇都宮線、高崎線、信越本線沿線）
・八王子支社（中央東線沿線）
・横浜支社（東海道本線沿線）
JR西日本
・東海支社（名古屋）（静岡県島田以西、東海3県、長野県南部）
・北陸支社（金沢）（北陸3県）
・関西支社（大阪）（関西2府4県）
・四国支社（高松）（四国）
・中国支社（広島）（中国地方）
・九州支社（福岡）（九州）
・東京支社（新幹線のみ）
JR東日本：北海道、東北、関東甲信越、静岡
JR西日本：東海、北陸、関西、中国、四国、九州
境界駅：在来線：泊（北陸本線）、高山（奥飛騨線）、塩尻（中央本線）、駒ケ根（飯田線）、島田（東海道本線）
新幹線：富山（北陸新幹線）、東京（東海道新幹線は西日本所有）、品川（リニアは西日本所有）
○支社一覧○
JR東日本
・札幌支社（北海道）
・仙台支社（東北大部分）
・新潟支社（新潟県および東北の日本海側）
・東京支社（東京23区周辺）
・水戸支社（常磐線沿線）
・千葉支社（千葉県大部分）
・大宮支社（宇都宮線、高崎線、信越本線沿線）
・八王子支社（中央東線沿線）
・横浜支社（東海道本線沿線）
JR西日本
・東海支社（名古屋）（静岡県島田以西、東海3県、長野県南部）
・北陸支社（金沢）（北陸3県）
・関西支社（大阪）（関西2府4県）
・四国支社（高松）（四国）
・中国支社（広島）（中国地方）
・九州支社（福岡）（九州）
・東京支社（新幹線のみ）