DNA塩基配列決定法による結核診断
New DNA sequencing method to diagnose tuberculosis
英国とガンビアの研究者は、時間のかかる培養をする必要なく結核（tuberculosis; TB）を診断するために喀痰から抽出されるDNAを直接配列決定する、メタゲノミクスと呼ばれる新しいアプローチを開発した。
この研究は、ワーウィック・メディカルスクールの微生物ゲノミクスの教授であるマークPallenと、ガンビアの英国医学研究審議会（Medical Research Council; MRC）ユニットのTB診断研究室長、マーティン・アントニオ博士によって指揮された。
「従来のアプローチによるTBの検査室診断は、数週間から数ヶ月もかかる延々と続くプロセスである」、Pallenは言う。
「このような研究室培養への依存は、1880年代にさかのぼる技術を使用することを意味する！ 我々は最新のハイスループットな塩基配列決定と洗練された生命情報科学を用いたメタゲノミクスにより、細菌を育てることなく約1日でTBの細菌を検出して、ゲノム配列とその菌が属している系列を明らかにすることができる。」
研究チームは、8つの痰サンプルでTB細菌の配列を検出し、それらを既知の7系列に割り当てることが可能だった。
その内2つのサンプルは、西アフリカに特有のTB細菌であるミコバクテリウム属africanumの配列を含むことが判明した。
Pallenたちは去年、メタゲノミクスを使用して200年前のハンガリーのミイラからTBゲノムを回収した。今年の初めには、イタリア国サルデーニャ州の700年前の骸骨からブルセラ症を引き起こすブルセラメリテンシスのゲノムを回収した。
Pallenは言う。
「我々は原理証明（proof-of-principle）を提示したが、しかし依然としてメタゲノミクスの感度を高め、ワークフローを改善する必要がある。しかし、警告はともかく、メタゲノミクスはすでに過去と現在の感染を立証する準備ができているという事実を賞賛しよう。それは微生物病原体の出現と進化、蔓延を明らかにする！」
学術誌参照：
1.痰サンプルからベンチトップ・シーケンサーでショットガン・メタゲノミクスを使用して、ヒト型結核菌ならびにミコバクテリウム属africanuminを培養せずに検出し特徴づける。
PeerJ、2014;
http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140923090204.htm
<コメント>
喀痰（sputum）から得られた結核菌のDNAをランダムに切断して（ショットガン）、シーケンサーにより配列決定、メタゲノミクス（genomics; ゲノム構造研究）という手法により系統を分析することが可能になったという記事です。
結核菌の培養は非常に時間がかかるため、このような分析はこれからもっと重要になっていくのでしょう。
関連記事には、血液中のミコバクテリア特異的なCD4+T細胞の状態により活動性結核（active infection）を検出するというものがあります。
http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140901090733.htm
>The new so-called TAM-TB assay（T-cell activation marker–tuberculosis assay） is a sputum-independent blood test.
>It makes use of an immunological phenomenon during tuberculosis disease:
>During an active infection, the expression of CD27 -- a surface marker expressed on mycobacteria specific CD4+ T cells -- is lost.
