天皇機関説事件の発端は1935年2月18日の第67帝国議会貴族院本会議で、菊池武夫など在郷軍人（元陸軍中将、右翼機関「国本社」所属）議員が東京帝国大学教授美濃部達吉を、国体に反する学説を説く「学匪」であり、「緩慢なる謀反人」であり、「学説を超越した日本観の問題」であると攻撃した事にある。衆議院でも江藤源九郎が、美濃部の『逐条憲法精義』を発禁にするように政府に要求した事にある。
美濃部は貴族院本会議で天皇機関説の正当性を説明した。貴族院では「支持」「同意」を示す拍手が起こり、新聞メディアも好意的に報道した。しかし、この動きに右翼勢力（天皇主権絶対主義擁護勢力）は危機感を抱いた。2月28日、衆議院の江藤源九郎は美濃部を「不敬罪」で告発した。右翼団体は「機関説撲滅同盟」を結成し、天皇機関説の発表の禁止と美濃部の自決を運動目標とし政府に要求する。帝国議会でも貴衆両院の有志議員が「機関説」排撃を申し合わせ、野党政友会も岡田啓介内閣を倒す運動に利用しようと積極的に関わり出す。
このため岡田内閣も動揺し、3月4日、岡田首相は、「天皇機関説に反対する」と表明した。12日には林銑十郎陸相も以前の答弁を翻し、「天皇機関説がなくなる事を希望する」と述べた。帝国議会の貴族院は20日、政教刷新決議を採択し、衆議院も鈴木喜三郎政友会総裁が提案した「国体明徴決議」を全会一致で可決し、政府に「天皇機関説」に対する断乎たる処置を要求した。この事は政党が議会政治の理論的根拠を自ら否定したという事である。
機関説排撃運動は議会閉会後も4月から7月にかけ全国的運動に発展した。岡田内閣は倒閣運動に発展するのを抑えるため4月9日、内務省は美濃部の『逐条憲法精義』『憲法撮要』『日本憲法の基本主義』を発禁処分とし、『現代憲政評論』『議会政治の検討』に次版改訂命令処分を出した。文部省も全国各学校に「国体明徴訓令」を出した。軍部も真崎甚三郎教育総監が「天皇機関説は国体に反する」との訓示を全陸軍に出した。在郷軍人会は天皇機関説排撃パンフレット15万部を全国に配り、各地の在郷軍人会支部は機関説排撃大会を開催した。右翼も美濃部処分と岡田内閣打倒を目標に運動。平沼騏一郎枢密院副議長の一木喜徳郎枢密院議長の失脚策動もあった。
そして岡田内閣は8月3日、「国体明徴に関する声明」（大日本帝国統治の大権はげんとして天皇に存すること明らかなり）を出し、「機関説は我が国体の本義をあやまるもの」とした。9月には司法当局は美濃部を再び取り調べ、美濃部の貴族院議員辞任（9月18日辞任）を条件に、美濃部の学説は出版法中の「安寧秩序の妨害」「皇室の尊厳の冒瀆」に抵触する疑いがあるが、情状を酌量し「起訴猶予」とした。10月15日、岡田内閣は右翼の激しい要求で第2次「国体明徴に関する声明」を出した。
「政府は国体の本義に関し所信を披瀝し以て国民の嚮う所を明にし愈々その精華を発揚せんことを期したり。抑々我国に於ける統治権の主体が、天皇にましますことは我国体の本義にして帝国臣民の絶対不動の信念なり、……然るにみだりに外国の事例学説を援いで我国体に擬し、統治権の主体は天皇にましまさずして国家なりとし、天皇は国家の機関なりとなすが如き所謂天皇機関説は、神聖なる我国体に戻り其本義をあやまるの甚だしきものにして厳に之を芟徐せざるべからず。……政府は右の信念に基づき茲に重ねて意のあるところを闡明し、以て国体観念を愈々明徴ならしめ其実績を収る為全幅の力を尽さんことを期す」以上
「国体明徴声明」によって、「機関説的天皇解釈」、換言すれば「立憲主義的議会主義的憲法解釈」はまったく認められないものと位置づけられ、軍部ファシストの主張する「神聖天皇主権絶対主義的憲法解釈」こそが公認正統な解釈（思想）であるとされる事となったのである。それは議会政治の否定であり自由主義思想の否定を意味した。この後、神聖大日本帝国政府はファシズムを益々強化し、国民に対し天皇や国体を楯に非合理的な思想宣伝を押し付け、それを批判する国民は「反国体」「非国民」として弾圧し、同調圧力を加え、沈黙し服従せざるを得ないようにしていったのである。
