原作は，監督自身による1938年の小説。背景は第一次世界大戦。アメリカが参戦。「ジョニーよ，銃をとれ」の歌（この歌のタイトルが映画の原題である）に駆り立てられて戦地に動員された主人公ジョー（ティモシー・ボトムズ）は，戦死した敵のドイツ兵を埋葬しているさなか，攻撃をうけ，逃げこんだ塹壕で爆弾に吹き飛ばされた。
身元不明戦傷兵第407号としてアメリカ国陸軍医療部隊に運び込まれたジョーは，ティラリー大佐（エドワード・フランツ）の指揮のもとで治療を受けた。ジョーは，目，耳，鼻，あご，歯，両腕，両脚を失なった。頭の一部と胴体がのこり，包帯で全身ぐるぐるまきにされ，病院の暗い一室に横たわっているだけであった。延髄は正常，脳も働いていた。このため，心臓と呼吸中枢が機能し，思考をすることができた。
ジョーは奇跡的に命をとりとめていた。
ジョーは次第に周囲の状況に気付くようになる。過去のことを思い出したりする。しかし、治療室で、このまま生き続けるということはどういうことなのか・・・。頭に去来するものは、絶望でしかない。
