臨時休業

・札幌出張。会場は北海道大学なので，当然のように，パン吉に立ち寄るが，なぜか人気がなく，ひっそりとした雰囲気。嫌な予感が的中し，本日休業との貼り紙が・・・。いきなり出鼻をくじかれる。気を取り直して北大構内を進む。構内は雪山が子供の遊び場となっており，近所（？）の保育園児たちも遊んでいる。

・1時半からの編集委員会に出席する前に，Iくんを訪ねる。が，農学部の建物は非常に構造が複雑である。方向音痴の当方は、当然のように迷い込んでしまう。3回くらい、その辺にいる人に聞いて、ようやくたどり着く。Rの作図とLaTexの設定を教えてもらう。Rではfor文を使ってトドマツの母と子を結ぶと，おおっ素晴らしい。改めて見ると，中央付近の倒木は近距離から散布されているが，下部の近くに母樹候補がいない倒木にはかなり長距離から散布されていることが分かる。

・ついで，LaTex（というよりもテキストエデイタMeadow）の設定。.どうやらインストールは出来ていたのだが，YaTexなどと全く連動しておらず，想像通り，全く機能していない状態だったところから，ついに動かせる状態までしていただいた。早速，動かしてみると，おおっとこれまた素晴らしい。時間はあっという間に過ぎて，pdfファイルの生成までは至らなかったが，とりあえず起動できるところまでは進んだ。Iくんには重ね重ね、感謝である。

・午後から会議に出るが，欠席者も多く，全く盛り上がらない。こういうときに発言をすると，大体，自分に返ってきて自らの首を絞める結果になるのだが，ついイライラして暴言を吐いてしまう。最終的には，多少まともな方向に議論が進んだようで一安心だが，ヤチダモとカンバ類に関する本の一部を執筆することが正式に決まる。早めに準備しておかないと，後で大変なことになりそうである。

トドマツ小径木の樹齢

・トドマツ小径木のコアから年齢を推定する作業をやってもらったところ、5-20cmの胸高直径のものでは50数年から100年くらいのレンジで平均77年くらいという推定結果となった（もう少し精査する必要がありそうだけど）。胸高直径と樹齢はきれいな比例関係にあるというわけでもなく、個体が置かれた状況によって小さくても年をとっているものもあれば、逆に大きくても若いものもある。トドマツの樹齢の限界が130年前後だということを考えると、これら小径木の親世代がほぼ入れ替わっているというのは妥当な感じもするが、もう少し考えるとしよう・・・。

・カツラ種子散布のデータを用いて、Rのoptim関数を使った散布関数の最適化を試みる。親子関係は遺伝マーカーのみで決められるものとし、サイズ効果なしで距離だけで決まるという最も簡単なモデルを動かせるようにしたい、というわけである。既にoptim関数のコードは、だいぶ前に川渡のTくんに書いていただいたものを直すだけである。が、それすらもエラーが出て、ストップしてしまう。

・ということで、結局、メールやら電話やらと何度もTくんの手を煩わせながら、ようやく動かせるようになる。つまるところ、単に（）が対応していないというミス。これほど丁寧に解説してくれているのに、プログラム音痴というか、我ながらセンスがないとしかいいようがない。さて、早速動かしてみると、指数べき分布は収束しない。ワイブル関数、geometric関数は収束するも、真逆のカーブを描いてしまい、完全に破綻している。なかなか一筋縄ではいかないようである。

・相変わらず、色んな研究が同時並行的に動いていて落ち着かない。ヒノキとか、トドマツとか、カツラとか・・・。トドマツ論文のイントロを少し直そうとするがあまり(というよりも、全然）進まず・・・。生態学会のプレゼン準備とかも気になったりして、ちょこちょことプレゼンを作成したりと・・・ううむ。

晴天の芦別岳

・ここのところ実にあったかい。それはいいのだが、おかげで道はつるつるである。本日は晴天で、芦別岳もくっきりと見える。





・まずは筑波での残り仕事を完了させる。ついで、いくつかの論文を同時並行的にチェックしてるのだが、やはり、遅々として進まない。Rでは論文クオリティの作図が可能なはずなのだが、細部が思い通りに作成できずに、とりあえずエクセルで作成しておく。R graphicsなる本は購入したものの、なかなかすぐに活用するのは難しい・・・。

・近くの中学校ではインフルエンザで学校閉鎖になったらしい。こいつは気をつけないといかんな。

ナキウサギ講演会

・図書館2Fで開催された市民向けの自然講演会を聴講。内容はエゾナキウサギの生態と保全について、である。参加者数は50名くらいでなかなかの盛況。いかにも”山好き”という雰囲気の人から年配の方々まで実に様々で、こうした課題に対する関心の高さが伺える。

・講演は2部形式で、前半は写真をふんだんに使った生態に関するもの、後半は具体的な保全活動に関するものであった。前半では、ナキウサギは夫婦がペアとなって40-70mのナワバリを持っており、そのナワバリはガレ場に対応していることが示されていた。興味深いのは、各ペアのナワバリがほとんど重ならないことである。

・後半では、絶滅危惧種の保全や天然記念物の基礎的な知見に加えて、地域住民に対して具体的な保全活動の展開にまで踏み込んだ提言をしてくださり、なかなか聞きごたえがあった。ところで、分断化が生息地の環境に及ぼす悪影響についてはよく分かったのだが、メタ個体群の解釈はちょっと違うような気がした。

・ナキウサギの場合、もともと山岳地帯ごとに個体群が固定され、個体群間の遺伝的な交流などは元々ほとんどないようなものだろう（こうしたことは、遺伝解析をすればかなりはっきりするはずだ）。そう考えると、メタ個体群は、夕張・芦別、大雪、十勝といった地域スケールではなく、「山岳ごと」といったかなり小さいスケールだと推察される。となると、「分断化されて個体の移動がなくなったから絶滅する」というようなタイプではないのではなかろうか。遺伝分析はどこまで行われているのか、ちょっと調べてみるか・・・。



・昼から近所の公園へ。ためられた雪の山が、子供たちの遊び場になっている。そりすべりや尻すべりでしばらく遊ぶ。桜の木の芽はまだまだ固いが、だいぶ雪が溶けている。今年の雪解けはかなり早いんだろうか・・・。

ハの字

・スキー場へ。昨日は雨が降っていたが、何とか天気は快方に向かっているようだ。それにしても、ここのところ毎週のようにスキーに行っているな。何しろ、当方の家からは10分程度でスキー場に着いてしまう。スキー好きにはたまらない環境であろう。まあ、冬場は雪かきなど大変なことも多いので、このくらいの楽しみがないとね・・・。子供にスキーを”ハの字”にしてスピードを抑えるように教えようとするのだが、どうにも伝わらない。「クワガタみたいに・・・」などと言っていると、逆のハの字になっていたりしてなんとも・・・。



・とりあえず抱っこすべりのときに、ストックを水平にしてつかませることで体重が少し前に向かわせることができることが分かった。まあそのうち慣れるだろう。帰りがけに北の峰のデリスでシュークリームを買う。と、その下のペンション(?)で天然酵母パンの”のぼり”が・・・。いささか心惹かれるも、既に新プリでパンは購入していたので、指差し確認にとどめる。

・昨年は結局出し忘れてしまった雛人形をテレビの上に飾る。とても小さなセットだけれど、飾ってみるとそれなりに季節感が出てなかなかいい。もうすぐ3月・・・ですねえ。

重なるときは・・・

・室内作業。まずは、Geneclass2の解析について、天然集団についてself-assignmentを試す。遺伝的分化が低いせいか、排除されずにかなりのものが残ってしまう。しかし、第一位のものが正しいと仮定すれば、正答率は全体で83％である。この値は集団によってかなり異なり、九州の集団はほとんど100％に近い値である。

・とりあえず、一様分布を事前分布とするベイズ基準、Paetkau et al. 2004のprobability comutationで計算をさせてみると、ほぼ半数の品種は5％水準で全ての集団が排除されるという結果になる。排除されなかった品種の第一位は九州の集団である。排除されたものは古い品種なので、もともとは既に消滅した九州内の天然集団から選抜されたが、栽培・選抜を繰り返す過程で他の九州の集団からサンプリングされたのではないか、というアイデアが浮かぶ。

・午後はカツラの論文打ち合わせ。使用する図表などについて決める。風向のデータを見ると、西北西と北からの風が卓越しているのだが、それではどうも種子散布のデータと合わない。もしかすると、風向風速計が設置されている周囲の環境（つまり、西北西側が樹冠が空いているとか）が効いてしまっているのではないかということを考えて、一つ異なる沢でかなりオープンなところに設置された風向風速計で得られたデータを眺める。と、やはり北からも多いが、南からも相当に卓越してという結果が得られそうである（もうちょっと精査しないといけないけど）。

・沢沿いの森林では、沢に沿って限られた風の向きが卓越するらしいことが分かってきた。いずれにしても、これならば南風の影響を受けていても不思議ではなく、リーズナブルとなりそうだ。Neighborhoodモデルについて川渡のTくんと話しているうちに、カツラのCERVUSについての結果がおかしいのではないかという指摘を受ける。あわてて見直してみると、インプットデータの一部に問題が・・・。改めて解析すると納得の値となり、危ないところであった。ソフトに頼る場合にはクロスチェックをかけないと、やはり危ないということを痛感する。

・とここで、Rさんからトドマツ論文の草稿が送られてくる。やばいっと思っているうちに、羊が丘方面から新たな依頼が・・・。これはどう考えても断れない（当方にも勉強になるし）。さらに、月曜日には新たな依頼が予定されており、さらにさらに札幌方面からさらなる査読依頼があるような、ないような・・・。ううっ、まずい、かなりまずい状態だす。

雪の岩魚沢

・久しぶりにスキーを履いて、Tさん、広島大のSさんと岩魚沢へ。この時期の雪の岩魚沢にはスノーモービルでは何度か行ったことがあるが、スキーで行くのは南麻布のSさんと行って以来2回目である。今日は至って快晴で、なんとも気分がいい。


・本日の一つの目的は、トドマツ小径木（dbh:5-20cm)の樹齢調査である。遺伝解析の結果、岩魚沢の小径木の母親は周囲にはいないという結果が得られているわけで、小径木の樹齢が分かれば、トドマツ個体群の世代交代の時間がつかめるのではないか、というわけ。もう一つの目的は、風向風速計のデータ回収である。降雪前の11月に回収したきりになっているので、雪の時期のデータをまとめて回収する。



・ついでに、カツラの種子散布がこの時期にも起こっているか、ということも確かめる。岩魚沢にはシードトラップが設置されているのだが、これまた11月末からは雪の下に設置されているので、雪の時期の種子はいつ落下したのかが分からない。とりあえず、1月ごろまでに完了しているのか、それともまだ種子は付いているのかを知りたいわけで・・・。



・カツラの種子散布時期に関する疑問は簡単に解消。個体にも違いそうだが、まだまだカツラの種子（というか小さなバナナ風の房果）は”がっぽり”と付いている。Tさんが枝をゆすってみると、ばらばらと種子が舞い落ちる。自然状態でも結構散布されており、この時期もまだまだ種子は散布されていることが判明。この分だと、雪の上をブリザードとともに転がるなんてことも本当にありそうだ。

・久しぶりの山スキーに苦戦しつつ、ようやく現場到着。成長錘でコアを抜く。見ていると簡単そうだが、やってみると案外きれいに抜けなかったりして難しい。見事に真ん中が抜けるとこの上もなく爽快な気分になるのだが・・・。ちなみに、室内に戻ってSさんとTさんに樹齢を数えてもらったところ、15cm-20cmの個体で60年程度という値がでた。思ったよりも若い感じもするが、樹高の伸びはよさそうだったので妥当な値かもしれない。



・10時ごろ、小班界A,B10点付近で、シカの群れに遭遇。岩魚沢はもともとシカが多いのだが、雌ばかり10頭ほどの群れと8頭ほどの群れを見る。ニレ類に対する新しいシカの食害は見つからず、何を食べているのだろうかと疑問が残る。ふと頭上に目をやると、オジロワシだ。その名のとおり、見事なぐらい尻尾が白い。今日のような空だと、色彩の対比は見事である。と思っていると、さらにアオサギがやってきてはあっという間に飛び去っていく。おお、これらの目撃情報を”動物目撃ノート”に記載しなくては・・・。



・帰りごろになると、暖かくなったせいか、森林内では雪がスキーにくっついて、下駄状態となる。いったんこうなると、なんのためにスキーを履いているのか、分からなくなる。ほとんど足がつりかけたところでようやく林道に出る。日当たりが悪いのが幸いして、ようやくスキーから雪が落ち、滑るようになる。Sさんも初めての山スキーにようやく慣れたか、すいすいと進んでいる。それにしても、久しぶりに現場に来ると、五感が開放される感じで、精神衛生的にも実によい。フィールドからのインスピレーションって、計り知れないものですなあ。

Geneclass2再考

・再びGeneclass2のオプションについてあれこれと模索する。このソフトでは、基準、リサンプリング方法などが色々とを選べるのだが、それだけにどの方法を選んだ方がよいのか悩ましい。サクラソウ品種の起源集団の解析をされたというHさんにヘルプのメールを出すと、ありがたいことに、早速、考え方や解析方法の流れなどを詳しく解説していただいた。おお、やはりHさんも同じところで悩んでおられたのか・・・（同志よ、みたいな気分に勝手になったりして・・・）。やはり実際に活用された方のアドバイスは大変参考になる。

・そうしたアドバイスも踏まえて、再び原著論文へと戻る。Bayesian CriteriaではRannala and Mountain (1997)とBaudouin and Lebrun (2000)の2つの方法を選択できる。どうやら、事前確率の設定の仕方が違うのだが、Rannala and Mountain 1997では元のアレル頻度が事前確率になるのに対し、Baudouin and Lebrun (2000)の方法では一様分布になる、ということだろうか・・・。そうなると、Baudouin and Lebrun (2000)の方法の方がレアアレルの影響が少ないということになるのか！？。うーむ、まだ理解できない。

・Probability Computationでも3つの方法が選択できるが、これについては最新の方法であるPaetkau et al. (2004)を用いた方がよいらしいということが分かってきた。この方法は、以前の2つの方法に比べて推定時のバイアスがかなり改善され、必要以上に排除されてしまうことを防ぐことができる、などと書いてある（ただし、計算時間は少々長い）。もうちょっと真剣に読まないとなんとも言えないが、理由もなしに古い方法を選択するのは「明らかにまずい」ということだけは言えそうだ。

・ということで、Baysean CriterionをBaudouin and Lebrun (2000)に、Probability ComputationをPaetkau et al. (2004)に設定して、10000個体のリサンプリングで再び推定してみると、基準を5％に設定する場合と1％で設定する場合で多少変動するものの、やはり高い確率でアサインされるのは九州の2集団であり、それでもアサインされない品種が2つほど残ることが分かってきた。この結果が真実により近いような気もしてきた。後は、Hさんのアドバイスに従い、天然集団で再チェックしてみることにしよう。

匠の技

・午前中、久しぶりに山回り。10名くらいでスノーモービルに乗り込み、現地検討。モービルの運転は楽しいが、長い距離になると実に冷える。そういう意味ではスキーの方が体があったまっていいところもある（大変だけど・・・）。検討を行った場所では、天然林が散在するが風害の影響を受けているところが多い。また、トドマツとアカエゾマツの大きな造林地が存在し、その取り扱いが検討課題の一つであった。



・事前情報では少し聞いていたが、この周辺も低山帯にしてはアカエゾマツの天然個体が想像以上に多くて驚く。この周囲の林班にはアカエゾマツの大木が点在していることから不思議ではないが、研究をやり始めると思いもかけなかったところで目に付くようになるから不思議だ。この付近は普段は車で走れないために、めったに入らないために、あまり情報が集まらなかったというわけだろう。他の低山帯と比べると、固まって小さな面積に集中しているというよりも広く薄く分布している感じで、ミズナラの大径木と混交する雰囲気は27林班にも少し似ている。ともかく、まだまだ知らないところがあるもんである・・・。



・ここのところ、ずっと室内作業をしていたのだが、今日に限って、現場作業を衛生委員会として視察（？）するために、午後も再びスノーモービルで麓郷方面の現地へ向かう。現場は農地に囲まれているせいか、吹き抜ける風が強く、体感気温はかなり低い。作業内容は、測量で50×50mのプロットを作りながら、毎木調査を行いプロット内の樹種構成・蓄積を調べるというもの。学生実習では半日がかりの大仕事だが、20分程度で完了してしまう（平らだったせいもあるが）。

・毎木調査では、2名で樹種と胸高直径を測定していたのだが、まるで”セリ”のような感じで次から次へと樹種と胸高直径が叫ばれる。これでは、記録する野帳マンも大変である。ベテラン職員のTさんの歩き方は本当に無駄がなく、”腰のすわり”とでも言いたくなる独特の安定感がある。すし屋の職人のように、握るだけで（握らなくても？）6-10cmくらいの胸高直径は分かってしまうようだ。森林がこうした匠の技によって支えられていることを改めて実感。

Geneclass2試行錯誤

・北大のHくん、Oさんと、再び、択伐林におけるトドマツの更新動態に関する論文執筆の打ち合わせ。いざ、論文の形にしようとすると、色々と引っかかるようで、イントロの流れ、結果として見せるところ、主な考察などを取り決める。後は文章になってからチェックしないと・・・。

・筑波での打ち合わせにおいて、結果の解釈が問題となっていたアサインメントテストを行うプログラムGeneclass2について、原著論文を読み直すとともにマニュアルなどを読む。大体分かったところで、改めて解析してみる。このソフトはよく出来ており、FSATのデータをそのまま使用することができるし、動かすのはいたって簡単である。さて結果が出たということで、念のために確認する。あれれ、結果が以前とだいぶ違っており、起源集団の多くは九州に割り当てられているではないか。これでは、論文執筆のときの結果と180度違うではないか・・・。

・ということで、しばらくGeneclass2であれこれ試行錯誤。モンテカルロ・リ・サンプリング法には、Rannala & Mountain (1997)、Cornuet et al. (1999)、Paetkau et al. (2004)の3つの方法が選べるのだが、アルゴリズムによって結果がずいぶん違う。Paetkau et al. (2004)が一番基準が甘く、残りの二つだとほとんど排除されてしまう。

・さらに、推定方法によって、結果が多少変動することが分かってきた。しかし、全体としていえるのは、やはり英彦山と別子山のいずれかが割り当てられることが多いということであろうか・・・。この結果だと系統樹とも全く矛盾しない。ある程度論文執筆が進んだところで、実は幻を見ていた・・・なんてこともあるけれど（ヤチダモ論文でもそんなことがあったなあ）、今回もそんな感じか・・・。各方法の原著論文を読んで理解した上で、ベストな解析方法を選択しないといけないな。