メモ
https://twitter.com/info_nbd/status/1234287390996365312
日本バイオデータ@info_nbd 1:20 AM · Mar 2, 2020
外群を加えて系統樹を描き直しました
Phylogenetic analyses of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 reflected the several routes of introduction to Taiwan, the United States, and Japan
https://arxiv.org/abs/2002.08802
これを部分訳
重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2の系統解析は、台湾、米国、および日本への導入のいくつかのルートを映し出した
Tomoko Matsuda1, Hikoyu Suzuki1, Norichika Ogata1,2,*
1Nihon BioData Corporation, Kawasaki, Japan,
2Medicale Meccanica Inc., Kawasaki, Japan
*norichik@nbiodata.com
要約—世界的な重度の急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）感染は、経済と人々の不安を混乱させている。 国民の不安が政府と医療従事者の心理的負担を増大させ、日本で公務員の自殺をもたらした。恐怖した人々は、国境措置を政府に求めている。しかし、このウイルスの国境対策は可能か？ 48のほぼ完全なウイルスゲノムシーケンスを分析することにより、台湾、米国、および日本に侵入したウイルスが独立して導入されたことが判明した。 我々は、13の最大節約的塩基部位と3つのグループ（CTC、TCC、およびTCT）を特定した。 中国以外で発見されたウイルスは、以前の研究とは反対に、単系統の分岐群（クレード）を形成しなかった。 これらの結果は、このウイルスに対する効果的な国境対策の実施の難しさを示唆している。 （訳注：専門用語は標準的ではないかもしれません）
Ⅰ．イントロダクション
新しいコロナウイルス（SARS-CoV-2）の発生[1]は、SARS-CoV-2の拡散により、中国との往復輸送を行う近隣諸国に大きな影響を与えてきた。人間の動きはウイルスの拡散を加速するため、人間の動きを制限することはウイルスの管理に効果的であると考えるのが合理的である。トラフィックを全面的に禁止することで、ウイルスの感染を制御できた可能性がある[2]。飛行機や船で海を渡る人々の移動は、ウイルスの移動に必要であると考えられている[3]。いくつかの政府は、ウイルスによる国境侵攻を防ぐための国境措置の強化を発表した[4、5]。
パンデミックに関連するさまざまな制限は、経済[6]だけでなく、精神的健康[7、8]をも傷つける。ウイルスに対する恐怖は、差別と政府に対する過剰な要求をもたらした。アンチウイルスに取り組んでいた37歳の政府職員は、日本で自殺した[7]。
ウイルスのゲノム配列が利用できるようになったため、さまざまな側面の研究が行われている[9-13]。以前に収集されたウイルスゲノムの分析は、中国以外のウイルスが単系統のクレードを形成したことを示しており、国境措置の有効性を示唆している[14]。
最近、より完全なウイルスゲノム配列が公開され、ウイルス伝播について議論するためのより多くのリソースが提供されている[15]。ウイルスのいくつかの系統樹が公開されているが、断片配列を含む多くの分析は正確な系統情報を提供していなかった。したがって、利用可能なウイルス配列を精査し、系統解析のために完全長のウイルスゲノム配列のみを収集した。 （和訳はここまで）
Figure 1. Parsimony-informative sites found from SARS-Cov-2 ORF sequences There were 13 parsimony-informative sites in 29,145 bps alignment of sequences from 47 samples isolated from human. Dots indicate the same as the reference base on the top of the alignment. A, C, G or T indicate the difference in the reference base. Blue, green, and yellow highlight indicate group TCT, TCC, and CTC respectively. Group TCT was defined by T8782, C28144 and T29095. Group TCC was defined by T8782, C28144 and C29095. Group CTC was defined by C8782, T28144 and C29095. All sites including gaps were removed from the analysis. Bases of the same sites on the 2 coronavirus genomes isolated from bat were shown in bottom and 2nd line from the bottom of the alignment, respectively.
ルーツに近そうなTCTグループのところに、雲南省 アリゾナ州、広東省、東京と並んでいるのは興味深い。
そこから分岐したと思われる武漢株と同じTCCグループに、カリフォルニア州、イリノイ州、ワシントン州、京都などが並んでいる・・・
＋＋
人類の移動をミトコンドリア遺伝子やＹ染色体遺伝子で追いかけるのと同様、データが増えてくれば、その歴史もよりハッキリするはずです。
今後も改訂を続けてくれるそうですので、各地のデータ追加を期待しています。現在のところ、人類移動と同様（というか、伴って）、波状移動してきているとは言えるでしょうが、空想のし過ぎはできません。
おまけ
人権より人命 野次馬 (2020年3月 8日 23:49)
http://my.shadowcity.jp/2020/03/post-17856.html
アメリカが中国を目の敵にして、武漢ウイルスだとか呼んだり、中国の生物兵器の漏出だというガセネタをCIAが流しまくったり、米中貿易戦争の真っ只中、これは最前線です。誰が得をするか考えれば犯人が判ると言うが、だったら犯人がいるとしたらアメリカだろう。
https://gendai.ismedia.jp/articles/-/70887
「（韓国、日本、イラン、イタリアなど）これらの国々はウイルス感染のもたらすリスクについて、ますます重視するようになり、対策を取った。だがこれらの国々はいずれも、中国が初期段階で取った感染防止のレベルに到達していない。心配なのは、これらの国の防止措置が不十分なことで、温和な対策ではコロナウイルスの凶暴さを防ぎきれない。」
ネットでも「今回の大きな試験で、我々はてんてこ舞いになりながらも問題をうまく解いた。他の同級生はそれを書き写せばいいだけなのに、韓国は取り乱すばかりで、かたや日本はずっと寝ていた」といった揶揄があったという。
大阪株はどこに来るかナ
中国人が、今回の新型肺炎への対応で、自信を持ったというのは確かに言えるだろう。仮に生物兵器を駆使した戦争になったとしたら、医療制度が実質的に崩壊しているアメリカは打つ手がないが、中国は耐えられる。アメリカが新型肺炎の犯人だとしたら、とっておきの秘密兵器を無効化されてさぞや悔しかろうｗ
中国で新型コロナウイルスの患者が半減する中、危機を煽る日本政府 櫻井ジャーナル 2020.03.06
https://plaza.rakuten.co.jp/condor33/diary/202003060001/
COVID-19（新型コロナウィルス）の患者が最初に発見された中国では新たな感染者の人数が減少、その一方で患者は着実に回復している。WHO（世界保健機関）によると、3月5日現在、全世界の確認された患者数は9万5333名。そのうち中国が8万0565名だが、すでに中国では半数以上が治癒、実際の患者数は4万名を切っていると推測されている。COVID-19による死者数は中国で3015名、中国以外は267名だ。 （引用注：この数字は認定値というか最低値だとは思います）
ちなみにアメリカのCDC（疾病管理センター）によると、アメリカにおける今シーズン（2019年から20年）のインフルエンザの患者数は少なくとも3200万人、死者は1万8000人を超えたという。その死者の中に新型コロナウィルスの患者が含まれているのではないかという推測もあるが、真偽は不明だ。深刻な状況と言えるが、「COVID-19で危機を煽る有力メディアがアメリカのインフルエンザを気にしていないのは奇妙な話だ」というようなことをカマトトぶって書く気はない。
クルーズ船ダイヤモンド・プリンセスの艦内で新型コロナウィルスの感染が広がった際、日本の厚生労働省は適切な対応をせず、防護服を着なければならない区域と脱いでかまわない区域が明確でなく、常駐してるプロの感染対策の専門家がいないという状態で、患者を増やすことになった。
政府は無能なのか、あるいは病気を蔓延させたいのかは判断できないが、杜撰な感染管理が批判されるようになった後、反中国感情を煽り、人が集まる情況を作らないようにさせる。学校を休みにしたり、コンサートなどイベントを中止させたのだ。戒厳令の予行演習にも見える。
今回のCOVID-19騒動を細菌戦の予行演習だと見る人もいる。さほど毒性の強くないウイルスを撒き、伝染の仕方と社会への影響を調べ、本番には強力なコロナウイスルを使うというわけだ。脅しの可能性もあるだろう。
COVID-19は人工的に作られたのではないかという疑惑を強める研究報告が出てきている。本ブログでもすでに書いたことだが、このウイルスの件ではアメリカ国防省のDARPA（国防高等研究計画局）やDTRA（国防脅威削減局）が注目されている。両機関は2018年からコロナウイルスのコウモリからヒトへの感染に関する研究を進めてきたからだ。DARPAと関係の深いアメリカのデューク大学は中国の武漢大学と提携し、2018年にデューク崑山大学を開設している。
アメリカがロシアや中国の周辺に細菌兵器の研究施設を建設してきたことも疑惑の一因になっている。ウクライナ、アゼルバイジャン、アルメニア、カザフスタン、キルギスタン、モルドバ、タジキスタン、ウズベキスタン、ジョージアで細菌兵器の研究施設を建設しているとロシア政府は一貫して批判、アフガニスタン、パキスタン、台湾、フィリピン、韓国、そして日本にもアメリカ国防総省の影響下にある細菌に関する研究施設が存在しているとも指摘されている。
また、ワクチンの開発についても疑惑を持つ人がいる。例えば「弱毒化されたコロナウィルス」に関するアメリカの特許が2018年が認められているが、特許を申請したピルブライト研究所の主要出資者はWHO、EC（欧州委員会）、ビル・アンド・メリンダ・ゲイツ基金などだ。
2019年3月にはカナダのNML（ナショナル細菌研究所）から中国へ非常に毒性の強いウィルスが秘密裏に運ばれ、中国当局から抗議され、7月にはそのNMLから中国人研究者が追い出されたとする情報も流れている。
昨年10月にジョンズ・ホプキンス健康安全保障センターが開いたイベントも注目された。世界経済フォーラムやビル・アンド・メリンダ・ゲイツ基金と共同でコロナウィルスの世界的流行のシミュレーションをすることが目的で、この会合にコロナウィルスによる病気と関係の深い中国人は招かれなかったものの、アメリカ軍の幹部やネオコンが参加している。
その会合の翌日、軍事演習に参加するために300名のアメリカ軍将兵が武漢に到着、その2週間後にコロナウィルスの最初の感染が見つかるのだが、新型コロナウィルスの潜伏期間は14日だ。
ワクチンではイスラエルのMIGALガリリー研究所が2月末、COVID-19に有効なワクチンを数週間で作り出せると明らかにしている。彼らは4年間にわたってトリ・コロナウイルスのワクチンを研究してきたが、それがCOVID-19にも有効だというのだ。
https://twitter.com/info_nbd/status/1234287390996365312
日本バイオデータ@info_nbd 1:20 AM · Mar 2, 2020
外群を加えて系統樹を描き直しました
Phylogenetic analyses of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 reflected the several routes of introduction to Taiwan, the United States, and Japan
https://arxiv.org/abs/2002.08802
重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2の系統解析は、台湾、米国、および日本への導入のいくつかのルートを映し出した
Tomoko Matsuda1, Hikoyu Suzuki1, Norichika Ogata1,2,*
1Nihon BioData Corporation, Kawasaki, Japan,
2Medicale Meccanica Inc., Kawasaki, Japan
*norichik@nbiodata.com
要約—世界的な重度の急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）感染は、経済と人々の不安を混乱させている。 国民の不安が政府と医療従事者の心理的負担を増大させ、日本で公務員の自殺をもたらした。恐怖した人々は、国境措置を政府に求めている。しかし、このウイルスの国境対策は可能か？ 48のほぼ完全なウイルスゲノムシーケンスを分析することにより、台湾、米国、および日本に侵入したウイルスが独立して導入されたことが判明した。 我々は、13の最大節約的塩基部位と3つのグループ（CTC、TCC、およびTCT）を特定した。 中国以外で発見されたウイルスは、以前の研究とは反対に、単系統の分岐群（クレード）を形成しなかった。 これらの結果は、このウイルスに対する効果的な国境対策の実施の難しさを示唆している。 （訳注：専門用語は標準的ではないかもしれません）
Ⅰ．イントロダクション
新しいコロナウイルス（SARS-CoV-2）の発生[1]は、SARS-CoV-2の拡散により、中国との往復輸送を行う近隣諸国に大きな影響を与えてきた。人間の動きはウイルスの拡散を加速するため、人間の動きを制限することはウイルスの管理に効果的であると考えるのが合理的である。トラフィックを全面的に禁止することで、ウイルスの感染を制御できた可能性がある[2]。飛行機や船で海を渡る人々の移動は、ウイルスの移動に必要であると考えられている[3]。いくつかの政府は、ウイルスによる国境侵攻を防ぐための国境措置の強化を発表した[4、5]。
パンデミックに関連するさまざまな制限は、経済[6]だけでなく、精神的健康[7、8]をも傷つける。ウイルスに対する恐怖は、差別と政府に対する過剰な要求をもたらした。アンチウイルスに取り組んでいた37歳の政府職員は、日本で自殺した[7]。
ウイルスのゲノム配列が利用できるようになったため、さまざまな側面の研究が行われている[9-13]。以前に収集されたウイルスゲノムの分析は、中国以外のウイルスが単系統のクレードを形成したことを示しており、国境措置の有効性を示唆している[14]。
最近、より完全なウイルスゲノム配列が公開され、ウイルス伝播について議論するためのより多くのリソースが提供されている[15]。ウイルスのいくつかの系統樹が公開されているが、断片配列を含む多くの分析は正確な系統情報を提供していなかった。したがって、利用可能なウイルス配列を精査し、系統解析のために完全長のウイルスゲノム配列のみを収集した。 （和訳はここまで）
Figure 1. Parsimony-informative sites found from SARS-Cov-2 ORF sequences There were 13 parsimony-informative sites in 29,145 bps alignment of sequences from 47 samples isolated from human. Dots indicate the same as the reference base on the top of the alignment. A, C, G or T indicate the difference in the reference base. Blue, green, and yellow highlight indicate group TCT, TCC, and CTC respectively. Group TCT was defined by T8782, C28144 and T29095. Group TCC was defined by T8782, C28144 and C29095. Group CTC was defined by C8782, T28144 and C29095. All sites including gaps were removed from the analysis. Bases of the same sites on the 2 coronavirus genomes isolated from bat were shown in bottom and 2nd line from the bottom of the alignment, respectively.
ルーツに近そうなTCTグループのところに、雲南省 アリゾナ州、広東省、東京と並んでいるのは興味深い。
そこから分岐したと思われる武漢株と同じTCCグループに、カリフォルニア州、イリノイ州、ワシントン州、京都などが並んでいる・・・
＋＋
人類の移動をミトコンドリア遺伝子やＹ染色体遺伝子で追いかけるのと同様、データが増えてくれば、その歴史もよりハッキリするはずです。
今後も改訂を続けてくれるそうですので、各地のデータ追加を期待しています。現在のところ、人類移動と同様（というか、伴って）、波状移動してきているとは言えるでしょうが、空想のし過ぎはできません。
おまけ
人権より人命 野次馬 (2020年3月 8日 23:49)
http://my.shadowcity.jp/2020/03/post-17856.html
アメリカが中国を目の敵にして、武漢ウイルスだとか呼んだり、中国の生物兵器の漏出だというガセネタをCIAが流しまくったり、米中貿易戦争の真っ只中、これは最前線です。誰が得をするか考えれば犯人が判ると言うが、だったら犯人がいるとしたらアメリカだろう。
https://gendai.ismedia.jp/articles/-/70887
「（韓国、日本、イラン、イタリアなど）これらの国々はウイルス感染のもたらすリスクについて、ますます重視するようになり、対策を取った。だがこれらの国々はいずれも、中国が初期段階で取った感染防止のレベルに到達していない。心配なのは、これらの国の防止措置が不十分なことで、温和な対策ではコロナウイルスの凶暴さを防ぎきれない。」
ネットでも「今回の大きな試験で、我々はてんてこ舞いになりながらも問題をうまく解いた。他の同級生はそれを書き写せばいいだけなのに、韓国は取り乱すばかりで、かたや日本はずっと寝ていた」といった揶揄があったという。
大阪株はどこに来るかナ
中国人が、今回の新型肺炎への対応で、自信を持ったというのは確かに言えるだろう。仮に生物兵器を駆使した戦争になったとしたら、医療制度が実質的に崩壊しているアメリカは打つ手がないが、中国は耐えられる。アメリカが新型肺炎の犯人だとしたら、とっておきの秘密兵器を無効化されてさぞや悔しかろうｗ
中国で新型コロナウイルスの患者が半減する中、危機を煽る日本政府 櫻井ジャーナル 2020.03.06
https://plaza.rakuten.co.jp/condor33/diary/202003060001/
COVID-19（新型コロナウィルス）の患者が最初に発見された中国では新たな感染者の人数が減少、その一方で患者は着実に回復している。WHO（世界保健機関）によると、3月5日現在、全世界の確認された患者数は9万5333名。そのうち中国が8万0565名だが、すでに中国では半数以上が治癒、実際の患者数は4万名を切っていると推測されている。COVID-19による死者数は中国で3015名、中国以外は267名だ。 （引用注：この数字は認定値というか最低値だとは思います）
ちなみにアメリカのCDC（疾病管理センター）によると、アメリカにおける今シーズン（2019年から20年）のインフルエンザの患者数は少なくとも3200万人、死者は1万8000人を超えたという。その死者の中に新型コロナウィルスの患者が含まれているのではないかという推測もあるが、真偽は不明だ。深刻な状況と言えるが、「COVID-19で危機を煽る有力メディアがアメリカのインフルエンザを気にしていないのは奇妙な話だ」というようなことをカマトトぶって書く気はない。
クルーズ船ダイヤモンド・プリンセスの艦内で新型コロナウィルスの感染が広がった際、日本の厚生労働省は適切な対応をせず、防護服を着なければならない区域と脱いでかまわない区域が明確でなく、常駐してるプロの感染対策の専門家がいないという状態で、患者を増やすことになった。
政府は無能なのか、あるいは病気を蔓延させたいのかは判断できないが、杜撰な感染管理が批判されるようになった後、反中国感情を煽り、人が集まる情況を作らないようにさせる。学校を休みにしたり、コンサートなどイベントを中止させたのだ。戒厳令の予行演習にも見える。
今回のCOVID-19騒動を細菌戦の予行演習だと見る人もいる。さほど毒性の強くないウイルスを撒き、伝染の仕方と社会への影響を調べ、本番には強力なコロナウイスルを使うというわけだ。脅しの可能性もあるだろう。
COVID-19は人工的に作られたのではないかという疑惑を強める研究報告が出てきている。本ブログでもすでに書いたことだが、このウイルスの件ではアメリカ国防省のDARPA（国防高等研究計画局）やDTRA（国防脅威削減局）が注目されている。両機関は2018年からコロナウイルスのコウモリからヒトへの感染に関する研究を進めてきたからだ。DARPAと関係の深いアメリカのデューク大学は中国の武漢大学と提携し、2018年にデューク崑山大学を開設している。
アメリカがロシアや中国の周辺に細菌兵器の研究施設を建設してきたことも疑惑の一因になっている。ウクライナ、アゼルバイジャン、アルメニア、カザフスタン、キルギスタン、モルドバ、タジキスタン、ウズベキスタン、ジョージアで細菌兵器の研究施設を建設しているとロシア政府は一貫して批判、アフガニスタン、パキスタン、台湾、フィリピン、韓国、そして日本にもアメリカ国防総省の影響下にある細菌に関する研究施設が存在しているとも指摘されている。
また、ワクチンの開発についても疑惑を持つ人がいる。例えば「弱毒化されたコロナウィルス」に関するアメリカの特許が2018年が認められているが、特許を申請したピルブライト研究所の主要出資者はWHO、EC（欧州委員会）、ビル・アンド・メリンダ・ゲイツ基金などだ。
2019年3月にはカナダのNML（ナショナル細菌研究所）から中国へ非常に毒性の強いウィルスが秘密裏に運ばれ、中国当局から抗議され、7月にはそのNMLから中国人研究者が追い出されたとする情報も流れている。
昨年10月にジョンズ・ホプキンス健康安全保障センターが開いたイベントも注目された。世界経済フォーラムやビル・アンド・メリンダ・ゲイツ基金と共同でコロナウィルスの世界的流行のシミュレーションをすることが目的で、この会合にコロナウィルスによる病気と関係の深い中国人は招かれなかったものの、アメリカ軍の幹部やネオコンが参加している。
その会合の翌日、軍事演習に参加するために300名のアメリカ軍将兵が武漢に到着、その2週間後にコロナウィルスの最初の感染が見つかるのだが、新型コロナウィルスの潜伏期間は14日だ。
ワクチンではイスラエルのMIGALガリリー研究所が2月末、COVID-19に有効なワクチンを数週間で作り出せると明らかにしている。彼らは4年間にわたってトリ・コロナウイルスのワクチンを研究してきたが、それがCOVID-19にも有効だというのだ。
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