最高裁ＨＰ Ｈ１７.０４.１４ 第一小法廷・判決 平成１３（行ヒ）２５ 処分取消請求事件
『ジュリスト Ｎｏ．１３００』に４月に出された登録免許税の過誤納金の還付請求に係る最判に関する評釈が掲載されている。担当されているのは，前最高裁調査官の高世三郎氏。
本判決は，登記を受けた者が，登録免許税法第３１条第２項所定の請求の手続によらなくても，国税通則法第５６条に基づいて，過誤納金の還付請求が出来ることを明らかにするもの。
登録免許税法第３１条第２項の請求に対する拒否通知が行政処分であることも肯定している。
不動産登記規則の関連条文
（登録免許税を納付する場合における申請情報等）
第百八十九条 登記の申請においては、登録免許税額を申請情報の内容としなければならない。この場合において、登録免許税法 （昭和四十二年法律第三十五号）別表第一第一号（一）から（三）まで、（五）から（六の二）まで、（七）、（八）及び（九）イからホまでに掲げる登記については、課税標準の金額も申請情報の内容としなければならない。
２ 登録免許税法 又は租税特別措置法 （昭和三十二年法律第二十六号）その他の法令の規定により登録免許税を免除されている場合には、前項の規定により申請情報の内容とする事項（以下「登録免許税額等」という。）に代えて、免除の根拠となる法令の条項を申請情報の内容としなければならない。
３ 登録免許税法 又は租税特別措置法 その他の法令の規定により登録免許税が軽減されている場合には、登録免許税額等のほか、軽減の根拠となる法令の条項を申請情報の内容としなければならない。
（第４項から第７項までは省略）
登録免許税法の関連条文
（過誤納金の還付等）
第三十一条 登記機関は、次の各号のいずれかに該当する事実があるときは、遅滞なく、当該各号に掲げる登録免許税の額その他政令で定める事項を登記等の申請をした者又は登記等を受けた者（これらの者が二人以上ある場合には、そのうち登記機関の選定した者）の当該登録免許税に係る第八条第二項の規定による納税地の所轄税務署長に通知しなければならない。
一 登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請が却下されたとき（第四項において準用する第三項の証明をする場合を除く。）。 当該納付された登録免許税の額
二 登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請の取下げがあつたとき（第三項の証明をする場合を除く。）。当該納付された登録免許税の額
三 過大に登録免許税を納付して登記等を受けたとき（国税通則法第七十五条第一項第五号 （他の行政機関の処分についての審査請求）の規定による審査請求に対する裁決により第二十六条第一項 の認定に係る処分の全部又は一部が取り消されたときを除く。）。 当該過大に納付した登録免許税の額
２ 登記等を受けた者は、当該登記等の申請書（当該登記等が官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合にあつては財務省令で定める書類とする。）に記載した登録免許税の課税標準又は税額の計算が国税に関する法律の規定に従つていなかつたこと又は当該計算に誤りがあつたことにより、登録免許税の過誤納があるときは、当該登記等を受けた日（当該登記等が免許等である場合において、当該免許等に係る第二十四条第一項又は第二十四条の二第二項に規定する期限が当該免許等をした日後であるときは、当該期限）から一年を経過する日までに、政令で定めるところにより、その旨を登記機関に申し出て、前項の通知をすべき旨の請求をすることができる。
（第３項から第８項までは省略」）
国税通則法の関連条文
（還付）
第五十六条 国税局長、税務署長又は税関長は、還付金又は国税に係る過誤納金（以下「還付金等」という。）があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなければならない。
２ 国税局長は、必要があると認めるときは、その管轄区域内の地域を所轄する税務署長からその還付すべき還付金等について還付の引継ぎを受けることができる。
（還付金等の消滅時効）
第七十四条 還付金等に係る国に対する請求権は、その請求をすることができる日から五年間行使しないことによつて、時効により消滅する。
２ 第七十二条第二項及び第三項（国税の徴収権の消滅時効の絶対的効力等）の規定は、前項の場合について準用する。
『ジュリスト Ｎｏ．１３００』に４月に出された登録免許税の過誤納金の還付請求に係る最判に関する評釈が掲載されている。担当されているのは，前最高裁調査官の高世三郎氏。
本判決は，登記を受けた者が，登録免許税法第３１条第２項所定の請求の手続によらなくても，国税通則法第５６条に基づいて，過誤納金の還付請求が出来ることを明らかにするもの。
登録免許税法第３１条第２項の請求に対する拒否通知が行政処分であることも肯定している。
不動産登記規則の関連条文
（登録免許税を納付する場合における申請情報等）
第百八十九条 登記の申請においては、登録免許税額を申請情報の内容としなければならない。この場合において、登録免許税法 （昭和四十二年法律第三十五号）別表第一第一号（一）から（三）まで、（五）から（六の二）まで、（七）、（八）及び（九）イからホまでに掲げる登記については、課税標準の金額も申請情報の内容としなければならない。
２ 登録免許税法 又は租税特別措置法 （昭和三十二年法律第二十六号）その他の法令の規定により登録免許税を免除されている場合には、前項の規定により申請情報の内容とする事項（以下「登録免許税額等」という。）に代えて、免除の根拠となる法令の条項を申請情報の内容としなければならない。
３ 登録免許税法 又は租税特別措置法 その他の法令の規定により登録免許税が軽減されている場合には、登録免許税額等のほか、軽減の根拠となる法令の条項を申請情報の内容としなければならない。
（第４項から第７項までは省略）
登録免許税法の関連条文
（過誤納金の還付等）
第三十一条 登記機関は、次の各号のいずれかに該当する事実があるときは、遅滞なく、当該各号に掲げる登録免許税の額その他政令で定める事項を登記等の申請をした者又は登記等を受けた者（これらの者が二人以上ある場合には、そのうち登記機関の選定した者）の当該登録免許税に係る第八条第二項の規定による納税地の所轄税務署長に通知しなければならない。
一 登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請が却下されたとき（第四項において準用する第三項の証明をする場合を除く。）。 当該納付された登録免許税の額
二 登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請の取下げがあつたとき（第三項の証明をする場合を除く。）。当該納付された登録免許税の額
三 過大に登録免許税を納付して登記等を受けたとき（国税通則法第七十五条第一項第五号 （他の行政機関の処分についての審査請求）の規定による審査請求に対する裁決により第二十六条第一項 の認定に係る処分の全部又は一部が取り消されたときを除く。）。 当該過大に納付した登録免許税の額
２ 登記等を受けた者は、当該登記等の申請書（当該登記等が官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合にあつては財務省令で定める書類とする。）に記載した登録免許税の課税標準又は税額の計算が国税に関する法律の規定に従つていなかつたこと又は当該計算に誤りがあつたことにより、登録免許税の過誤納があるときは、当該登記等を受けた日（当該登記等が免許等である場合において、当該免許等に係る第二十四条第一項又は第二十四条の二第二項に規定する期限が当該免許等をした日後であるときは、当該期限）から一年を経過する日までに、政令で定めるところにより、その旨を登記機関に申し出て、前項の通知をすべき旨の請求をすることができる。
（第３項から第８項までは省略」）
国税通則法の関連条文
（還付）
第五十六条 国税局長、税務署長又は税関長は、還付金又は国税に係る過誤納金（以下「還付金等」という。）があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなければならない。
２ 国税局長は、必要があると認めるときは、その管轄区域内の地域を所轄する税務署長からその還付すべき還付金等について還付の引継ぎを受けることができる。
（還付金等の消滅時効）
第七十四条 還付金等に係る国に対する請求権は、その請求をすることができる日から五年間行使しないことによつて、時効により消滅する。
２ 第七十二条第二項及び第三項（国税の徴収権の消滅時効の絶対的効力等）の規定は、前項の場合について準用する。
