初心者のためのLinux005：仮想CPU、スレッド数、プロセッサの割り当て

　最近RNA-seqデーター解析のために、Bowtie(bowtie build)でindexファイルを作らせているのだが、非常に時間がかかっている（すでに数日経過）。同じくRNA-seq解析用ソフトであるSamtoolsやCufflinksは格安ネットブックで何とか動いたのだが、やはりBowtieというかその仕事はネットブックには重いらしい。

　以前に仮想マシン（VMPlayer）の設定で、プロセッサを１としたと書いたが、これが何とかならないのかと調べてみた。
すると今使用しているネットブックのcore i5　480Mは実際のCPUコア数（物理コア）は２であるが、ハイパースレッディング技術により４つのCPUコア（スレッド数もしくは論理コア数）と同等の機能があるということらしい。くわしくはこのサイトなど

実際windowsのコマンドプロンプトでsetとやると
NUMBER_OF_PROCESSORS＝４
とでてくる（またタスクマネジャーのリソースモニター（R)でも４つのCPUがでてくる。たぶん、公式サイトのコメントのように本来は２とすべきなのかもしれないが。。)

日経BPサイトの宮原 徹さんの記事によると「サーバー仮想化の観点でHyper-Threadingを見ると、スレッドの合計数まで仮想CPUを増やしてもCPUの競合が起こらない」らしい。またアットマークITサイトによるとVMplayer自体は4まではプロセッサを割り当てられることから、Ubuntuの割り当てはコア４でも可能なのかもしれない。これについては後日試してみたい（*）。

（*）４にしたらやはりシステムが不安定になりました。