あなたにもできる!ハーバード留学!!~アラフォーからのボストン留学体験記

アラフォー研究者のボストン留学体験ブログ。
研究・生活・英語・ITを中心に留学ライフハックスをお教えします!

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いつの間にか5年目がはじまっている!

2017-05-15 07:12:45 | ハーバード留学生活5年目編
いつの間にかボストンも5年目。。
いろいろ書きたいこともあるんだけれど、いつの間にか時間がたってしまって、このブログも結構ほったらかしにしていた。

ちょっと研究面では停滞したこともあって、スランプな時期も去年から今年の初めにかけてありましたが、ここにきて開き直りというか、仕事面ではラストスパートにいろいろできる限りのことをやってみようという気になってきましたね。

あとこちらの四季も楽しむようにしていきます!



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2017年始まりました!

2017-01-21 13:33:11 | ハーバード留学生活4年目編
2017年がいつの間にか始まった。

2016年は、一日一度新しいことに挑戦するが、目標だったことものあるのですが、2016年いろいろなことに挑戦しすぎて、ブログを書く暇がなかったくらいでした。



一つには英語でのコミュニケーション能力に自信がついてきたので、新たなことを挑戦する余裕がでてきたこと、研究の方もまとめがさしかかるにしたがって、さらなる進展方向を求めて伸びそうなところに種をまき始めたということもあるかもしれない。

ざっとここに挙げられるだけでも

1)toastmasterのCompetent Communicator manualが終わったこともあって、toastmaster clubの世話人を引き受けるようにした。

2)二つのtoastmaster clubに属するようになった。

3)Harvard Biotechnology clubのキャリアフェアーを手伝った。

4)本格的にcomputational biologyのテクニックを勉強するようにした。

5)SNSを本格的に始めた。

6)日本人の少ないネットワーキングの集まりに積極的に顔を出すようにした。

7)母校の同窓会の雑誌に留学についてのノウハウを紹介する記事を載せていただいた。

8)定期的に運動するようにした。

9)アメリカでの就職セミナー&コーチングセッションにでてみた。

10)あっつ、Bitcoin買ってみたっていうのもありますね(笑)


今年の目標としては、留学としては最終段階になると思うので、4これまで培ってきたものをうまくアウトプットしていける心がけていきたいと思う。

1)研究をうまく論文としてまとめる。これにはようやく網羅的解析ができたので、それをうまく合わせて厚みのある研究にしたい。また合わせて網羅的解析のプラットフォームを作るというのもやっていきたい。

2)1)とこれは関係するのだが、これまでになかった異次元な共同研究を進めていきたい。これにはDeep learningやがん免疫などのツールを自分のツールと組み合わせてテリトリーを広げていくということになると思う。 

3)英語のコミュニケーション能力向上のツールとして、toastmastersという活動が有用であることがわかったので、その活動の中でさらに自分に負荷をかけて、コミュニケーション能力を向上させるとともに、英語が第二外国語のプロフェッショナルの方にtoastmastersという糸口があることを広げていきたい!

これには現在所属しているtoastmasters clubのVP of membershipとしての活動とともに、何らかの形で日本人のコミュニティにむけて発信していくことを考えている。


というのが今年の目標となる。さあ頑張っていきましょう!



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kallisto使ってみた!

2016-12-28 12:53:41 | ネットブックで行うNGS解析
Psudoalignmentというある意味姑息な手法を使って高速にRNA-seq data解析を行うソフトkallisto使ってみた。

インストールその他は、チュートリアルGetting Started及びKallistoInstallが詳しい!

リファレンスゲノムファイル(cDNA)をEnsembleのFTPサイトで落とし、macのterminalで

$ Kallisto index -i myMouseIndex Mus_musculus.GRCm38.cdna.all.fa

としてインデックスファイルをつくる。

その後kallistoのマニュアルを参考に、kallistoの定量のコマンドを打ち込めば良い!

今回pair endedのシーケンスだったため、XXX_SYYY_L001_R1_001.fastq, XXX_SYYY_L001_R2_001.fastqという2種のファイルがあったのだけれど、それぞれR1, R2というディレクトリを作り移動!

$ mkdir R1, R2

$ mv *_R1_* R1
$ mv *_R2_* R2

それから実際のコマンドをうちこむ。ファイル名は共通部分をbasenameコマンドで、変数として切り取り利用すれば良い!

変数の定義の際に=の前後でスペースを入れないこと
変数をテキストとして使う場合に${変数%%.test}を使うところに気づかずちょっと手間取ったが、

以下で、カウンティングファイルとともにBAMファイルも作ってくれる!(前もってsamtoolsのインストールが必要である)。

$ for file in R1/*.fastq

do

echo $file
basef=`basename $file _L001_R1_001.fastq`
R1file=${basef%%.text}_L001_R1_001.fastq
R2file=${basef%%.text}_L001_R2_001.fastq
echo $R1file
echo $R2file
kallisto quant -i myMouseIndex -o ${basef%%.text} --pseudobam R1/$R1file R2/$R2file | samtools view -bS - > ${basef%%.text}.bam

done

で各サンプルごとのフォルダにカウントファイルほか、BAMファイルもつくってくれる!

次に

for folder in *_S*
do
echo $folder
cp ${folder%%.txt}/abundance.tsv ${folder%%.txt}_abundance.tsv
done

で各フォルダーに保存してあるカウントファイルにサンプル名をつけたファイルができる。

kallistoの文献はこちら
kallistoの紹介記事Kallisto, a new ultra fast RNA-seq quantitation method



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ハーバード留学英語3年目編014:USMLE 2CS英語レッスン3回目(神経学的所見)

2016-05-08 16:45:25 | ハーバード留学英語3年目編


USMLE 2CS英語レッスン3回目

今回は割とシステムに慣れてきたで、2症例をやってかつ前回の神経学的所見の取り方をおさらいしました。大体の流れはつかめるようになったものの、

1)ところどころスムーズさに欠ける
2)重複が多い
3)必要な医学的質問を忘れている(糖尿病の現状の把握など)

という課題が見えてきますね。あとpatient noteの部分はカバーできていないのですが、これもまた必要な鑑別を忘れてしまいますね。もうちょい突っ込んだトレーニングが必要なようです。

今回からは音声録音で対応することにしました。特に神経学的所見の取り方を含めた復習の部分は忘れそうなのでしっかり録音したのち書き起こしておきました。症例はドラッグが原因と思われる幻覚が主訴の27歳男性。
多少違っているかもしれませんが、いろいろな意味でテンプレートとしては使えそうです。

テープ起こし

Ah I’m just coming to the physical exam and let me wash my hands.
Ok. One thing frist. I would like to look up Please Ok, and look down, Ok.

Can you clone your eyes tightly like this, and can you open?

Can you raise your eye brows?

I want you to follow my finger without moving your head.

Thank you very much.

I would like you to look at the wall right behind me like at the point there.
I’m just gonna shine you slightly.

I would like you to close your eyes and I’m just gonna touch your head.

Do you feel this?
Do you feel this?
Do you feel this?
Do you feel this?

Is it the same on both sides?

Please keep your eyes closed.

Do you hear this?
Do you hear this?

Is it the same on both sides?

Thank you very much.

OK

Can you tell me your name?

XXXX

Ok, where are we?

Hospital.

OK, who is the president of United States?

Barak Obama

Good I’m gonna give you three words.

Apple, Cat, Pen.

Please remember that, I’m gonna ask you abut that.

What did you have for breakfast?

Bread and Egg.

Can you spell backwards the word Table?

ELBAT

OK good.

Can you remember the words I gave you?

Apple, Cat, Pen

Good, thank you very much.

I’m just going to check your chest and I’m just going through anther practice.

Just breath normally?

You can take deep breath in and out?

In and Out.

In and Out

In and Out.

I’m just gonna listen from behind.

In and Out.

In and Out.

In and Out.

OK good.

Just breath normally.

All right. I would like you to go like this?

I am gonna push you, so please resist me?
OK

I am gonna pull you and please resist me?

Ok

I am gonna push you and please resist me?

OK

Please pull me?

OK. Thank you very much.

Please put your arms like this?

I’m gonna press down.

OK

Please go like this.

OK.


Please squeeze my fingers.

OK. Thank you very much.

Hey, I would like you to stand up. And I would like you close your eyes.

OK, just a few moment.

Good.

Please open up!

I would like you to walk to the door please

Sorry, Are you OK?

Yeap.

Could you walk back to me? And this time, you can walk heel to toe and heel to toe.

All right, good you can sit down.

Last thing, I’m gonna check your reflex.

OK.

I’m just gonna check your feet.

OK.

OK good. I’m all done with my physical exams, and let me give you my impressions.

One possibility is that you have an abnormality right in your brain and so we can diagnose that by imaging studies.

However there is a strong possibility that your hallucinations are caused by the drugs you took. You had Ecstacy and Angel dust yesterday and that is when it started.

So sometimes these drugs if they are taken regular basis, can cause these hallucinations. I need to do some tests and I will do blood test and a few other tests.

In the meantime, I would really strongly like to recommend you to stay away from taking these drugs. These drugs can cause serious health consequences such as hallucinations. Once you start hallucinations, it can get worse. I will also recommend you to give up tobacco. I understand it hard, but tobacco can also cause serious heath problems in the future. If you are interested, I can have a counselor to speak with you for smoking cessation and resources here at the hospital as well as the drugs.

Once again, I would recommend you to stop taking Ecstacy and Angel dust and I hope you stop tobacco. I will go get those tests setup right now and once we get the test results back, I will meet with you again. Ok. Thank you very much.

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ハーバード留学英語3年目編013:toastmasterいよいよファイナル”inspire your audience”

2016-05-08 10:09:39 | ハーバード留学英語3年目編
inspire your audienceって

toastmastersのcompetent communicator manualの最後の課題は”inspire your audience”!
最後の課題だけあって、総集編的な課題ですね。

inspire your audienceといえば、ふと思いつくのが、スティーブジョブズがスタンフォード大の卒業式で行った。
スピーチが有名ですね。荷が思いなと思いつつテーマを考えていたら、toastmaster magazineの記事に

"Breaking language barriers"

というのがあったので思わずいただいてしまいました!

10回目の発表”Breaking Your Barriers to Public Speaking”



Good afternoon, fellow toastmasters and welcome guests. (brief pause….)

My talk tonight is “Breaking Your Barriers to Public Speaking”. English is a second language for ME. My language barrier is one of my biggest concerns about public speaking. That is why I joined the toastmasters club for more than 1 year.

As I mentioned several times in the toastmasters meeting, the experience in the toastmasters general club has helped me a lot to overcome my language barrier. At this moment, I am still working on breaking of my language barrier. However I have some ideas on what it is and how it is to break my language barrier. I believe this insight could be applicable to breaking other types of language barriers. (EXCELLENT IDEA….PAUSE).

Therefore I would like to share my insights with you.
(dramatic pause…two seconds). I hope that it could also help you to overcome your barriers.



According to my experience in toastmasters, I realized that there are four important things to be aware of when you are trying to break your barriers.

These important things are…

First: have a goal……a good goal using the “SMART” goal setting technique. This is an excellent way of structuring any presentation or meeting.
Second: Is to enjoy your challenge is also very important. Embrace any anxiety or fear that you have about public speaking and use that for your benefit.
Third: Enjoy your fellows or working partners and the environment. The audience, in most cases, are your friends and they want you to succeed.
Forth: Learn from your mentors and the feedback that the audience provides, especially the speech evaluators…these are the keys to your success.



First, I would like to start with the aspect of goal setting. In general, there are 5 golden rules to set your goal in order to achieve outcome you need. The five rules are: Your goals should be Specific, Measurable, Achievable, Relevant, and Time-bound. This is also called smart goal setting.
I realized that the toastmasters’ competent communicator track is a good example of SMART goal setting.
As you can see in the manual, a different sets of objectives is assigned to each of the project, therefore goal should be very specific. Your fellow toastmasters help you to evaluate your skills and your improvement should be measurable. It might not be easy but it is achievable to give a talk in the toastmasters meeting once in 1-2 month. The projects in the manual are well constructed and the objectives of each projects become deeper and wider from earlier to later projects and the challenge you will face in the projects should be relevant. Finally, it is also time-bound. The speed is not clearly indicated in the manual, but most of the participant probably want to improve communication skills not within a month but within one year or two. That makes it possible to find good pace makers for your achievement among the club members.
I believe that this types good goal setting in competent communicator track allows you to improve your communication skills very efficiently and effectively.



Second, I would like to talk about the fun aspects of public speaking challenges. I can think of the many enjoyable things in my challenges and you may find more in your challenges.
This could be side products of your challenge but it promotes you to step further.
First it is a very encouraging moment when you realized your improvement or accomplishment. I think it is important to make use of this kind of feeling for continuing your challenge.
In addition, I could learn a lot of things from my challenge in the toastmasters. As for communication skills, I have learned many things such as speech structures, vocal varieties, the techniques to inspire audiences. As for topics, I could also learn a lot of things such as myself, time management, and cognitive behavioral therapy. It is very enjoyable and makes my life more rich.
Finally, I also would like to point out you could get something you did not expect at the beginning during your challenge. In my case, I could get some confidence in communication and it helps me to widen my perspectives as well as the chance or opportunities that I had dismissed before.



Finally, I would like to mention about the aspects of your working partners. Friendly and warmful environment of toasmtasters general club always helps me to continue my challenge.
I also have two good mentors, GXXXX at the beginning and KXXX now. GXXXX helped me to familiar with everything in the toastmasters and Kevin always helps me to edit my speech. I also have two good pace makers RXXX and KXXX. They helped me to follow the track of competent communicator manual.
I realized these human factors are also important for your accomplishments.



IN CONCLUSION: (Pause)…Today I talked about four things that are important to break your barriers. (I changed to four, you can change back if you want)
Three things are
S.M.A.R.T goal setting
Enjoying your challenge
Your Fellows – Environment, Mentor, and Pace maker
I believe these three factors are key to any kinds of challenge for everyone.
I hope it helps you to break your barrier, cross the boundary, and continue your journey to the new world.
Thank you very much for your attention.

さすがに10回目となると、ある程度の自信、度の暗い準備すれば良いのかというノウハウが付いてきて、かなり発表に余裕ができるようになります。スピーチのスピードも自分の中で一番良いと思えるスピードがわかってくるのも面白いですね。
またここでできた自信とかスピーチのさばき方は、実際のscientificな発表にも使えるので、かなり最近ラボでの発表が楽になった気がします。スピーチに自信のない方はtoastmaters是非試されると、世界が変わる気がしますね!おすすめです。

ちなみやり始める前は、ネィティブに混じって英語で発表なんてとてもと思っていましたが、結果的には我がtoastmasters general clubで10回やり通したのは、ネィティブでない自分が一番早っかったりしました!


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