ハーバード留学生活2年目編062：冬のニューヨーク散策

紀伊国屋
ボストンにいて困るのが、日本語の本が好きに選べないこと。やはり情報のインプットは日本語からの面も多いので、おのづと日本語の本屋にいけないと、何か感覚が古くなってきます。

英語版日本料理の本が新鮮ですね。精進料理とかアメリカ人にもうけるのだろうか？





この旅の一つの楽しみは紀伊国屋でした。結構興味深い新刊書があったのでいくつかゲット。あとその近くのbookoff usaにも立ち寄りました。宮本輝の小説を中心に1ドルの本をしこたま仕入れました。

大戸屋 Times square

日本料理が食べたいという家族の希望で大戸屋へ。日本の大戸屋を想像していたのですが、もっとおしゃれで、あと日本酒などのドリンクメニューも充実していました。すごく混んでいたので、予約した方がよかったですね。



ちなみにこのきき酒セットを取りましたが、久しぶりの日本酒がおいしかった。特に獺祭はおすすめです。

Morgan Library

ＪＰモルガンの書斎兼事務所だった場所を美術館として公開したところです。竹中平蔵さんが、著書でおすすめされていたのでちょっと気になっていました。特にアフタヌーンティーは絶品とのこと。

稀覯本と美術品の集められたモルガン美術館は荘厳で、またヨーロッパの古い教会にいるかのようでした。
一部モダンなデコレーションもあり、すごくおしゃれです。


また件のアフタヌーンティーですが、



といった風で、一口サイズですが、どれもおいしいです。次回はメインディッシュに挑戦してもよいかもしれません。あとついてくるお茶も、ティーパックなのですが、今まで飲んできたお茶は何だったのかというくらいおいしいです。Harney and sonというメーカーのものでした。調べてみると結構有名なブランドで、日本でも買えるようですね。

ニューヨーク散歩

ニューヨークは町並み自体が、おしゃれで、ボストンに見慣れているとなんと素敵なんだろうと思ってしまいます。歩いている人の服も黒でシックに統一されていておしゃれです。ボストンから来た我々はどことなくおのぼりさんチックで、チョイダサい感じでした。。







ハンモックの会議室

ちなみにアムトラックの雑誌にのっていたのですが、Googleピッツバーグの会議室はハンモックになっているらしいですね。
ニューヨークでちょっと本を読んでいて、面白いので、写真にとってしまいました。

ハーバード留学生活2年目編061：何とかニューヨークにたどりつく

きょーふのサウスステーション
前の日に散々な目にあったため、今日もダメかもと思いながら、朝のサウスステーションにやってきました。救いは始発の電車が動いていたことです。しかしながら、また電車のdelayのお知らせ！！



何でもスッチングが凍り付いて電車をうまく動かせないということ。またこの日も午後になると雪が降り始めるとかで、あっこれはもういけないのかもと思いました。しかし何とか30分くらいで復旧。何とか電車にのることができました。

電車は意外とスムーズ

電車の進行は意外とスムーズで、いったん乗ってしまえば何とか進んでいきます。驚いたのは、列車の継ぎ目の部分にある出入り口の隙間から雪が吹き込んできており、電車の継ぎ目には雪が積もっているのです。適宜車掌さんが、シャベルで雪をかきだしており、これにはちょっと驚きました。



何とかニューヨークに到着

定刻から40分遅れでニューヨークに到着。昨日のことを思うと、100倍ましです。すぐさまホテルに直行。エンパイアステートビル近くの小奇麗なブティックホテルです。



部屋にホテルおすすめの本が置いてあるのも、ちょっとおしゃれです。


フロントのお兄さんが、ちょっとオネエ系で面白いのですが、すごく親切で、近くのレストランを教えてもらいました。本当はラーメン屋を知りたかったのですが、なかなか適当なところがなく、main noodle houseってとこがいいよ！という話でした。

家族経営の中華料理屋でしたが、そこそこgood！でした。ラーメンよりも焼きそばがおいしいかも。。

ハーバード留学生活2年目編060：アムトラックが動かない

ウィンターブレイクでニューヨークに行くはずが
子供の学校が2月16日からウィンターブレイクで、その休みを利用してニューヨークに行こうと考えていました。今回不運だったのは、前日にブリザードが来ていたこと。このため午前の出発を午後に伸ばしたのですが、ここからが大変な事態の始まりでした。

ボストンで足止め
ＭＢＴＡはケンモアからしか動いていず、運行時間も当てにならなそうなので、自宅からタクシーでサウスステーションまでいって、出発時間の3時間前くらいに念のためたどりついたまでは良かったのですが、午後のアムトラックが遅れに遅れ、3時発の電車が全く動かない状態になりました。

何でもequipmentがそろっていず、電車が凍り付いて車庫から駅にやってこないとか。。それでもしゅぱつ時間がら2時間くらいは待ったのですが、その後電車のエンジンがおかしくなったとかで、さらに数時間は待たないといけない模様になりました（＊）。

泣く泣く仕切り直し

これだとその日のうちに動かないかもしれないし、動いたとしてもニューヨークにつくのは真夜中。。泣く泣く切符をキャンセルし、翌日の切符を買いその日は駅近くのホテルに泊まったのでした。。

ちなみにホテルは時計台の近くでした。冬の時計台はきれいでした。



(*)それでもアセラはさくさく動いていました。こういう時期は飛行機か、アセラにしないと時間が読めないのかもしれません。

ハーバード留学生活2年目編059：ブリザードの後、徒歩で家まで帰宅

またもやブリザード
この1月末から2月半ばにかけての3週間の間に、4度のブリザードが襲来。記録的なことらしいのだが、こうなるとみんな慣れてくる。問題は今年はあまりにも接近してブリザードが来すぎたため、交通機関（ＭＢＴＡ）がマヒすることであった。

とはいっても平日はブリガムウィメンとＭＧＨの間にシャトルバスがあるので、いろいろ実験の予定をやりくりして、対応が可能であったが、問題はシャトルバスのない週末にきたこと！！　

4回目のブリザードは2月14日（土曜日）の夜半から2月15日（日曜日）の午前中にやってくるため、ＭＢＴＡは土曜日の夜から動かなくなってしまう。どうしてもやらないといけない実験、というか細胞の培地換えが日曜にあり、土曜日の夜から泊、嵐のさった次の日のお昼に歩いて帰ることにした。


ブリザードの現状
今回のブリザードが一番ひどく、2月15日の朝はホワイトアウトといった感じでした。



徒歩での帰還！　凍傷は大丈夫か？

気温がかなり寒いので、徒歩で家に帰るのは、2時間くらいかかり、危険では？との話もあったのですが、気温は大体マイナス8度から10度くらい、体感温度がマイナス15度から20度でした。

ネットを調べ、凍傷の危険性は体感温度と関連するものの、マイナス28度以下であること（冬山考)がわかり、様子を見ながら歩くことにしました。

ビーコンヒルでは、駐車中の車がすっぽりと雪に埋もれています！！



ボストンコモンを雪ですっぽり。



とここまでは良かったですが、ここから風が向かい風になり、大変なことになりました。特にニューベリーストリートを西に向かおうとして、突風が吹きつけ、特に肌の露出している顔が痛くなります。毛糸の帽子で顔を覆い、頭にはジャンバーのフードをかぶって、何とか耐えました。。

その後何とか、ケンモアまでたどり着くことができます。
ここまで約1時間。

ＭＢＴＡはしまっています。



嵐のなか、何とかブルックラインまで到着です。



家のあるクーリッジコーナーまで来たのは、1時間半後でした。何とか凍傷にならずにすみました。

ハーバード留学ＩＴ2年目編004：バイオ研究用お役立ちフリーソフトウエアをまとめてみた

近いうちにコンピューターを買い替えようと思っているので、移行がうまくいくように、今使っていて便利な研究で使えるお役立ちフリーソフトウエアをまとめてみました。

1)画像処理

GIMP2(photoshopに近い)
　
Fuji(Image Jのフルセット版）

あとフリーソフトではないが、
MATLABも重要である。

2)PDFファイル

primoPDF(PDFファイル印刷）

PDF Xchange Viewer（コメント機能でちょっとしたPDFへの書き込みが可能）

Mandely(PDFの文献管理ソフトとして便利）


3)ファイルの解凍圧縮

Lhaplus（ファイルの解凍圧縮はこれ一発で十分）

4)DNAシーケンス関連

APE(DNAシーケンスエディター。ちょっとしたことならこれでＯＫ）

CLC Sequence viewr(多機能なソフト。タンパク配列のアラインメントもできるのが魅力）

Finch TV(DNA シーケンス生データーのviewer)

DNASTAR(まだ使ったとこないですが、NGSにも対応していて便利との話。ただしフルバージョンにはライセンスが必要）

4)RNA-seq関連

基本的にはVMplayer+ubuntu,Bowtie, R, cufflinksがまずは情報が多いのでおすすめである。
詳しくはネットブックで行うNGS解析002：ネットブックで行うRNA-seq(1)を。

最近ではisoform解析にMISO (Mixture of Isoforms)やSashimi Plot(isoformのデーターをIGWにプロットするソフト）が便利らしい。Pythonが必要なので、ちょっと勉強せねば。。

ちなみにbioinfomaticsやっている人の話だと（ボストン留学体験記参照）

① R
② Perl
③ Python

の３種が必要で、② Perl, ③ Pythonを学ぶにはcodeacademyがよいらしい。

Wikipediaの説明によると、codeacademyは

Codecademy はHTMLやCSSなどマークアップ言語及びPython、PHP、Javascript、Rubyなどのプログラミング言語関連のコーディング講座を無料で提供しているオンラインプラットフォームである。

2012年6月時点で5万人以上の利用者が1億件以上の演習を終えており、ニューヨークタイムズやTechCrunch[6]など多くのブログやウェブサイトから高評価を得ている。

利用者の参加を促すため、課題完了時のバッジ付与や合計点数を公開する機能があるほか、利用者が新しい課目を作成し公開することができる。

という感じらしい。日本語もあって面白そうである。ちょっと時間をみつけてやってみたい。

まだまだいろいろありそうですが、気が付き次第追加していきます！！