初心者のためのLinux006：Ubutuでインターネット接続できない問題の対処法

最近PCの調子が悪くて、システムを一度復元した。その後いろいろなソフトウエアを入れなおさないと行けず、Ubuntu(Linux)もその一つだった。
Ubutuoを入れた直後は、問題なくパッケージのインストールも
sudo aptitude install
や
sudo apt-get install
でうまくいっていたのだけれど、しばらくしてからほかのパッケージを入れたくなってインストールしようとすると全くこれらのコマンドが効かなくなり、
UbuntuのサイトやSourceForgeのサイトが見つからないとのエラーメッセージがでてくる（*）。

エラーメッセージを頼りに検索してみると、どうやらUbuntuからインターネット接続がうまくいかない状況になっていたらしい（**）。確かに右上の扇形のネットワークアイコンも白抜きになっている。

調べたサイト「よまの間：ubuntu 12.10 アップデート後にネットワークに接続できない問題」 によると、ネットワークマネージャーという設定ファイルの設定がおかしくなってしまったために、ネットワークに接続できなくなったようだ。

こうなった時の対処法を同サイトを頼りに（***）

> cd /etc/NetworkManager
とし
>less NetworkManager.conf
としてネットワークマネジャーのファイルを読んでみると、

確かに同サイトの言うとおり

[ifupdown]セクションmanagedの値が次のようにfalseになっている

[ifupdown]
managed=false

このfalseの部分をtrueに書き換えればよいらしい。
でもどうやって？ワードなどでファイルをつくって書き換えようにもうまくいかない。

いくつか調べるとviエディターをつかってやるのが一番手っ取り早いらしい。例えばUbuntuのupsplash.confやinetd.confを編集しようとすると書き込み禁止となっている...などを参考に

> sudo vi NetworkManager.conf

ただこのviエディターが曲者で、まったく直感的にできておらず、四苦八苦して、

[ifupdown]
managed=true

とできた。
参考にしたviエディターサイトは、ｖｉエディタの使い方がよかった。

これをやってから、右上の扇方の部分をクリックして無線LANをオンにするとUbuntuでインターネットにつながり、パッケージのインストールもできた。

やはり初心者にはハードルが高い。

（*）あとで実際のエラーメッセージ入れます。
（**）面白いことにwindowsからのインターネット接続はうまくいっているのですが。。
（***）アナログ系アラフォーオッチャン的対処法（笑）

初心者のためのLinux005：仮想CPU、スレッド数、プロセッサの割り当て

　最近RNA-seqデーター解析のために、Bowtie(bowtie build)でindexファイルを作らせているのだが、非常に時間がかかっている（すでに数日経過）。同じくRNA-seq解析用ソフトであるSamtoolsやCufflinksは格安ネットブックで何とか動いたのだが、やはりBowtieというかその仕事はネットブックには重いらしい。

　以前に仮想マシン（VMPlayer）の設定で、プロセッサを１としたと書いたが、これが何とかならないのかと調べてみた。
すると今使用しているネットブックのcore i5　480Mは実際のCPUコア数（物理コア）は２であるが、ハイパースレッディング技術により４つのCPUコア（スレッド数もしくは論理コア数）と同等の機能があるということらしい。くわしくはこのサイトなど

実際windowsのコマンドプロンプトでsetとやると
NUMBER_OF_PROCESSORS＝４
とでてくる（またタスクマネジャーのリソースモニター（R)でも４つのCPUがでてくる。たぶん、公式サイトのコメントのように本来は２とすべきなのかもしれないが。。)

日経BPサイトの宮原 徹さんの記事によると「サーバー仮想化の観点でHyper-Threadingを見ると、スレッドの合計数まで仮想CPUを増やしてもCPUの競合が起こらない」らしい。またアットマークITサイトによるとVMplayer自体は4まではプロセッサを割り当てられることから、Ubuntuの割り当てはコア４でも可能なのかもしれない。これについては後日試してみたい（*）。

（*）４にしたらやはりシステムが不安定になりました。

初心者のためのLinux004：バカチョンBoostC++ビルド

　VMplayer+Ubuntuで、windows7上でLinuxが動く環境になったので（前のブログ参照

　次はBoostのインストールである。これについてはこのサイトの情報が役に立つ。なんのことはない。

　$ sudo apt-get install libboost-dev

でOKです。

初心者のためのLinux003：Ubuntuフリーズの危険な？対処法

　Linux(Ubuntu)がVMplayerごとフリーズしてしまった。原因はRNA-seqデータ解析用のbowtieインデックスを作っている最中（これが結構時間がかかり24時間くらいたってもまだやっている。。）、ゲストOSをサスペンドしようとして設定を保存している途中にフリーズしてしまった。

　VMplayerを止めようとしている最中なので、さらにパワーオン状態になったままで、パワーオフすることができない。

１）仮想マシン側でCTRL+ALT+DELTEをする時の方法Control+Alt＋insertをためすが、効かない。
　
　２）CTRL+ALT+DELTEをおしてタスクマネジャーをだし、VMplayerを強制的に終了させるが、VMPlayerを再度立ち上げると、「仮想マシンはビジー状態です」というエラーがでてubuntuが立ち上がらない。(*)

　３）ホストを再起動して、VMplyerを立ち上げるが、一度ubuntuが立ち上がるが再度フリーズ。。(**)

　４）ホストを再再起動してVMplyerを立ち上げようとしるが、「パワーオン中にエラーが発生しました」のメッセージがでて立ち上がない(***)
　
　５）googleでエラーメッセージを検索、ivystarさんのVMware Authorization Serviceが停止している場合の対処方法を参考に、

　windowsのスタートメニューから「コントロールパネル」を選択し、

「表示方法」が「小さいアイコン」となっている場合は一覧の中から「管理ツール」をクリックし

「サービス」をクリックしてサービスウィンドウを開く

さらに一覧から「VMware Authorization Service」を探し、プロパティを開く、

　参考ブログには「するとサービス状態が「停止」になっています」とあるが実際はなぜか起動中になっていた。
　
　ものはためしというか最悪再インストールだなと思い、

　　ここを一度停止させ「開始」ボタンを押して起動させた。
　　
　　そして、あとはいつも通りVMware Playerを起動して仮想マシンを起動すれば。。

　
なんと、Ubuntuがもどってきた。そのあとは通常に機能している。


(*)OKwaveでは結構みんないい加減なことを答えている

(**)「再起動はホスト側のPCを壊す可能性があり出来れば避けたく思っています」という意見もあっておっちゃんはビビるが、「bowtieごときでホストPCがこわれるはすがねー」と強気に強制終了(笑）

(***)「パワーオン中にエラーが発生しました」のエラーの場合gooleった感じだと、VMware Authorization Serviceが起動していないことがほとんどのようである。似たようなサスペンド時のエラーの報告もある。今回のようにVMware Authorization Serviceが停止していなかった場合も、このサービスを一度停止して再度開始するとOKなのかどうかはわからないが。。
このあたりが素人の強さである。

初心者のためのLinux002:超簡単windows8+Linux

Windows7マシンに仮想マシンでLinuxを走らせることができたので、今度はwindows8マシンでも同様のことを行ってみる。

同じく後藤先生のブログ「Windows8でVMplayer with Ubuntu」を参考に行う。基本はwindows7と同様である。
やはりマシンが高くないもの(確か購入時29800円)を使ったので、環境は

PC:Acer Aspire One(AO756-H　14C/K)

CPU:Intel, Celeron CPU847@1.47GHz(Core 2)

RAM:4.00GB

HDD:300GB

といった感じです。

やはりコア数１(*)、使用メモリ２ＧＢ、使用HDD 100GBで設定し、各種インストールが数時間で終わった。
2回やるとかなり慣れてくる。

(*)コア２にしても仮想マシンがすべて使用するわけではないので、大丈夫そうであるというか立ち上る。このマシンはハイパースレッディングに対応していないのでスレッドも２の模様