「日の丸」の幟が「船印」に使われている。
江戸時代、船舶には「船印」というものがありました（現在でも、国旗とは別に、船舶の国籍を示す "ensign" ―軍艦の場合は "naval ensign"、商船の場合は "civil ensign" を持つイギリスのような国もある）。
これは、主帆や幟、旗に印を入れ、その船舶の所有先を示すもの。
民間の船舶は主に、斜めや縦、横に筋を染めた主帆を掲げ、また、各藩所有の船舶は、藩の紋所を主帆に染めていました（『諸国御船印之図』）。
幕府の船舶となると、それが葵の紋となるわけです。
その中で「御召御関船」や「安宅丸御船」（いずれも将軍の乗船）には、葵紋のほかに、「日の丸」を染めた幟をも掲げていました（水野家文書『御船印並諸国御船印之図』）。
注意しなければならないのは、この段階で「日の丸」は唯一の船印ではなく、その中の１つであったということです。
1853 (嘉永６）年のペリー来航を機に、外国からの船舶輸入や国内での造船の動きも始まり（500石以上の軍船製造・保有を禁止する「大船建造禁止令」が廃止された）、翌1854（嘉永７）年には初の国産洋式軍艦〈鳳凰丸〉が建造されました。
同年、薩摩藩では〈昇平丸〉、1856（安政３）年には水戸藩で〈旭日丸〉が完成するなど、洋式軍艦も次々と製造されていったのです。
このような中、形の上では外国船との区別がつかないため、何らかの「船印」を定める必要が起り（薩摩藩主・島津斉彬が幕府に進言したという）、1854（安政１）年、従来、幕府所有船の「船印」の１つだった「日の丸」の幟を「日本惣船印」と定めました。
1859（安政６）年には、幕府は「日の丸」を「御国惣印」と定めたため、後の戊辰戦争の際には、旧幕府軍は、陸軍海軍ともに、この「日の丸」を掲げて戦ったのです（日本の統治権の正統性を「日の丸」が象徴していた）。
しかし、明治政府が全国政権として成立してからも、「日の丸」(「日章旗」）は「船印」的な色彩が強く、最初に公式に出されたのは、1870（明治３）年の「太政官布告第57号 商船規則」でした。
つまりは、「日の丸」は、幕府の全国支配を象徴する旗から、明治新政府の下での "ensign" となり、やがて「国旗」として扱われるようになったわけです（その場合でも "naval ensign" や連隊旗は「旭日旗」であり、「日章旗」ではなかった）。