ネットブックで行うNGS解析001：ショボPCでどこまでできるか？

ネットブックで行うNGS解析としたが、スパコンとかではなく家庭用のPCでもある程度はNGS解析ができる気がしてきている。

その最たるものは

１）お家でできる次世代シーケンサ解析

２）STAP細胞関係のゲノムデータを解析してみた

てな感じであるが、
みんな結構エイサーネットブックなどのショボPCで結構ゴリゴリやっているみたいだ(*)。「わらわもではやってみようぞよと乗り出した」のがこの企画である。

最近いくつか解析してみているが、できるものもあるが、やはり歯が立たないものもあると気が付き始めた。
ただ試しにトライしてみることは悪くない。これまでにも書いた記事を、ここでも再録して見やすくしてみた。

(*)
次世代シーケンス解析に関する質問掲示板Seqansers.comには、

Bowtie out of memoryの対処法を質問している人が、

Whats wrong here and what can I do without changing computer?
I am aligning onto mm9, ebwt-files are downloaded from Bowtie-website.
I have an Acer Aspire, 3GB memory. Ubuntu.

と悲痛な叫びを、述べていた。駄目な時は、駄目です。ハイ。