Rでのbox plot生成必勝法（タイトルを入れて外れ値を消そう＆ファイルの保存）

まず生物系でよく行うのがbox plot生成でしょう。
Rだと簡単にできます！

まずはデモ用データーを乱数で生成してからボックスプロットを作成してみます。

a  rnorm(100,20,5)

#乱数で、サンプル数60, 平均10, 標準偏差3のデーターをつくる

b  rnorm(60, 10,3)

#乱数で、サンプル数80 平均5, 標準偏差3のデーターをつくる

c  rnorm(80, 5,3)

 

＃ボックスプロット生成

boxplot(a,b,c)

多分こんな感じにディスプレーされるのではないかと思います。


何もしないとデーターは保存されないので、例えばpngファイルで保存してみると、

#png ファイル生成

png(filename="example.png")

boxplot(a,b,c)

dev.off()

このように指定すると、ワーキングディレクトリにファイルが保存されます。
ただこれだけだと、意味不明なグラフですから、もう少しサンプル名、Y軸等を記入して使えるグラフにしてみましょう。また外れ値の表示である丸もあると、いろいろ突っ込まれそうですから消してみましょう！

＃ボックスプロット生成 y軸のレンジ（ylim=c(0,40)）、外れ値を消す（outline=F）、色指定（col=c("Blue", "Red", "Green")）、サンプル名名指定（names=c("control","Treatment1", "Treatment2")), Y軸名指定（ylab="% of CD34+ cells"））

boxplot(a,b,c, ylim=c(0,40),outline=F,col=c("Blue", "Red", "Green"),names=c("control","Treatment1", "Treatment2"),plot=T,ylab="% of CD34+ cells")

するとこんな感じなグラフになるでしょうか？


保存は同様に

#png ファイル生成

png(filename="example2.png")

boxplot(a,b,c, ylim=c(0,40),outline=F,col=c("Blue", "Red", "Green"),names=c("control","Treatment1", "Treatment2"),plot=T,ylab="% of CD34+ cells")

dev.off()

png以外にも、pdf, jpeg,bmpなどのファイルでの保存が可能であり詳しくはQuick Rのサイトを参照していただければ良いです。例えばpdfでの保存は次のようになります。

#pdfファイル生成

pdf("example2.pdf")

boxplot(a,b,c, ylim=c(0,40),outline=F,col=c("Blue", "Red", "Green"),names=c("control","Treatment1", "Treatment2"),plot=T,ylab="% of CD34+ cells")

dev.off()