アラフォーからのハーバード留学研究編023：意外と簡単ImageJで3次元再構築！！

研究でin vivoイメージングを少しかじっているが、やはりアナログ系人間としてはその解析も荷が重いものである。

初期の予備実験的な段階をようやく抜けることができ、解析してもよさそうなデーターがいくつかでてきた。共同研究者に聞くと解析はフリーソフトのImageJで行っているらしい(*)。


まずはミーティング対策として、Z stack(垂直方向のマルチスライス画像）がいくつかあるので、3次元構築に挑戦してみることとした。

ネットで調べると意外と簡単にできるようだ(**)。
Image JもしくはFiji（ImageJ + Java + Java3D）をインストールした後、

メニューの
「File」→「import」→「image Sequence」（普通はZstackは連番になっている）

その後
「Plugins」→「3D Viewer」

で終わりである。なんと！！こんなことが簡単にできるとは。。

後はImage J 3D Viewerがでてくるので、マウス等で角度を調整。
以下のようにお好みの角度でSnapshotととったり、360℃回転のアニメーションをつくれたりする。

作ったSnapshotやアニメーションは、「File」→「Save As」でTIFFやJPEG、AVIなどに保存できるので、
超簡単である。







ちなみに写真はお試しに、徳島大学のオープンキャンパスの実習資料にある、サンプルCT画像をもとに3次元構築してみた。角度や透明度をいじってみると、結構面白い。

これで一つ発表のネタが作れそうだ。。


(*)インストールは九大 金子邦彦研のサイトが親切である。

(**)これも九大 金子邦彦研のサイトが親切である。