物質構造表示ツール一覧改2

ご訪問ありがとうございます。


「物質構造表示ツール一覧改」を見直しました。

新ＰＣに移ったのを機会に、計算化学系アプリの必要性を精査し、
若干の最新情報を追加しました。
（インストールは、基本的には、VM の Windows XP だが、
　Linux 系アプリは、VM の Ubuntu 8.04 です。）


ツール名(とそのサイトURL)に、ほんの「一言」を加え、
それについて書いた元記事もリンクしておきます。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊
ツール名　：　一言
　　　　　　・・・・・・・・・・　記載した記事
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
モデリング・構造最適化・その他：

Ascalaph Quantum　：　英語。構造作成・最適化(スイート)
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　・・・サイトURL変わっている。展開するだけ。
　　　　　mol、XYZ、PDB、hin
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Ascalaph Quantum」

Oscail　：　英語。構造作成・最適化(スイート)・・・インストール後リブート要。
　　　　　構造作成。MOPAC包含。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Oscail、Moilin って？」

SCIGRESS MO Compact　：　構造作成・最適化(スイート)　WinMOPAC から改名
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　・・・体験版(期限有、機能制限無)
　　　　　PDB、car、mop(固有：MOPAC相当包含)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「SCIGRESS MO Compact」

Facio　：　構造作成・最適化(スイート)・・・展開するだけ。
　　　　　mol、XYZ、PDB、CIF(限定)、MOPAC入出力、GAMESS入出力。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

Winmostar　：　構造作成・最適化(スイート)
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(限定)、多数、MOPAC入出力、GAMESS入出力。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Winmostar これ１本！」

MOPAC 2009　：　構造最適化計算ツール(半経験的ＭＯ)・・・展開しキー登録。
　　　　　固有入出力形式。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「MOPAC 2009 導入」

Firefly　：　構造最適化計算ツール(非経験的ＭＯ)
　　　　　　　　　　　　　　　　・・・PC GAMESS から名前変更。(インストール予定)
　　　　　固有入出力形式。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PC GAMESS を導入しました。」



構造ビューア：

RasTop　：　英語。ビューア・・・展開するだけ。
　　　　　PDB、CIF(基本構造のみ)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Rasmol なら RasTop かナ？」

Mercury　：　英語。ビューア　有償：機能制限体験版
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

VESTA　：　結晶構造ビューア・・・展開するだけ。
　　　　　mol、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

Materials Studio　：　英語。構造作成・ビューア＋α・・・V5には体験版無し？
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(完全)、多数。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」



Web ブラウザに組み込む／サイトで使用：

ICSD_Jmol ： 英語。ICSDが使っているビューア・・・下記Jmol で使える。
　　　　　mol、CIF(完全)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールどれそれ」

Jmol　：　英語。ビューア・・・ChemSpiderで検索後表示するときに自動インストール。
　　　　　mol、PDB、CIF(基本構造のみ)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

JME Molecular Editor　：　英語。２Ｄ構造エディタ・・・サイトで使用。
　　　　　エディット。出力として、SMILES、mol
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ＪＭＥエディタ？」

CORINA　：　２Ｄ構造３Ｄ化・・・サイトで使用。
　　　　　SMILES
　　　　　　・・・・・・・・・・　「２Ｄ表記を３Ｄ構造化」



Linux系マシン用：

CP2K　：　構造最適化計算ツール(非経験的ＭＤ)・・・g95 でコンパイル・リンクする。
　　　　　固有入出力形式。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「“とある”ソフト：CP2K」

Zeobuilder　：　英語。ビューア
　　　　　XYZ、PDB、zml(固有)・・・(インストール予定)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Zeobuilder 導入：再挑戦」



プログラミング用？・・・(未導入)

PerlMol　：　計算化学用 Perl モジュール
　　　　　各種：形式変換。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PerlMol」

Open Babel　：　構造データ形式変換ツール
　　　　　各種：形式変換。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「OpenBabel for Win GUI」



その他：

Symyx Draw　：　英語。２Ｄ構造エディタ（Isis Draw の後継）・・・Windows アプリ
　　　　　mol、SMILES、skc(固有)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Symyx Draw 導入」

POVRAY　：　英語。描画ツール・・・汎用の画像エディタ・・・インストールしない
　　　　　－－－ 画像
　　　　　　・・・・・・・・・・　「POV-Ray って、なに？」



要らない？・・・新ＰＣには導入しない

Pc3D　：　英語。ビューア・・・対応ファイル形式が固有。
　　　　　XYZ、pc3d(固有)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PubChem PC3D ビューア」

PyMOL　：　英語。ビューア・・・RasMol が良い。
　　　　　PDB
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PyMOL って、どうかな ？」

RasMol　：　英語。ビューア・・・Rastop が良い。
　　　　　mol、PDB、CIF(基本構造のみ)、MOPAC形式
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Chime、Rasmol は老舗？」

Chime　：　英語。ビューア・・・Jmol で十分。
　　　　　mol、PDB
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Chime、Rasmol は老舗？」

PCW　：　英語。結晶構造ビューア・・・結晶データ解析用。
　　　　　cell(固有)、txt(ICSD)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PCW って、なに？」

Diamond　：　英語。結晶構造ビューア　有償：機能制限体験・・・データ保存不可。
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールどれそれ」



消滅？・・・見つけられなかった。

Molekel　：　英語。ビューア
　　　　　mol、XYZ、PDB、car、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールどれそれ」

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何かの参考になるようでしたら、嬉しいです。　 　　　　　



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