物質構造表示ツール一覧改

ご訪問ありがとうございます。


「物質構造表示ツール一覧」を若干加筆しました。

当該ツールの入力ファイル形式は何か？ に対して、
「物質ＤＢサイト一覧改」から得られる形式を中心にして、情報を追記しました。

ツール名(とそのサイト)に、ほんの「一言」を加え、
それについて書いた記事もリンクしておきます。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　＜順不同＞
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ツール名　：　一言
　　　　　　・・・・・・・・・・　記載した記事
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Zeobuilder　：　英語。ビューア
　　　　　XYZ、PDB、zml(固有)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Zeobuilder 導入：再挑戦」

Pc3D　：　英語。ビューア
　　　　　XYZ、pc3d(固有)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PubChem PC3D ビューア」

PyMOL　：　英語。ビューア
　　　　　PDB
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PyMOL って、どうかな ？」

RasTop　：　英語。ビューア
　　　　　PDB、CIF(基本構造のみ)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Rasmol なら RasTop かナ？」

RasMol　：　英語。ビューア
　　　　　mol、PDB、CIF(基本構造のみ)、MOPAC形式
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Chime、Rasmol は老舗？」

Chime　：　英語。ビューア
　　　　　mol、PDB
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Chime、Rasmol は老舗？」

PCW　：　英語。結晶構造ビューア
　　　　　cell(固有)、txt(ICSD)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PCW って、なに？」

POVRAY　：　英語。描画ツール
　　　　　－－－ 画像
　　　　　　・・・・・・・・・・　「POV-Ray って、なに？」

ICSD_Jmol ： 英語。ICSDが使っているビューア
　　　　　mol、CIF(完全)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールどれそれ」

Molekel　：　英語。ビューア
　　　　　mol、XYZ、PDB、car、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールどれそれ」

Diamond　：　英語。結晶構造ビューア　有償：機能制限体験
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールどれそれ」

Mercury　：　英語。ビューア　有償：機能制限体験
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

VESTA　：　結晶構造ビューア
　　　　　mol、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

Jmol　：　英語。ビューア
　　　　　mol、PDB、CIF(基本構造のみ)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

Ascalaph Quantum　：　英語。構造作成・最適化(スイート)
　　　　　mol、XYZ、PDB、hin
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Ascalaph Quantum」

Oscail　：　英語。構造作成・最適化(スイート)
　　　　　構造作成。MOPAC包含。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Oscail、Moilin って？」

SCIGRESS MO Compact　：　構造作成・最適化(スイート)　WinMOPAC から改名
　　　　　PDB、car、mop(固有：MOPAC相当包含)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「SCIGRESS MO Compact」

Facio　：　構造作成・最適化(スイート)
　　　　　mol、XYZ、PDB、CIF(限定)、MOPAC入出力、GAMESS入出力。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

Winmostar　：　構造作成・最適化(スイート)
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(限定)、多数、MOPAC入出力、GAMESS入出力。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Winmostar これ１本！」

Materials Studio　：　英語。構造作成・ビューア＋α　有償：期間限定体験
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(完全)、多数。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

MOPAC 2009　：　構造最適化計算ツール(半経験的ＭＯ)
　　　　　固有入出力形式。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「MOPAC 2009 導入」

PC GAMESS/Firefly　：　構造最適化計算ツール(非経験的ＭＯ)
　　　　　固有入出力形式。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PC GAMESS を導入しました。」

CP2K　：　構造最適化計算ツール(非経験的ＭＤ)
　　　　　固有入出力形式。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「“とある”ソフト：CP2K」

JME Molecular Editor　：　英語。２Ｄ構造エディタ
　　　　　エディット。出力として、SMILES、mol
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ＪＭＥエディタ？」

Symyx Draw　：　英語。２Ｄ構造エディタ（Isis Draw の後継）
　　　　　mol、SMILES、skc(固有)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Symyx Draw 導入」

CORINA　：　２Ｄ構造３Ｄ化
　　　　　SMILES
　　　　　　・・・・・・・・・・　「２Ｄ表記を３Ｄ構造化」

PerlMol　：　計算化学用 Perl モジュール
　　　　　各種：形式変換。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PerlMol」

Open Babel　：　構造データ形式変換ツール
　　　　　各種：形式変換。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「OpenBabel for Win GUI」

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何かの参考になるようでしたら、嬉しいです。　 　　　　　



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