AB vs C

ご訪問ありがとうございます。


言語、と云うか、コンパイラ、と云うか、・・・・・

AB とは、＜紙＞の常用(？)言語であった、Active BASIC のことです。
ですが、「x64アプリ開発は Ｃで？」が、未だ、C 言語に移り切れていないので、
現状では AB も使っています。

C とは、＜紙＞にとっては、gcc のことです。
但し、正確に云うと、
GCC＝GNU Compiler Collection（グニューコンパイラコレクション）は、
　　　GNUのコンパイラ群である。
　　標準パッケージにはC、C++、Objective-C、Objective-C++、FORTRAN、Java及び
　　Adaのコンパイラ並びにこれらのライブラリが含まれている。
なのですね。
　　当初はCコンパイラとして開発され、GCCは GNU C Compiler を意味していた。
　　しかし、もともと多言語を想定して設計されており、 GNU C Compiler と
　　呼ばれていたときでも多くの言語をサポートしていた。
　　現在でも GNU C Compiler の意味で「GCC」と呼ぶことも多い
　（ちなみに GNU C Compiler の実行ファイルの名称もgccである）。
こちらの意味で使っています。
そして、メインが Windows なので、MinGW のことです。
　　MinGW, a contraction of "Minimalist GNU for Windows", is a port of
　　the GNU Compiler Collection (GCC), and GNU Binutils,
　　for use in the development of native Microsoft Windows applications.
これは、ネイティブな Microsoft Windows アプリケーション 開発用に、
GCC のコンパイラを移植したものですね。


前置きが長くなりましたが、
以前 AB で作ったプログラムを、勉強の一環として、gcc で書き直して見たところ、
相当速いことに驚きました。

処理内容は、非常に単純なものです。
足し算・割り算を篦棒な回数実行するというものです。

使っている変数は、32ビット整数のみ。
足し算・割り算を数十万回～約１千万回行うのを１繰り返しとして、
数千～数十万繰り返しを行うもの。

最近は、＜紙＞の新ＰＣと殆ど同じマシンを使って実行しています。
１時間～５０時間掛かります。

この AB で作ったプログラムを、
ほぼ、右から左に、gcc で書き直して、（変数は、int 型のみ）
MinGW（32ビット版）でコンパイルし、
同じマシンで実行させたところです。

なんと、20分～15時間くらいと、
2.5～4 分の１の時間で終わりました。
約３倍速！
オブジェクト効率が違う！

64ビット化は、本当に巨大データ処理で必要ですが、
当面は、32ビット版gccで行ける。
時間短縮目的で、AB から gcc への移行が望まれる？
最近停滞している、C言語(gcc)の勉強を加速しなくては。

何かの参考になる方がいらっしゃいましたら、幸いです。　 　　　



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書庫を IE でダウンロード？

ご訪問ありがとうございます。


「VM-Linux：CP2K 導入」などに関係する話しです。

計算化学系に限らず、有用な(？)ソフトは、Linux 系に多い。
そして、大抵は、「cp2k.tar.gz」などのように圧縮されている。
（「LAPACK」は、幸い「LAPACK-3.2.1.tgz」でした。）

このような「・・・.tar.gz」なるファイルを、
ホスト側(Windows)でダウンロードしたりする場合。
（andLinux などの場合はそうかな？）
Web ブラウザが、高名な(？)IE だったら。どうなる？

ご丁寧ね、「・・・.tar.tar」にして頂けます。
良いですね。ダウンロード時に変換してくれる。

いや～、余計なお世話です。
違うものにされちゃいます。

ネイティブな Linux マシン(実機でもVMでも)なら
(少なくとも、Ubuntu なら)、Firefox ですから安心です。

＜紙＞は、基本は、Windows マシンでも Firefox なのです。

まあ、Linux 系ソフトを扱う人は、IE なんぞに頼らず、
その他の便利なインターネットブラウザをお使いでしょうが、
念のため、(自分でも忘れかけていた(汗；)
ここに、書きとどめておきます。　　　　　　　　　　



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VM-XP：メモリ不足

ご訪問ありがとうございます。


「新PC：VM-XP設定」以降、
「物質構造表示ツール一覧改2」にある通り、

計算化学系ソフトを順次導入しました。

「Winmostar」を導入し、「MOPAC2009」導入＆パス設定。
「Oscail/Moilin」、「Ascalaph」など
と構造計算系ソフト。

化学物質構造の表示系では、
「Jmol」「RasTop」「VESTA」「Mercury」等々。

ここで、仮想マシンのメモリ設定でドジをしていました。

VMware で新規マシンを作るとき、Windows XP だと、
デフォルトでは 512MB になりますが、
一部は、716MB に拡大していました。

でも、メモリは実機だろうと VM だろうと、大事でしたですね。


「Ascalaph」の確認テストで、
以前行った、
「C」炭素１原子での CP2K によるエネルギー計算が、
20分過ぎても終わらない。
どうも IO のみで、CPU を使っていないようだ。
考えてみれば、メモリ 512MB ではスワップファイルの IO 多発ですね。

22分で打ち切って、マシンをシャットダウンし、
メモリを 2GB に変えて立ち上げ。
再実行したところ、6分30秒で終わりました。
Pentium4HT(3.20GHz：640)実機XP 上では、17分。
今回は、Core i7 2.80GHz：860 実機上の仮想マシン VM-XP。

単純比較で2.6倍速。
オーバヘッドを考慮すると、やはり約３倍速でしょうか？

マシン性能の３大要素：CPU、メモリ、HDD
実機では、いずれも十分。
だが、仮想マシンでメモリ設定を忘れていました。
呆けていました。

今後作る場合は、2GB以上(最低でも1GB)は確保しなければ。
使用可能メモリは十分なのだから。
ホストに3GB(64ビットＯＳだから、最低2GB)を割り当てて、
残りをVM マシン群に割り当てる。

と云うことで、ドジな失敗談でした。　 　　　



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物質構造表示ツール一覧改2

ご訪問ありがとうございます。


「物質構造表示ツール一覧改」を見直しました。

新ＰＣに移ったのを機会に、計算化学系アプリの必要性を精査し、
若干の最新情報を追加しました。
（インストールは、基本的には、VM の Windows XP だが、
　Linux 系アプリは、VM の Ubuntu 8.04 です。）


ツール名(とそのサイトURL)に、ほんの「一言」を加え、
それについて書いた元記事もリンクしておきます。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊
ツール名　：　一言
　　　　　　・・・・・・・・・・　記載した記事
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
モデリング・構造最適化・その他：

Ascalaph Quantum　：　英語。構造作成・最適化(スイート)
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　・・・サイトURL変わっている。展開するだけ。
　　　　　mol、XYZ、PDB、hin
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Ascalaph Quantum」

Oscail　：　英語。構造作成・最適化(スイート)・・・インストール後リブート要。
　　　　　構造作成。MOPAC包含。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Oscail、Moilin って？」

SCIGRESS MO Compact　：　構造作成・最適化(スイート)　WinMOPAC から改名
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　・・・体験版(期限有、機能制限無)
　　　　　PDB、car、mop(固有：MOPAC相当包含)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「SCIGRESS MO Compact」

Facio　：　構造作成・最適化(スイート)・・・展開するだけ。
　　　　　mol、XYZ、PDB、CIF(限定)、MOPAC入出力、GAMESS入出力。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

Winmostar　：　構造作成・最適化(スイート)
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(限定)、多数、MOPAC入出力、GAMESS入出力。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Winmostar これ１本！」

MOPAC 2009　：　構造最適化計算ツール(半経験的ＭＯ)・・・展開しキー登録。
　　　　　固有入出力形式。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「MOPAC 2009 導入」

Firefly　：　構造最適化計算ツール(非経験的ＭＯ)
　　　　　　　　　　　　　　　　・・・PC GAMESS から名前変更。(インストール予定)
　　　　　固有入出力形式。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PC GAMESS を導入しました。」



構造ビューア：

RasTop　：　英語。ビューア・・・展開するだけ。
　　　　　PDB、CIF(基本構造のみ)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Rasmol なら RasTop かナ？」

Mercury　：　英語。ビューア　有償：機能制限体験版
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

VESTA　：　結晶構造ビューア・・・展開するだけ。
　　　　　mol、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

Materials Studio　：　英語。構造作成・ビューア＋α・・・V5には体験版無し？
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(完全)、多数。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」



Web ブラウザに組み込む／サイトで使用：

ICSD_Jmol ： 英語。ICSDが使っているビューア・・・下記Jmol で使える。
　　　　　mol、CIF(完全)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールどれそれ」

Jmol　：　英語。ビューア・・・ChemSpiderで検索後表示するときに自動インストール。
　　　　　mol、PDB、CIF(基本構造のみ)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールあれこれ」

JME Molecular Editor　：　英語。２Ｄ構造エディタ・・・サイトで使用。
　　　　　エディット。出力として、SMILES、mol
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ＪＭＥエディタ？」

CORINA　：　２Ｄ構造３Ｄ化・・・サイトで使用。
　　　　　SMILES
　　　　　　・・・・・・・・・・　「２Ｄ表記を３Ｄ構造化」



Linux系マシン用：

CP2K　：　構造最適化計算ツール(非経験的ＭＤ)・・・g95 でコンパイル・リンクする。
　　　　　固有入出力形式。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「“とある”ソフト：CP2K」

Zeobuilder　：　英語。ビューア
　　　　　XYZ、PDB、zml(固有)・・・(インストール予定)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Zeobuilder 導入：再挑戦」



プログラミング用？・・・(未導入)

PerlMol　：　計算化学用 Perl モジュール
　　　　　各種：形式変換。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PerlMol」

Open Babel　：　構造データ形式変換ツール
　　　　　各種：形式変換。
　　　　　　・・・・・・・・・・　「OpenBabel for Win GUI」



その他：

Symyx Draw　：　英語。２Ｄ構造エディタ（Isis Draw の後継）・・・Windows アプリ
　　　　　mol、SMILES、skc(固有)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Symyx Draw 導入」

POVRAY　：　英語。描画ツール・・・汎用の画像エディタ・・・インストールしない
　　　　　－－－ 画像
　　　　　　・・・・・・・・・・　「POV-Ray って、なに？」



要らない？・・・新ＰＣには導入しない

Pc3D　：　英語。ビューア・・・対応ファイル形式が固有。
　　　　　XYZ、pc3d(固有)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PubChem PC3D ビューア」

PyMOL　：　英語。ビューア・・・RasMol が良い。
　　　　　PDB
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PyMOL って、どうかな ？」

RasMol　：　英語。ビューア・・・Rastop が良い。
　　　　　mol、PDB、CIF(基本構造のみ)、MOPAC形式
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Chime、Rasmol は老舗？」

Chime　：　英語。ビューア・・・Jmol で十分。
　　　　　mol、PDB
　　　　　　・・・・・・・・・・　「Chime、Rasmol は老舗？」

PCW　：　英語。結晶構造ビューア・・・結晶データ解析用。
　　　　　cell(固有)、txt(ICSD)
　　　　　　・・・・・・・・・・　「PCW って、なに？」

Diamond　：　英語。結晶構造ビューア　有償：機能制限体験・・・データ保存不可。
　　　　　mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールどれそれ」



消滅？・・・見つけられなかった。

Molekel　：　英語。ビューア
　　　　　mol、XYZ、PDB、car、多数
　　　　　　・・・・・・・・・・　「ツールどれそれ」

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

何かの参考になるようでしたら、嬉しいです。　 　　　　　



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今日：4月25日 で22ヶ月

ご訪問ありがとうございます。


今日は、「友引」です。

「昨日は、特別の日？」から１ヶ月が経過しました。
今日で、ブログを始めてから２２ヶ月経ちました。

ちょうど１ヶ月前に、新ＰＣが届きました。
前回記事の前日でした。

　　それについては、次回としまして、・・・・・
と書きました。

ですから、この１ヶ月のトピックスは、
この新ＰＣへの移行です。
＜紙＞にとって、従前マシンはＨ17年12月 自作のもので、
久々(４年以上経過)のマシン更改。
今度は通販ショップ製品です。
CPU も、メモリも、HDD も全て３倍以上(かな？)
グラフィックスボードはショボイものですが。


そして、もう一つ。
blogramの、カテゴリマイスターですね。



と云うことで、定例(？)の 最近の状況についてまとめます。
これが、４８８件目の記事。



＜閲覧履歴機能＞

１．「gooあしあと」

「友達」は、先月と変わらず４名です。
２６人の方に「注目」されています(先月より１名増)。

「アクセス数」
３月１１日あたりを境にして、大幅に減少し、
復旧したかに見えた？が、未だに、デタラメな動きをしています。

昨日の分も、リストでは１０８名あるのに、
「公開あしあと」ページの「あしあとサマリー」では、４名！！！

当てにならない状況が続いています。


２．「あし＠」

こちらは、システムが変更になったあと、大幅な落ち込み？
単にあしあとが付かないだけ？と思いますが？？？

「あしとも」は、１名減で１名となりました。
「読者」には、１２６名載っています(先月より３名増で３名減)。

「アクセスランキング」では１つ落ちました。
「読者ランキング」は変わらず。



＜「gooブログ」標準アクセス＞

日当たりアクセス数：１２９８ＰＶ(先月より１４減)。
　　　ＩＰベースでは、４４２ＩＰ(先月より　７減)。



ＩＰベースの内訳で見ると、
gooアクセス(４４２)＝gooあしあと(６１)＋あし＠(２７)＋一般(３５４)
と云う状況でしょうか。(「gooあしあと」と「あし＠」に重複がありますが・・・)
先月から、「gooあしあと」は 20 ほど増え、「あし＠」は 40 ほど減った。
一方で、一般が 20 ほど増えた。

これは、
「gooあしあと」は、直りかけていると見るべき？
「あし＠」は、ますますアトが付かない状態？

因みに
　３月は、４４９＝　４４＋　６８＋３３７
　２月は、５９３＝１８１＋２２２＋１９０
　１月は、６３７＝２１６＋２２６＋１９５
１２月は、５６６＝２１９＋２０９＋１３８
１１月は、５４４＝２０９＋１９９＋１３６
１０月は、５５３＝２０５＋２２９＋１１９

と云うことは、
合計・・・・・・・この辺で安定化？
gooあしあと・・・回復のきざし？
あし＠・・・・・・ますます付かなくなった？
一般・・・・・・・あし＠分が回っている？
と云ったところでしょうか？

「gooあしあと」「あし＠」はイマイチ状態です。
これからは、「blogram」に注目しようかな。　　　　　　



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