部活：Winmostar これ１本！

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「部活：ツールあれこれ」で、「分子構造を表示するツール」をいろいろ調べましたが、
構造を作る(モデリングする)ツールとして見た場合、Facio より Winmostar が
＜紙＞には合っているかなと思いました。


Winmostar で出来ることは、
モデリング：
　Facio では直接編集出来ない、結合無しの１原子の追加ができる。
　(Facio では、２つのファイルを読み込むことでできるが。)
分子軌道法エンジン：
　MOPAC を内蔵している。
入力ファイル：
　PDB、MDL、XYZ、CIF、その他多数の形式に対応しており、
　MOPAC のEF、TS、FORCE、IRC 計算結果も読み込める。
出力ファイル
　CIF 以外の、PDB、MDL、XYZ、その他多数の形式に対応しており、
　MOPAC の入力形式でも出力できる。
テキストエディタも内蔵している。

それで、「部活：MOPAC の勉強」で書いた、
s2k さんのサイト「Sn2 Reaction」にある「反応機構解析」の通り、
Winmostar １本で、少し内蔵エディタを使えば出来る。

「部活：なんとか出来ました。」の手順では、
「SADDLE」の部分だけ外部のエディタを使うことになるが、
あとは、「Winmostar」１本で行える。


これで、「部活：修行中」で書いた、
Perl でプログラミングすることはヤメにして、
Winmostar を使いこなせるように、修行し直します。

頑張ります。　　

と云うことで、化学部 部活２０日目終了です。　　



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