２００９年も今日限り

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2009年も今日限りとなりました。

約250IPアクセスで始まった今年(ブログ２年目)は、
2.2倍の約550IPアクセスに達するまでになりました。
誠に、有り難う御座いました。

昨年、ふとしたことから始めた“＜紙＞さんＬＯＧ”も
無事に今年を終えられるようです。

この１年で、２５２件の記事、ほぼ週休２日です。

新たな言語：Perl を覚え、Linux に近づき、
そして、計算化学の扉を開けました。

来る2010年は、
VMware Player を活用して Ubuntu マシンを使いたい。
新しい(高速な)実機も欲しい。
計算化学の知識も深めたい。
・・・・・

やりたいことが、・・・・・


この１年、まことにありがとうございました。

来る年も、どうぞよろしくお願い申し上げます。
みなさまも、よいお年を！　　　 　　　



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２Ｄ表記を３Ｄ構造化２

ご訪問ありがとうございます。


以前、無料で ２Ｄ表記を３Ｄ構造化 する方法を見つけました。

「CORINA」(無料の Web DEMO 版)は、
“SMILES”表記文字列を３Ｄ構造化して「Jmol」表示してくれる。


今回見つけた方法は、無料では無いので、無駄だとは思いますが、
一法なので、纏めておきます。


　　　　　以下に出てくるツールは、ここにまとめています。
　　　　　右の「ブックマーク」にもあります：「物質構造表示ツール一覧」


「Materials Studio」は、「Symyx Draw」の固有形式“.skc”ファイルが読み込める！

そこで、「Symyx Draw」を使って、
いい加減に、「CH4」を描いてみました。
メタン(methane：「沼気」しょうき ですね。)

先ず、C を１つに、H を４つ、(適当に)配置する。


それらを結合線で結ぶ。


そして、(CH4.skc として)保存する。


これを、「Materials Studio」で読み込んで、３Ｄ構造化する。

先ず、読み込むと、平面構造で見える。


緑色丸で示す、「Clean」アイコンをクリックする。


すると、１回目は小さくなったように見える。これは原子間距離を正している？

もう一回アイコンをクリックすると、ちゃんと(？)３Ｄ構造化されている。


回転してみました。

全体として、正四面体(正三角錐)になっていますネ。

結果の構造は、各種ファイル形式で保存出来る。


以上が、２Ｄで表現した構造を３Ｄ構造化する方法でした。
なお、「Symyx Draw」で普通に(？)「.mol」でセーブしても良いですが。


でも、こんなコトするくらいなら、・・・・・

初めから、(無料の)「Winmostar」を使って、
３Ｄ構造エディタで作れば、早いですね？！？！？！

と云うことで、今日(今年)の 部活動 は終了です。　 　　　



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Zeobuilder 再々挑戦

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しつこく、Zeobuilder 導入の話しです。

「Zeobuilder 導入：再挑戦」は、Ubuntu 8.04 に、
「Ubuntu 8.04 LTS (hardy heron)：InstallationGuide/UbuntuHardy」
の手順でやってＯＫでした。

Ubuntu 9.10 もあるので、こっちに入れてみて、ＯＫなら、8.04 は要らない？

andLinux への導入で失敗しているので、
先ずは別の Ubuntu 9.10 で試してみました。

「Zeobuilder」の“Installation”にある「Zeobuilder/Installation Guide」には、
「Unubtu Linux 8.10 : InstallationGuide/UbuntuIntrepid」が一番新しい。

これで、やってみました。－－－ 出来るかな？？？

手順としては、
「Zeobuilder 導入：再挑戦」の場合と見た目の違いはありません。

「wget」を1+2=３回と「apt-get」を1+1=２回実行しました。
大した時間は掛かりませんでした。


で、結果は？？？

andLinux の場合と同じ結果！！！　つまり、失敗でした。


知らない事をやるのなら、バージョンなんかもきちんと合わせないと、
正しく行っている事にはなりませんね。

Ubuntu 9.10 上で Zeobuilder を動かせるかは、来年に持ち越しダ。

まだまだ Linux の修行が足りない！　　　　　　



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今年のトピック：下半期

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「今年のトピック：上半期」に続いて、
下半期のブログ記事からトピックを選んでみました。
１３３件からです。


７月
　　　XP で Ubuntu ： coLinux
　　　　　Linux に１歩近づいた？　いや、導入失敗！

　　　coLinux＋Ubuntu＋Ｘ＝andLinux　で、andLinux：初期？ 設定
　　　　　Linux に近づいた？

　　　Perl で Web アクセス３
　　　　　Perl の勉強が進んだ？

８月
　　　MOPAC 2009 導入　で、PM6法
　　　　　計算化学：「半経験的分子軌道法」ソフトの最高峰？

　　　＜紙＞の常用(？)言語
　　　　　“Perl”、“ActiveBASIC”、“Mathematica”です。

９月
　　　原子単位系(atomic units)
　　　　　物理の世界？？？

　　　１,０００位の壁に張り付いた！
　　　　　念願の？？？

１０月
　　　結晶格子の座標変換２
　　　　　やはり、プログラミングから抜けきれない？

　　　PictBear 導入
　　　　　初めての、本格的画像エディタ？？？

１１月
　　　改訂版ＩＣＳＤ
　　　　　３０日間使用できるDEMOアカウントを頂きました。

　　　自己記録更新：６００ＩＰ
　　　　　ここまで来た！

　　　実験 ： ７ on ＸＰ ？？？
　　　　　Windows 7 が出ましたね。

　　　Windows 7 インストール２
　　　　　実機に入れてみました。　ついに？ＸＰ on ７ まで。


１２月
　　　VMware Player V3 導入
　　　　　待ちに待った(？)無料の、仮想ＰＣ構築ツール。

　　　Linux(Ubuntu) on XP
　　　　　ついに、Linux も常用か？？？

と云ったようなところでしょうか？　　 　　　



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今年のトピック：上半期

ご訪問ありがとうございます。

今年もあとわずか。
１年を振り返って、ブログ記事からトピックを選んでみました。
先ずは、上半期分の１１４件からです。


１月
　　　初めてです　３００ＩＰ越え
　　　　　やはり、数が増えることは嬉しいことです。

　　　初めてです２　３５０ＩＰ越え
　　　　　さらに、増えました。

２月
　　　仮想 高校 化学部 部活 ？
　　　　　なぜか、化学(特に計算化学)に興味が湧きました。

　　　結局 Perl になりました。：元は、Perl の勉強始めました
　　　　　新たに、言語を習得(？)しました。

３月
　　　部活：ツールあれこれ、部活：ツールどれそれ
　　　　　分子構造表示ツールを漁っています。

　　　自己ベスト更新：４００ＩＰ越え！
　　　　　さらに、アクセスが増えました。

　　　嬉しい！　１０万ＰＶ達成
　　　　　ＰＶベースでも。

　　　部活：MOPAC の勉強
　　　　　本格的に(？)、計算化学の世界に入っていきました。

４月
　　　部活：PC GAMESS の勉強
　　　　　さすがに、「非経験的分子軌道法」は無理があります。

　　　ＥＴＣが付きました。
　　　　　車の話し。世間から遅れている？？？

５月
　　　自己ベスト更新：４５０ＩＰ越え！
　　　　　またまた、アクセス数増加。

　　　WinMOPAC が付いていた
　　　　　国内大手メーカ製。でも古いもの。まとめてある本を買った。

　　　Windows で FORTRAN
　　　　　３０年振りに触って見ました。

６月
　　　Cygwin のインストール
　　　　　Linux に近づけない人間？

　　　５００ＩＰの大台！
　　　　　大台に乗った？？？

　　　SCIGRESS MO Compact
　　　　　WinMOPAC の最新版。１ヶ月使わせて頂きました。

と云ったようなところでしょうか？　　 　　　



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