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西東京市・北海道富良野の森林を舞台にした遺伝,育種,生態などに関する研究ノートの一部を紹介します

二項分布な一日

2006-09-15 | 研究ノート
・快晴.芦別岳がくっきり見える.とてもすがすがしい一日なのだが,そういうときに限って室内作業である.先日からの焼松峠論文は結果まで修正終わり.それこそ,ようやく峠を越したか・・・.

・論文チェック依頼が2件.充実率,発芽率,発病率,生存率といずれも二項分布のデータがずらり.サイズとの関係を見たり,スタンド間の比較をしたり,と全てRのglmのbinomial, logitで片付けてしまう.それにしても,あまり分かっていない当方がこんな相談に乗っていていいんだろうか・・・と今更ながら不安にもなる.しかし,結果自体はリーズナブルなので,たぶん合っているのであろう(と自分に言い聞かせる).とにかく,立て続けに試しているうちに,glmの命令文をすっかり覚えてしまう.

・問題は,この結果をR初心者(そういうこちらも初心者だけど)の2人にどう伝えるかだ,と思っているうちに,命令も結果もそのままコピーしてメール本文に貼り付けて,後から解説をちょこちょこ加えるという荒技を思いつく.とても長いメールだが,添付ファイルじゃないのでスイスイ送ることができる.先方でも,そのままRにコピーして動かすことができたようで,なかなか悪くない.

・午後から,もう一つの書きかけ論文の修正に取り組む.久しぶりの育種ネタで,品種の血縁関係や起源をマイクロサテライトで推定しようというもの.考察では,品種の起源探しや枝変わりの話なども登場し,なかなか楽しい(と勝手に思っている)論文である.既に第一弾(この第一弾の前に様々な伏線があるわけですが・・・)に対する共著者からのコメントを頂いており,それをもとに修正作業.

・まず「イントロが長すぎ」とのことだが,久しぶりに眺めてみると,たしかに無用な文章があちこちに見られて本当に長い.読む人は大変だっただろうな,と反省.そういえば,久しぶりの育種ネタが嬉しかったか,盛り上がった状態のままイントロを書いたらしき記憶が・・・.不必要に長い引用も削ると,2ページ以内にちゃんと納まる.

・考察についても,「引用と結果がぐちゃぐちゃになっていて分かりにくい」との指摘を頂いたパラグラフを見てみる.引用文献の内容を細かく書くのはいいんだけど,たしかに結果との関係が見えにくく,そしてやはり無用に長い.引用文献もエッセンスを抽出し,変な部分はごっそり削る.それにしても,論文は寝かせておくと,粗が見えてきますなあ.的確なコメントに感謝しつつ,プリントアウトして赤ペン作業へと進む.

光合成のエキスパート

2006-09-15 | 研究ノート
・PDのDさん(出身はカナダ)とともに,北海道大学のKさんの研究室を訪ねる.Dさんは針葉樹の光合成測定を始めているのだが,富良野にはこの分野のエキスパートがいないので,研究手法,使用機器,方向性などに関してアドバイスを頂こうというわけである.電車の中でラーメンの話で盛り上がり,なぜか旭川のラーメン屋をカナダ人に勧められてしまうという不思議なことに・・・.しょうゆラーメンが好きらしいが,とんこつはインスタントしか経験がないとのこと.「それはいかん!」というわけで,半ば強引に札幌駅のヨドバシカメラ横の博多ラーメン屋「ばりきや」に連れて行く.

・席に着く前にチケットを購入すること,「麺の固さはどうしますか?」と言われたら「Katamede(固めで)」と答えることや,[Kaedama(替え玉)」のルールなど,細かい流儀をレクチャーする.本当は新規開拓をせねばならんところだが,札幌におけるラーメンはいつもこの「ばりきや」である.

・本日は,どちらかというと引率がメインのお仕事,のはずなのだが,北大の構内は広大かつ迷路のようでいきなり迷い,早速,最大のお仕事をしくじってしまうことに・・・.なぜか,理学部の教務課の手を煩わせつつ,どうにかこうにか研究室にたどり着く.

・Kさんは,エネルギッシュかつハートフルな研究者であった.用意しておいた質問に対して膨大な引用文献を紹介してくれ,どんどん別刷りやコピーを渡してくれるので,最後にはずっしりとした重量になる.それにしても,たくさんの論文を書いている人だと改めて感心.さらには,ロガー関連の業者さんまで紹介してくれ,至れり尽くせりである.

・エネルギッシュなトークに圧倒されつつ,いくつか重要なアドバイスを頂く.また,こちらで検討中になっていた課題について,それは研究としては既にもう終わっているとか,大事だが時間がかかりすぎるので現実的ではないなど,びしっと指導もしていただく.こういう意見は当方が全くの門外漢だけになかなかできなかったものであり,非常にありがたい.

・頂いた情報を整理しつつ,やはりそこは忘れずに「ダンマルク」には寄って帰る.ステラプレイスのエスカレータを降りれば,そこがダンマルクであることを確認.コーンブレッド,胚芽パン,ミニメロンパン,ガーリックフランスなどを購入でき,大いに満足.