完全年俸制と離職証明書

完全年俸制の従業員が離職した場合、離職証明書には、年俸のうち賞与として支払った額も含めて賃金を記載しなければならないのでしょうか？

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その通りです。
離職証明書に記載する賃金は、賃金日額の算定の基礎となります。
賃金日額の算定には、臨時に支払われる賃金と３ヶ月を超える期間ごとに支払われる賃金は含まれませんが、この質問の賞与はこれらには含まれません　

つまり、
年俸額をいくらと定めて、それを支払いの便宜上、たとえば17等分して、17分の12を各月に支払い、残りを賞与という形で支払っている場合、その賞与部分も各月に割り振って、離職証明書に記載する賃金に含めなければなりません。