マイクロサテライトとタイピングエラー

・相変わらず，申請書の締め切りに追われており・・・．ほぼ出来上がったはずなのだが，細かいところでミスがあったりして，妙に時間を食ってしまう．色んな申請書を見ているうちに，何が何だか分からなくなったりして，時折，頭が真っ白になる．

・さて，倒木上のトドマツ実生の親子解析のデータが届いたので，気分を変えてに解析にいそしむ．単純排除の親子解析を行う場合，タイピングエラーは当然ながら致命的である．ということで，まずは怪しげなアレルの抽出をする必要があるわけだ．現在，Iさんから教えていただいた手法を改良し，エクセルのシートでIF文とAND,ORを多用した独自の親子鑑定ファイルを作成している．ヌル遺伝子座の可能性のあるものは，それも考慮できるように・・・とかやっていると，とてつもなく大きなファイルサイズになってしまい，このあたりもRでやりたいところだと思ったりする．落ち着いたら，一度取り組んでみるか・・・．

・今回は7座で解析しているのだが，1座違いで親候補なしに判定されたやつとかは，もう一度確認したいところである．ということで，単純排除法とCERVUSのエラー率1％(デフォルト）の結果を比較するという方法を採用してみた．エラー率を1％にすると，とんでもなく親を無理やりに決めてしまう．しかし，不一致遺伝子座数もチェックできるので便利である．

・今回はマーカーが優秀なので，どちらの結果も非常によく合う．ただし，411のサンプルのうち，9サンプルは妙な結果である．つまり，単純排除では親候補なしと判定されているのだが，CERVUSでは親候補と実生の不一致遺伝子座数が0になっている．よくよく見ると，そのうち2つは実生のアレルの一部に抜けがあったもので，これは矛盾せずに納得できる．しかし，7つは確かに不一致があるのに，それがCERVUSではないことになっている．どういうことかと中身をみると，7座のうち6座しか比較していないのであった．どうして最後の1座を使わなかったのかは不明だが，アレル頻度からしてミスだろうと判定されたのか・・・．うーむ，謎だ．

・しかし，単純排除と比較しながら，一つ一つをチェックしていく方法は効率は悪いが，データの質もよく把握できるという利点はある．マイクロサテライトのタイピングエラーについては既に多数の論文が出ており，代表的な論文は既に読んでいるのだが，その話はまたいつか，ということで・・・．