琵琶湖の推定年齢は400万歳。バイカル湖、カスピ海に次いで古く、タンガニーカ湖と並んで世界で3番目に古い湖と考えられています。湖の寿命はふつう10万年以内であることからも、琵琶湖がいかに古い湖であるかということが分かります。誕生した頃は、今よりもずっと南、現在の三重県伊賀盆地付近にありました。その後、地殻変動などによりゆっくりと北へ移動を始め、約30~40万年にほぼ現在の大きさ、形になったと推測されています。
琵琶湖周辺には、縄文・弥生の昔から人々が暮らしており、湖の底から多くの遺跡が発見されています。