効果量η^2について
効果量に関してはAPAも論文投稿に際して言及することを求めているが、分散分析の場合、偏η^2とη^2の区別が必要。SPSSでは偏η^2を算出するが、その説明はη^2になっている。一般に論文に効果量として付記するならばη^2でもよい。これは各要因のSSを全体のSS(前記SPSSでは修正総和)で割ったもの。簡単な記述統計量であり、r^2に対応する。したがってSPSSに頼る必要はない。計算例については下記参照。推定値ω^2を求める場合も参考に。
偏η^2は、異なる実験計画結果の比較などで使用。これはその要因の平方和を、他の要因の変動(2要因以上の場合には交互作用などもふくむ)を除いた平方和(誤差とその要因の平方和をあわせたもの)で割るもの。したがって、一般にη^2よりも大きな値になるが、対応のない1要因の場合はη^2に一致する。表記はηに下付きでpをつけてη^2と区別する。partial の意。偏η^2やω^2はF値と自由度からも計算できる。APAの論文では偏η^2を使うものが多いようだ。
References
SPSS ときど記(242) 2006/ 7/26
分散分析 偏イータ2乗
http://www.ec.kagawa-u.ac.jp/~hori/spss/tokidoki24.html#242
ERPについてのQ & A
http://home.hiroshima-u.ac.jp/nittono/QA.html#Stat
(2013/10/25 一部加筆)