Rで作図：エラーバー、信頼区間を図に加える

実験結果などを作図する際、エラーバーや信頼区間はarrows() で追加してもよいが、library(gregmisc) 利用する方法もある。

cf. RWiki
エラーバーや信頼区間をグラフに出力

以下，パッケージをインストールして、その使いかたを参照する。
> library(gregmisc)

> example(plotCI)

plotCI> # plot means and
plotCI> data(state)

plotCI> tmp <- split(state.area, state.region)

plotCI> means <- sapply(tmp, mean)

plotCI> stdev <- sqrt(sapply(tmp, var))

plotCI> n <- sapply(tmp,length)

plotCI> ciw <- qt(0.975, n) * stdev / sqrt(n)

plotCI> # plain
plotCI> plotCI(x=means, uiw=ciw)
次の図を見るためには<Return>キーを押して下さい:

plotCI> # prettier
plotCI> plotCI(x=means, uiw=ciw, col="black", barcol="blue", lwd=1)
次の図を見るためには<Return>キーを押して下さい:

plotCI> # give mean values
plotCI> plotCI(x=means, uiw=ciw, col="black", barcol="blue",
plotCI+ labels=round(means,-3), xaxt="n", xlim=c(0,5) )
次の図を見るためには<Return>キーを押して下さい:

plotCI> axis(side=1, at=1:4, labels=names(tmp), cex=0.7)

plotCI> # better yet, just use plotmeans ... #
plotCI> plotmeans( state.area ~ state.region )
次の図を見るためには<Return>キーを押して下さい:
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上の　ciw では信頼区間をもとめているが、もちろん標準誤差ならば、
se <- stdev / sqrt(n)
などとすればよい。
sapply() については、以下も参照。この場合、tapply()よりも使いやすい。

R-tips apply()ファミリー