Memorandums

知覚・認知心理学の研究と教育をめぐる凡庸な日々の覚書

Palamedes: PAL_PFML_GoodnessOfFit

2011-08-28 | MATLAB

精神測定関数の適合度

 

>> help PAL_PFML_GoodnessOfFit

 PAL_PFML_GoodnessOfFit     Determine Goodness-of-Fit of psychometric

    function (PF) using method in Wichmann & Hill, 2001, Perception &

    Psychophysics, 63, 1293-1313.

 

Output: 

    'Dev': Deviance (transformed likelihood ratio comparing fit of

        psychometric function to fit of saturated model)   ----> Wichmann & Hill, 2001, p.1303 参照

 

    'pDev': proportion of the B Deviance values from simulations that were

        greater than Deviance value of data. The greater the value of pDev,

        the better the fit.

 

 

 

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Palamedes: PFML_Fit: initial value

2011-08-27 | MATLAB

初期値をきめるために。

 

 

>> help PAL_PFML_Fit

 PAL_PFML_Fit   Fit a psychometric function to data using a Maximum 

     Likelihood criterion.

 

'searchGrid': Either a 1x4 vector containing initial guesses for free 

        parametervalues and fixed values for fixed parameters [threshold 

        slope guess-rate lapse-rate] or a structure with vector fields 

        .alpha, .beta, .gamma, .lambda collectively defining a 4D parameter 

        grid through which to perform a brute-force search for initial 

        guesses (using PAL_PFML_BruteForceFit). Fields for fixed parameters 

        should be scalars equal to the fixed value. Note that choices made 

        here have a large effect on processing time and memory usage.

 

    'paramsFree': 1x4 vector coding which of the four parameters in 

        paramsValue are free parameters and which are fixed parameters 

        (1: free, 0: fixed).

 

 

Full example:

 

    options = optimset('fminsearch');

    PF = @PAL_Logistic;

    StimLevels = [-3:1:3];

    NumPos = [55 55 66 75 91 94 97];    %observer data

    OutOfNum = 100.*ones(size(StimLevels));

    searchGrid.alpha = [-1:.01:1];    %structure defining grid to <--- この部分以下で範囲を設定

    searchGrid.beta = 10.^[-1:.01:2]; %search for initial values 

    searchGrid.gamma = .5;

    searchGrid.lambda = [0:.005:.06]; 

 

    %or (not advised):

    % searchGrid = [0 1 .5 0.01];       %Guesses

 

    paramsFree = [1 1 0 1]

 

 

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Perceptual distance and the constancy of size and stereoscopic depth

2011-08-27 | Research

 

Spatial Vision, Vol. 19, No. 5, pp. 439–457 (2006)

Perceptual distance and the constancy of size and stereoscopic depth

LLOYD KAUFMAN, JAMES H. KAUFMAN, RICHARD NOBLE,

STEFAN EDLUND, SUNHEE BAI  and TERESA KING

http://www.psych.nyu.edu/kaufman/perceptual_distance2.pdf

 

cf. Prof. Lloyd Kaufman

http://www.psych.nyu.edu/kaufman/

月の錯視についての論文リンクなど

The Moon Illusion I, L. Kaufman & I. Rock, Science, 1962, 136, 953-61.

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Palamedes

2011-08-26 | MATLAB

PalamedesのDemoから、PAL_PFML_Demoを試す。

PAL_PFML_Demo  Demonstrates use of Palamedes functions to (1) fit a Psychometric Function to some data using a Maximum Likelihood criterion, (2) determine standard errors of free parameters using a bootstrap procedure and (3) determine the goodness-of-fit of the fit.

 

Parametric Bootstrap を指定。以下結果。

Fitting function.....

done:

Threshold estimate: 0.0584

Slope estimate: 66.4521

 

Determining standard errors.....

done:

Standard error of Threshold: 0.0036

Standard error of Slope: 11.1454

 

Determining Goodness-of-fit.....

done:

Deviance: 7.9773

p-value: 0.0900

Elapsed time is 21.034485 seconds.

元データは以下のように指定。

 

%Stimulus intensities

StimLevels = [0.01 0.03 0.05 0.07 0.09 0.11]; 

 

%Number of positive responses (e.g., 'yes' or 'correct' at each of the 

%   entries of 'StimLevels'  

NumPos = [45 55 72 85 91 100];                 

 

%Number of trials at each entry of 'StimLevels'

OutOfNum = [100 100 100 100 100 100];         

 

 

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Matlab routines for analyzing psychophysical data

2011-08-25 | MATLAB

精神物理学的データから、精神測定関数を導くためのPsignifit 以外の方法。

Palamedes

Prins, N & Kingdom, F. A. A. (2009) Palamedes:  Matlab routines for analyzing psychophysical data.  http://www.palamedestoolbox.org 

その他 Rなど。

options besides Palamedes

Psyphy

 

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64-bit版Windows 7でMatlab Psychtoolbox-3を使う

2011-08-25 | PsychToolBox

PTB3は、64bit Matlab (2010a, 2011a) では使えない。32bitでMatlabを使うには?

64-bit版Windows 7でMatlab Psychtoolbox-3を使う手順

 

2010a ならば:

Mac OS: If you installed Matlab R2010a with support for both 32-bit (maci) and 64-bit (maci64) architectures, you can launch Matlab in 32-bit mode from the command line using: '% matlab -maci'. You can also select the Matlab application icon, use command-I to open the Get Info dialog box, and select "Open in 32-bit mode".

cf. Psychtoolbox-3 - System Requirements

 

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R 古典的MDS 

2011-08-18 | R

Rにあるサンプルデータ eurodist をつかって古典的MDSを実行。

> x <-eurodist

> euro <-cmdscale(x)

> plot(euro,type="n")

> text(euro,rownames(euro))

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Mendeley

2011-08-14 | Computer & Network

ソーシャルネットワークとクラウド機能をもつ文献管理ソフトウェア

http://www.mendeley.com/

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A la recherche du temps perdu

2011-08-11 | Books

À la recherche du temps perdu       Marcel Proust

In Search of Lost Time, or Remembrance of Things Past

electronic versions of the original novels and the translations of C. K. Scott Moncrieff

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Die protestantische Ethik und der Geist des Kapitalismus

2011-08-10 | Books

Max Weber

Die protestantische Ethik und der Geist des Kapitalismus

Large collection of the German original texts

Large collection of English translations

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MySQL

2011-08-10 | Computer & Network

MySQL  オープン ソース データベース

http://www-jp.mysql.com/

download

http://dev.mysql.com/downloads/

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R: ANOVA 混合計画

2011-08-06 | R

http://personality-project.org/r/#anova

プログラム例と解説

Mixed (between and Within) designs

Example

2 between-subjects variables: Gender (2 levels) and Dosage (3 levels)

2 within-subjects variables: Task (2 levels) and Valence (3 levels)

 

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Dynamic information for the recognition of conversational expressions

2011-08-05 | Research: Face

J Vis. 2009 Dec 7;9(13):7.1-17.

Dynamic information for the recognition of conversational expressions.

Cunningham DW, Wallraven C.

J of Vision

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Helmholtz's Treatise on physiological optics

2011-08-05 | Research

Helmholtz, Hermann von, 

Helmholtz's Treatise on physiological optics, Bd. 1 , 1824

英訳版

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