部活：卒論に挑戦？！？

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「分子軌道法による化学反応の解析」なる、卒業論文(PDF文書)を見つけたので、
追試(？)を、Winmostar １本でやってみることにしました。

反応式は、
CH3COOC2H5 ＋ CH3OH －＞ CH3COOCH3 ＋ C2H53OH
ですね。

このPDF文書は４頁なので、「PDF to WORD コンバータ」で書いた、
「PDF to Word」が使え、テキスト文書化できました。
(表３にある)「遷移状態の構造」を切り貼りしてMOPAC入力ファイルを作りました。

表ではＸＹＺ座標なので、一旦ＸＹＺ形式ファイルとしてテキストエディタで作り、
Winmostar で読み込んで、そのまま一旦ＰＤＢ形式ファイルとして保存しておいた。

これに、
「PM3 PRECISE IRC=-1 LARGE=100」
「PM3 PRECISE IRC=1 LARGE=100」
パラメータを指定してMOPACで反応経路計算・・・・・
結果、何かがおかしい？？？


念のため、「PM3 FORCE LET」パラメータで、遷移状態かを確認してみたが、
虚振動が１つで無い！！！


それでは、と「PM3 PRECISE TS」パラメータで遷移状態計算を行ってみた。
しかし、形が大きく変わる？？？

いろいろ悩み、調べていたが・・・・論文を良く読み直したら
「プロトンが付加した」と云う記述があった！！！

そうだった、忘れてはならない「CHARGE=」パラメータが漏れていたのダ。

今度は、「PM3 PRECISE TS CHARGE=1」としてMOPACを実行。
構造が変化せず(確かに)遷移状態である。

ダメ押しで、「PM3 FORCE LET CHARGE=1」として計算。
確かに、虚振動がただ１つだけであった。

気を取り直して、
「PM3 PRECISE IRC=-1 LARGE=100 CHARGE=1」
「PM3 PRECISE IRC=1 LARGE=100 CHARGE=1」
でMOPAC を２回実行。成功した。


纏めると、
１．ＸＹＺ座標表示の遷移状態構造を切り貼りして、
　　ＸＹＺ形式ファイルを作る。

２．Winmostar で読み込んで、一旦PDB形式等で保存しておく。

３．「PM3 PRECISE TS CHARGE=1」としてMOPACを実行し、
　　構造が変化せず遷移状態であることを確認する。

４．「PM3 FORCE LET CHARGE=1」として振動解析を行い、
　　確かに、虚振動がただ１つだけであることを確認する。

５．２種類のファイル(パラメータが一箇所異なるだけの)
　　「PM3 PRECISE IRC=-1 LARGE=100 CHARGE=1」
　　「PM3 PRECISE IRC=1 LARGE=100 CHARGE=1」
　　を作り、それぞれで、MOPAC を実行し、
　　反応経路と、その先の反応物・生成物を確認する。

以上で卒論の追試(？)ができました。

これからも、頑張ります。　　　

と云うことで、化学部 部活２１日目終了です。　　　



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